Αλληλουχία Ολόκληρου Γονιδιώματος Φυτών/Ζωικών
Χαρακτηριστικά υπηρεσίας
● Η προετοιμασία της βιβλιοθήκης μπορεί να είναι τυπική ή χωρίς PCR
● Διατίθεται σε 4 πλατφόρμες αλληλουχίας: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 ή PacBio Revio.
● Βιοπληροφορική ανάλυση επικεντρωμένη στον εντοπισμό παραλλαγών: SNP, InDel, SV και CNV
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
●Εκτεταμένη Τεχνογνωσία και Αρχεία Δημοσιεύσεων: Η συσσωρευμένη εμπειρία στον προσδιορισμό της αλληλουχίας του γονιδιώματος για περισσότερα από 1000 είδη έχει οδηγήσει σε περισσότερες από 1000 δημοσιευμένες περιπτώσεις με αθροιστικό παράγοντα αντίκτυπου πάνω από 5000.
●Ολοκληρωμένη Βιοπληροφορική Ανάλυση: Συμπεριλαμβανομένης της κλήσης παραλλαγής και του σχολιασμού της λειτουργίας.
● Υποστήριξη μετά την πώληση:Η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα από την ολοκλήρωση του έργου με περίοδο εξυπηρέτησης μετά την πώληση 3 μηνών. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε παρακολούθηση έργου, βοήθεια για την αντιμετώπιση προβλημάτων και συνεδρίες Q&A για την αντιμετώπιση τυχόν ερωτημάτων που σχετίζονται με τα αποτελέσματα.
●Ολοκληρωμένος σχολιασμός: Χρησιμοποιούμε πολλές βάσεις δεδομένων για να σχολιάσουμε λειτουργικά τα γονίδια με προσδιορισμένες παραλλαγές και να εκτελέσουμε την αντίστοιχη ανάλυση εμπλουτισμού, παρέχοντας πληροφορίες για πολλαπλά ερευνητικά έργα.
Προδιαγραφές Υπηρεσίας
| Παραλλαγές που πρέπει να προσδιοριστούν | Στρατηγική αλληλουχίας | Συνιστώμενο βάθος |
| SNP και InDel | Illumina NovaSeq PE150 ή MGI T7 | 10x |
| SV και CNV (λιγότερο ακριβές) | 30x | |
| SV και CNV (πιο ακριβή) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV και CNV | PacBio Revio | 10x |
Απαιτήσεις δειγμάτων
| Νουκλεϊκά οξέα ιστών ή εκχυλισμένων | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Σπλάχνα ζώου | 0,5-1 γρ | ≥ 3,5 γρ
| ≥ 3,5 γρ
| ||
| Μύες Ζώου | ≥ 5 γρ
| ≥ 5 γρ
| |||
| Θηλαστικό αίμα | 1,5 mL | ≥ 0,5 mL
| ≥ 5 mL
| ||
| Αίμα πουλερικών/ψαριών | ≥ 0,1 mL
| ≥ 0,5 mL
| |||
| Φυτό- φρέσκο φύλλο | 1-2 γρ | ≥ 2 γρ
| ≥ 5 γρ
| ||
| Καλλιεργημένα κύτταρα |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Μαλακός ιστός εντόμων/Άτομο | 0,5-1 γρ | ≥ 1 γρ
| ≥ 3 γρ
| ||
| Εξήχθη DNA
| Συγκέντρωση: ≥ 1 ng/µL Ποσότητα: ≥ 30 ng Περιορισμένη ή καθόλου υποβάθμιση ή μόλυνση
| Συγκέντρωση Ποσό
OD260/280
OD260/230
Περιορισμένη ή καθόλου υποβάθμιση ή μόλυνση
| ≥ 40 ng/µL 4 μg/κύτταρο ροής/δείγμα
1,7-2,2
≥1,5 | Συγκέντρωση Ποσό
OD260/280
OD260/230
Περιορισμένη ή καθόλου υποβάθμιση ή μόλυνση | ≥ 50 ng/µL 10 μg/κύτταρο ροής/δείγμα
1,7-2,2
1,8-2,5 |
| Προετοιμασία βιβλιοθήκης χωρίς PCR: Συγκέντρωση≥ 40 ng/µL Ποσότητα≥ 500 ng | |||||
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Παράδοση δειγμάτων
Εξαγωγή DNA
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Παράδοση δεδομένων
Περιλαμβάνει την ακόλουθη ανάλυση:
- Ποιοτικός έλεγχος πρώτων δεδομένων
- Στατιστικά ευθυγράμμισης με το γονιδίωμα αναφοράς
- Αναγνώριση παραλλαγής: SNP, InDel, SV και CNV
- Λειτουργικός σχολιασμός παραλλαγών
Στατιστικά στοιχεία ευθυγράμμισης στο γονιδίωμα αναφοράς – κατανομή βάθους αλληλουχίας
Κλήση SNP μεταξύ πολλών δειγμάτων
Αναγνώριση InDel – στατιστικά στοιχεία του μήκους του InDel στην περιοχή CDS και στην περιοχή του γονιδιώματος
Παραλλαγή κατανομής στο γονιδίωμα – Οικόπεδο Circos
Λειτουργικός σχολιασμός γονιδίων με αναγνωρισμένες παραλλαγές – Οντολογία γονιδίων
Chai, Q. et αϊ. (2023) «Μια S-τρανσφεράση της γλουταθειόνης GhTT19 καθορίζει τη χρώση των πετάλων λουλουδιών μέσω της ρύθμισης της συσσώρευσης ανθοκυανίνης στο βαμβάκι», Plant Biotechnology Journal, 21(2), σελ. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, Η. et αϊ. (2023) «Το γονιδίωμα του άγριου Hevea brasiliensis σε επίπεδο χρωμοσώματος παρέχει νέα εργαλεία για γονιδιωματικά υποβοηθούμενη αναπαραγωγή και πολύτιμους τόπους για την αύξηση της απόδοσης καουτσούκ», Plant Biotechnology Journal, 21(5), σελ. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, Α. et αϊ. (2021) «Το γονιδίωμα του στρειδιού των ποταμών παρέχει πληροφορίες για την επίδραση του κλίματος και την προσαρμοστική πλαστικότητα», Communications Biology 2021 4:1, 4(1), σελ. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, Τ. et αϊ. (2022) «Ανάλυση του γονιδιώματος και των αλλαγών μεθυλίωσης στα κινεζικά αυτόχθονα κοτόπουλα με την πάροδο του χρόνου παρέχει μια εικόνα για τη διατήρηση των ειδών», Communications Biology, 5(1), σελ. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
