-
Αλληλεπίδραση χρωματίνης με βάση Hi-C
Το Hi-C είναι μια μέθοδος που έχει σχεδιαστεί για να καταγράφει τη γονιδιωματική διαμόρφωση συνδυάζοντας αλληλεπιδράσεις που βασίζονται στην εγγύτητα ανίχνευσης και αλληλουχία υψηλής απόδοσης. Η μέθοδος βασίζεται στη διασύνδεση χρωματίνης με φορμαλδεΰδη, ακολουθούμενη από πέψη και επανασύνδεση με τρόπο που μόνο θραύσματα που είναι ομοιοπολικά συνδεδεμένα θα σχηματίζουν προϊόντα απολίνωσης. Με τον προσδιορισμό της αλληλουχίας αυτών των προϊόντων απολίνωσης, είναι δυνατό να μελετηθεί η τρισδιάστατη οργάνωση του γονιδιώματος. Το Hi-C επιτρέπει τη μελέτη της κατανομής των τμημάτων του γονιδιώματος που είναι ελαφρώς συσκευασμένα (διαμερίσματα Α, ευχρωματίνη) και είναι πιο πιθανό να είναι μεταγραφικά ενεργά, και των περιοχών που είναι πιο σφιχτά συσκευασμένα (διαμερίσματα Β, Ετεροχρωματίνη). Το Hi-C μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί για τον εντοπισμό Τοπολογικά Συνδεδεμένων Τομέων (TADs), περιοχών του γονιδιώματος που έχουν διπλωμένες δομές και είναι πιθανό να έχουν παρόμοια μοτίβα έκφρασης και για τον εντοπισμό βρόχων χρωματίνης, περιοχών DNA που είναι αγκυρωμένες μεταξύ τους από πρωτεΐνες και που είναι συχνά εμπλουτίζεται σε ρυθμιστικά στοιχεία. Η υπηρεσία αλληλουχίας Hi-C της BMKGene δίνει τη δυνατότητα στους ερευνητές να εξερευνήσουν τις χωρικές διαστάσεις της γονιδιωματικής, ανοίγοντας νέους δρόμους για την κατανόηση της ρύθμισης του γονιδιώματος και τις επιπτώσεις της στην υγεία και τις ασθένειες.
-
Αλληλουχία ανοσοκατακρήμνισης χρωματίνης (ChIP-seq)
Η ανοσοκαθίζηση χρωματίνης (CHIP) είναι μια τεχνική που αξιοποιεί αντισώματα για να εμπλουτίσει επιλεκτικά τις πρωτεΐνες που δεσμεύουν το DNA και τους αντίστοιχους γονιδιωματικούς στόχους τους. Η ενσωμάτωσή του με το NGS επιτρέπει τη δημιουργία προφίλ σε ολόκληρο το γονιδίωμα στόχων DNA που σχετίζονται με τροποποίηση ιστόνης, παράγοντες μεταγραφής και άλλες πρωτεΐνες που δεσμεύουν το DNA. Αυτή η δυναμική προσέγγιση επιτρέπει συγκρίσεις θέσεων δέσμευσης μεταξύ διαφορετικών τύπων κυττάρων, ιστών ή συνθηκών. Οι εφαρμογές του ChIP-Seq εκτείνονται από τη μελέτη της μεταγραφικής ρύθμισης και των αναπτυξιακών οδών έως την αποσαφήνιση των μηχανισμών ασθενειών, καθιστώντας το απαραίτητο εργαλείο για την κατανόηση των τοπίων γονιδιωματικής ρύθμισης και την προώθηση των θεραπευτικών γνώσεων.
Πλατφόρμα: Illumina NovaSeq
-
Αλληλουχία διθειώδους ολικού γονιδιώματος (WGBS)
Ολόκληρο το γονιδίωμα διθειώδους αλληλουχίας (WGBS) αποτελεί τη μεθοδολογία χρυσού προτύπου για τη σε βάθος διερεύνηση της μεθυλίωσης του DNA, συγκεκριμένα την πέμπτη θέση στην κυτοσίνη (5-mC), έναν κεντρικό ρυθμιστή της γονιδιακής έκφρασης και της κυτταρικής δραστηριότητας. Η αρχή στην οποία βασίζεται το WGBS περιλαμβάνει την επεξεργασία διθειώδους, προκαλώντας τη μετατροπή των μη μεθυλιωμένων κυτοσινών σε ουρακίλη (C σε U), ενώ αφήνει τις μεθυλιωμένες κυτοσίνες αμετάβλητες. Αυτή η τεχνική προσφέρει ανάλυση μίας βάσης, επιτρέποντας στους ερευνητές να διερευνήσουν διεξοδικά το μεθυλώμα και να αποκαλύψουν μη φυσιολογικά μοτίβα μεθυλίωσης που σχετίζονται με διάφορες καταστάσεις, ιδίως τον καρκίνο. Χρησιμοποιώντας το WGBS, οι επιστήμονες μπορούν να αποκτήσουν απαράμιλλες γνώσεις για τα τοπία μεθυλίωσης σε όλο το γονιδίωμα, παρέχοντας μια λεπτή κατανόηση των επιγενετικών μηχανισμών που αποτελούν τη βάση διαφόρων βιολογικών διεργασιών και ασθενειών.
