Χάρτης θερμότητας
Το εργαλείο HeatMap δέχεται ένα αρχείο δεδομένων μήτρας ως είσοδο και επιτρέπει στους χρήστες να φιλτράρουν, να κανονικοποιούν και να συσσωρεύονται δεδομένα. Η περίπτωση πρωτοβάθμιας χρήσης για τις ανάγκες θερμότητας είναι η ανάλυση συμπλέγματος του επιπέδου γονιδιακής έκφρασης μεταξύ διαφορετικών δειγμάτων.
Σχολιασμός γονιδίου
Το εργαλείο σχολιασμού γονιδίων εκτελεί σχολιασμό γονιδίων με βάση την ευθυγράμμιση αλληλουχίας των αρχείων FASTA εισόδου έναντι διαφόρων βάσεων δεδομένων.
Βασικό τοπικό εργαλείο αναζήτησης ευθυγράμμισης (Blast)
Το εργαλείο Blast είναι μια ολοκληρωμένη έκδοση BMKCloud της NCBI Blast και μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την εκτέλεση των ίδιων λειτουργιών χρησιμοποιώντας τα δεδομένα που μεταφορτώθηκαν στο λογαριασμό BMKCloud.
Πρόβλεψη CDS_UTR
Το εργαλείο πρόβλεψης CDS_UTR έχει σχεδιαστεί για την πρόβλεψη περιοχών κωδικοποίησης (CDS) και μη κωδικοποιητικών περιοχών (UTR) σε συγκεκριμένες αλληλουχίες μεταγραφής που βασίζονται σε αποτελέσματα έκρηξης έναντι γνωστών βάσεων δεδομένων πρωτεϊνών και πρόβλεψης ORF.
Οικόπεδο του Μανχάταν
Το εργαλείο γραφικής παράστασης του Μανχάταν επιτρέπει την εμφάνιση πειραμάτων υψηλού δείγματος και χρησιμοποιείται συνήθως σε μελέτες συσχέτισης σε όλο το γονιδίωμα (GWAS).
Διάγραμμα Circos
Το εργαλείο διάγραμμα Circos παρέχει αποτελεσματική απεικόνιση του τρόπου με τον οποίο διανέμονται το γονιδιωματικό χαρακτηριστικό σε όλο το γονιδίωμα. Τα κοινά χαρακτηριστικά περιλαμβάνουν ποσοτικούς τόπους, SNPs, Indels, παραλλαγές αριθμού δομικών και αντιγράφων.
Εμπλουτισμός γονιδίων (GO)
Το εργαλείο εμπλουτισμού GO παρέχει ανάλυση λειτουργικού εμπλουτισμού. Το κύριο λογισμικό σε αυτό το εργαλείο είναι το πακέτο TopGo-Bioconductor, το οποίο περιλαμβάνει ανάλυση διαφορικής έκφρασης, ανάλυση εμπλουτισμού GO και απεικόνιση των αποτελεσμάτων.
Ανάλυση δικτύου συν-έκφρασης σταθμισμένου γονιδίου (WGCNA)
Το WGCNA είναι μια ευρέως χρησιμοποιούμενη μέθοδος εξόρυξης δεδομένων για την ανακάλυψη μονάδων συν-έκφρασης γονιδίων. Εφαρμόζεται σε διάφορα σύνολα δεδομένων έκφρασης, συμπεριλαμβανομένων των δεδομένων έκφρασης Microarray και NGS.
Διεπροσκλάνλος
Το εργαλείο Interly Perter -Interpro Protein Analysision και ταξινόμηση.
Go Kegg εμπλουτισμός
Το εργαλείο εμπλουτισμού Go KEGG είναι ο σχεδιασμός για τη δημιουργία ενός ιστόγραμμα εμπλουτισμού GO, του ιστόγραμμα εμπλουτισμού KEGG και της οδού εμπλουτισμού KEGG με βάση ένα παρεχόμενο σύνολο γονιδίων και την αντίστοιχη σχολιασμό.