-
BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
Η χωρική μεταγραφική βρίσκεται στην πρώτη γραμμή της επιστημονικής καινοτομίας, δίνοντας τη δυνατότητα στους ερευνητές να εμβαθύνουν σε περίπλοκα πρότυπα γονιδιακής έκφρασης εντός των ιστών, διατηρώντας παράλληλα το χωρικό τους πλαίσιο. Ανάμεσα σε διάφορες πλατφόρμες, η BMKGene έχει αναπτύξει το BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chip, το οποίο διαθέτει βελτιωμένη ανάλυση 3,5 μm, φθάνει το υποκυτταρικό εύρος και επιτρέπει ρυθμίσεις ανάλυσης πολλαπλών επιπέδων. Το τσιπ S3000, που διαθέτει περίπου 4 εκατομμύρια σημεία, χρησιμοποιεί μικροπηγάδια με στρώματα με σφαιρίδια φορτωμένα με ανιχνευτές σύλληψης με χωρικό γραμμικό κώδικα. Μια βιβλιοθήκη cDNA, εμπλουτισμένη με χωρικούς γραμμικούς κώδικες, προετοιμάζεται από το τσιπ S3000 και στη συνέχεια προσδιορίζεται η αλληλουχία στην πλατφόρμα Illumina NovaSeq. Ο συνδυασμός δειγμάτων με χωρική γραμμωτό κώδικα και UMI διασφαλίζει την ακρίβεια και την ειδικότητα των δεδομένων που παράγονται. Το τσιπ BMKManu S3000 είναι εξαιρετικά ευέλικτο, προσφέροντας ρυθμίσεις ανάλυσης πολλαπλών επιπέδων που μπορούν να ρυθμιστούν με ακρίβεια σε διαφορετικούς ιστούς και επιθυμητά επίπεδα λεπτομέρειας. Αυτή η προσαρμοστικότητα τοποθετεί το τσιπ ως εξαιρετική επιλογή για ποικίλες χωρικές μεταγραφικές μελέτες, διασφαλίζοντας ακριβή χωρική ομαδοποίηση με ελάχιστο θόρυβο. Η χρήση της τεχνολογίας τμηματοποίησης κυττάρων με το BMKManu S3000 επιτρέπει την οριοθέτηση των μεταγραφικών δεδομένων στα όρια των κυττάρων, με αποτέλεσμα μια ανάλυση που έχει άμεσο βιολογικό νόημα. Επιπλέον, η βελτιωμένη ανάλυση του S3000 έχει ως αποτέλεσμα υψηλότερο αριθμό γονιδίων και UMI που ανιχνεύονται ανά κύτταρο, επιτρέποντας μια πολύ πιο ακριβή ανάλυση των μοτίβων χωρικής μεταγραφής και ομαδοποίησης των κυττάρων.
-
Αλληλουχία RNA απλού πυρήνα
Η ανάπτυξη της σύλληψης ενός κυττάρου και των προσαρμοσμένων τεχνικών κατασκευής βιβλιοθήκης, σε συνδυασμό με την αλληλουχία υψηλής απόδοσης, έχει φέρει επανάσταση στις μελέτες γονιδιακής έκφρασης σε επίπεδο κυττάρου. Αυτή η ανακάλυψη επιτρέπει τη βαθύτερη και πιο ολοκληρωμένη ανάλυση σύνθετων πληθυσμών κυττάρων, ξεπερνώντας τους περιορισμούς που σχετίζονται με τη μέση έκφραση γονιδίων σε όλα τα κύτταρα και διατηρώντας την πραγματική ετερογένεια σε αυτούς τους πληθυσμούς. Ενώ η αλληλουχία μονοκυτταρικού RNA (scRNA-seq) έχει αναμφισβήτητα πλεονεκτήματα, αντιμετωπίζει προκλήσεις σε ορισμένους ιστούς όπου η δημιουργία ενός εναιωρήματος μονοκυττάρου αποδεικνύεται δύσκολη και απαιτεί νέα δείγματα. Στο BMKGene, αντιμετωπίζουμε αυτό το εμπόδιο προσφέροντας αλληλουχία RNA μονού πυρήνα (snRNA-seq) χρησιμοποιώντας την τεχνολογία αιχμής 10X Genomics Chromium. Αυτή η προσέγγιση διευρύνει το φάσμα των δειγμάτων που επιδέχονται ανάλυση μεταγραφώματος σε επίπεδο μονοκυττάρου.
