Προ -προκαρυωτική αλληλουχία RNA
Χαρακτηριστικά
● Η επεξεργασία του δείγματος RNA περιελάμβανε την εξάντληση του rRNA ακολουθούμενη από την προετοιμασία της βιβλιοθήκης RNA.
● Βιοπληροφορική ανάλυση που βασίζεται στην ευθυγράμμιση σε ένα γονιδίωμα αναφοράς
● Η ανάλυση περιλαμβάνει γονιδιακή έκφραση και DEGS αλλά και δομή μεταγραφής και ανάλυση srna
Πλεονεκτήματα υπηρεσίας
●Αυστηρός ποιοτικός έλεγχος: Εφαρμόζουμε βασικά σημεία ελέγχου σε όλα τα στάδια, από την προετοιμασία του δείγματος και της βιβλιοθήκης έως την αλληλουχία και τη βιοπληροφορική. Αυτή η σχολαστική παρακολούθηση εξασφαλίζει την παράδοση σταθερά αποτελέσματα υψηλής ποιότητας.
●Δεδομένα προσδιορισμού αλληλουχίας ειδικών: Λόγω της προετοιμασίας της βιβλιοθήκης RNA που είναι κατευθυντική, επιτρέποντας την ταυτοποίηση των αντιγραφικών μεταγραφών.
●Πλήρης ανάλυση προσαρμοσμένη σε προκαρυωτικά μεταγραφικά: Ο βιοπληροφορικός αγωγός περιλαμβάνει όχι μόνο ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης, αλλά και ανάλυση της δομής μεταγραφής, συμπεριλαμβανομένης της ταυτοποίησης οπερονίων, UTRs και προαγωγών. Περιλαμβάνει επίσης ανάλυση των SRNAs, δηλαδή σχολιασμού και πρόβλεψη δευτερογενούς δομής και στόχων.
●Υποστήριξη μετά την πώληση: Η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα από την ολοκλήρωση του έργου με μια περίοδο υπηρεσίας μετά την πώληση 3 μηνών. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε την παρακολούθηση του έργου, την αντιμετώπιση προβλημάτων βοήθειας και τις συνεδρίες Q & A για την αντιμετώπιση τυχόν ερωτήσεων που σχετίζονται με τα αποτελέσματα.
Απαιτήσεις δείγματος και παράδοση
| Βιβλιοθήκη | Στρατηγική προσδιορισμού αλληλουχίας | Συνιστώμενα δεδομένα | Ποιοτικός έλεγχος |
| RRNA εξαντλημένη κατευθυντική βιβλιοθήκη | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Απαιτήσεις δείγματος:
| (Ng/μL) | Ποσό (μg) | Καθαρότητα | Ακεραιότητα |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1.8-2.0 OD260/230 = 1.0-2.5 Περιορισμένη ή καθόλου μόλυνση πρωτεΐνης ή ϋΝΑ που εμφανίζεται σε πήκτωμα. | Rin ≥6,5 |
Συνιστώμενη παράδοση δείγματος
Δοχείο: 2 ml φυγοκεντρικού σωλήνα (δεν συνιστάται φύλλο κασσίτερου)
Δείγμα επισήμανσης: Ομάδα+αντιγραφή π.χ. Α1, Α2, Α3. Β1, Β2, Β3.
Αποστολή:
1. Dry-I-ICE: Τα δείγματα πρέπει να συσκευάζονται σε σακούλες και να ταφούν σε ξηρό πάγο.
2. Οι σωλήνες RNABLE: Τα δείγματα RNA μπορούν να στεγνώσουν σε σωλήνα σταθεροποίησης RNA (π.χ. RNastable®) και να αποστέλλονται σε θερμοκρασία δωματίου.
Ροή εργασίας
Δειγματοληψία
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Προσδιορισμός αλληλουχίας
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Βιοπληροφορική ροή εργασίας
Περιλαμβάνει την ακόλουθη ανάλυση:
● Έλεγχος ποιότητας δεδομένων ακατέργαστων δεδομένων
● Ευθυγράμμιση στο γονιδίωμα αναφοράς
● Αξιολόγηση ποιότητας βιβλιοθήκης: RNA κατακερματισμό τυχαία, εισαγωγή μεγέθους και κορεσμού αλληλουχίας
● Λειτουργικός σχολιασμός των προβλεπόμενων γονιδίων κωδικοποίησης
● Ανάλυση έκφρασης: Συσχέτιση και ανάλυση κύριων συστατικών (PCA)
● Διαφορική γονιδιακή έκφραση (DEGS)
● Λειτουργικός σχολιασμός και εμπλουτισμός του DEGS
● Ανάλυση srna: πρόβλεψη, σχολιασμός, στόχος και πρόβλεψη δευτερογενούς δομής
● Ανάλυση δομής μεταγραφής: οπερόνια, θέσεις εκκίνησης και λήξης, μη μεταφρασμένη περιοχή (UTS), προαγωγός και ανάλυση SNP/Indel
Κορεσμός αλληλουχίας
Λειτουργικός σχολιασμός γονιδίων κωδικοποίησης
Συσχέτιση μεταξύ δειγμάτων
Ανάλυση διαφορικών γονιδίων (DEGS)
Ανάλυση λειτουργικού εμπλουτισμού
σχολιασμός SRNA
Εξερευνήστε τις εξελίξεις που διευκολύνεται από τις υπηρεσίες αλληλουχίας MRNA του Nanopore του BMKGENE σε αυτή τη δημοσίευση.
Guan, CP et αϊ. (2018) «Παγκόσμιες μεταγραφικές μεταβολές της βιοφίλμ που σχηματίζουν την επιδερμίδα επιδερμίδη που ανταποκρίνονται στα συνολικά αλκαλοειδή της Sophorea alopecuroides»,Πολωνική Εφημερίδα της Μικροβιολογίας, 67 (2), σελ. 223. DOI: 10.21307/PJM-2018-024.