-
Δοκιμασία για προσβάσιμη σε τρανσποζάση χρωματίνη με αλληλουχία υψηλής απόδοσης (ATAC-seq)
Το ATAC-seq είναι μια τεχνική προσδιορισμού αλληλουχίας υψηλής απόδοσης που χρησιμοποιείται για ανάλυση προσβασιμότητας χρωματίνης σε όλο το γονιδίωμα. Η χρήση του παρέχει βαθύτερη κατανόηση των πολύπλοκων μηχανισμών του παγκόσμιου επιγενετικού ελέγχου της γονιδιακής έκφρασης. Η μέθοδος χρησιμοποιεί μια υπερδραστήρια τρανσποτάση Tn5 για την ταυτόχρονη κατάτμηση και επισήμανση ανοικτών περιοχών χρωματίνης με την εισαγωγή προσαρμογέων αλληλουχίας. Η επακόλουθη ενίσχυση PCR έχει ως αποτέλεσμα τη δημιουργία μιας βιβλιοθήκης αλληλουχίας, η οποία επιτρέπει την πλήρη αναγνώριση των ανοιχτών περιοχών χρωματίνης κάτω από συγκεκριμένες χωροχρονικές συνθήκες. Το ATAC-seq παρέχει μια ολιστική άποψη προσβάσιμων τοπίων χρωματίνης, σε αντίθεση με μεθόδους που εστιάζουν αποκλειστικά σε θέσεις δέσμευσης μεταγραφικού παράγοντα ή σε συγκεκριμένες περιοχές τροποποιημένες με ιστόνη. Με τον προσδιορισμό της αλληλουχίας αυτών των ανοιχτών περιοχών χρωματίνης, το ATAC-seq αποκαλύπτει περιοχές που είναι πιο πιθανές για ενεργές ρυθμιστικές αλληλουχίες και πιθανές θέσεις δέσμευσης μεταγραφικού παράγοντα, προσφέροντας πολύτιμες πληροφορίες για τη δυναμική διαμόρφωση της γονιδιακής έκφρασης σε όλο το γονιδίωμα.
-
Αλληλουχία διθειώδους μειωμένης αναπαράστασης (RRBS)
Η Αλληλουχία Διθειώδους Μειωμένης Αναπαράστασης (RRBS) έχει αναδειχθεί ως μια οικονομικά αποδοτική και αποδοτική εναλλακτική λύση για την αλληλουχία διθειώδους ολικού γονιδιώματος (WGBS) στην έρευνα για τη μεθυλίωση του DNA. Ενώ το WGBS παρέχει ολοκληρωμένες πληροφορίες εξετάζοντας ολόκληρο το γονιδίωμα σε ανάλυση μίας βάσης, το υψηλό κόστος του μπορεί να είναι περιοριστικός παράγοντας. Το RRBS μετριάζει στρατηγικά αυτήν την πρόκληση αναλύοντας επιλεκτικά ένα αντιπροσωπευτικό τμήμα του γονιδιώματος. Αυτή η μεθοδολογία βασίζεται στον εμπλουτισμό περιοχών πλούσιων σε νησίδες CpG με διάσπαση MspI που ακολουθείται από επιλογή μεγέθους θραυσμάτων 200-500/600 bps. Κατά συνέπεια, αλληλουχούνται μόνο οι περιοχές που βρίσκονται κοντά στα νησιά CpG, ενώ αυτές με απομακρυσμένες νησίδες CpG εξαιρούνται από την ανάλυση. Αυτή η διαδικασία, σε συνδυασμό με την αλληλουχία διθειώδους, επιτρέπει την ανίχνευση υψηλής ανάλυσης της μεθυλίωσης του DNA και η προσέγγιση προσδιορισμού αλληλουχίας, PE150, εστιάζει ειδικά στα άκρα των ενθέτων και όχι στη μέση, αυξάνοντας την αποτελεσματικότητα του προφίλ μεθυλίωσης. Το RRBS είναι ένα ανεκτίμητο εργαλείο που επιτρέπει την οικονομική έρευνα για τη μεθυλίωση του DNA και προάγει τη γνώση των επιγενετικών μηχανισμών.