Η απομόνωση των πυρήνων επιτυγχάνεται μέσω του καινοτόμου τσιπ 10X Genomics Chromium, που διαθέτει ένα σύστημα μικρορευστοποίησης οκτώ καναλιών με διπλές διασταυρώσεις. Μέσα σε αυτό το σύστημα, σφαιρίδια γέλης που ενσωματώνουν γραμμωτούς κώδικες, εκκινητές, ένζυμα και έναν μοναδικό πυρήνα ενθυλακώνονται σε σταγόνες λαδιού μεγέθους νανολίτρων, σχηματίζοντας το Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Μετά το σχηματισμό GEM, η λύση των κυττάρων και η απελευθέρωση γραμμωτού κώδικα συμβαίνουν σε κάθε GEM. Στη συνέχεια, τα μόρια mRNA υφίστανται αντίστροφη μεταγραφή σε cDNA, ενσωματώνοντας γραμμωτούς κώδικες 10Χ και Μοναδικούς Μοριακούς Αναγνωριστές (UMIs). Αυτά τα cDNA στη συνέχεια υποβάλλονται σε τυπική κατασκευή βιβλιοθήκης αλληλουχίας, διευκολύνοντας μια ισχυρή και περιεκτική εξερεύνηση των προφίλ γονιδιακής έκφρασης σε επίπεδο ενός κυττάρου.
Πλατφόρμα: 10× Genomics Chromium and Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Η χωρική μεταγραφική είναι μια τεχνολογία αιχμής που επιτρέπει στους ερευνητές να διερευνήσουν τα πρότυπα γονιδιακής έκφρασης εντός των ιστών διατηρώντας παράλληλα το χωρικό τους πλαίσιο. Μια ισχυρή πλατφόρμα σε αυτόν τον τομέα είναι το 10x Genomics Visium σε συνδυασμό με την αλληλουχία Illumina. Η αρχή του 10X Visium βρίσκεται σε ένα εξειδικευμένο τσιπ με μια καθορισμένη περιοχή σύλληψης όπου τοποθετούνται τμήματα ιστού. Αυτή η περιοχή σύλληψης περιέχει σημεία με γραμμωτό κώδικα, καθένα από τα οποία αντιστοιχεί σε μια μοναδική χωρική θέση μέσα στον ιστό. Τα δεσμευμένα μόρια RNA από τον ιστό στη συνέχεια επισημαίνονται με μοναδικά μοριακά αναγνωριστικά (UMIs) κατά τη διάρκεια της διαδικασίας αντίστροφης μεταγραφής. Αυτά τα σημεία με γραμμωτό κώδικα και τα UMI επιτρέπουν την ακριβή χωρική χαρτογράφηση και τον ποσοτικό προσδιορισμό της γονιδιακής έκφρασης σε ανάλυση ενός κυττάρου. Ο συνδυασμός δειγμάτων με χωρική γραμμωτό κώδικα και UMI διασφαλίζει την ακρίβεια και την ειδικότητα των δεδομένων που παράγονται. Με τη χρήση αυτής της τεχνολογίας Spatial Transcriptomics, οι ερευνητές μπορούν να αποκτήσουν μια βαθύτερη κατανόηση της χωρικής οργάνωσης των κυττάρων και των πολύπλοκων μοριακών αλληλεπιδράσεων που συμβαίνουν μέσα στους ιστούς, προσφέροντας πολύτιμες γνώσεις για τους μηχανισμούς που διέπουν τις βιολογικές διεργασίες σε πολλούς τομείς, όπως ογκολογία, νευροεπιστήμη, αναπτυξιακή βιολογία, ανοσολογία , και βοτανικές μελέτες.
Πλατφόρμα: 10X Genomics Visium και Illumina NovaSeq
