Ανθίωση γονιδιώματος φυτών/ζώων de novo
De NovoΗ αλληλουχία αναφέρεται στην κατασκευή ενός ολόκληρου γονιδιώματος ενός είδους χρησιμοποιώντας τεχνολογίες αλληλουχίας απουσία ενός γονιδιώματος αναφοράς. Η εισαγωγή και η ευρεία υιοθέτηση αλληλουχίας τρίτης γενιάς, με μεγαλύτερες αναγνώσεις, έχουν σημαντικά ενισχυμένη συναρμολόγηση γονιδιώματος αυξάνοντας την επικάλυψη μεταξύ των αναγνώσεων. Αυτή η ενίσχυση είναι ιδιαίτερα σχετική όταν ασχολείται με προκλητικά γονιδιώματα, όπως εκείνα που παρουσιάζουν υψηλή ετεροζυγωτικότητα, υψηλή αναλογία επαναλαμβανόμενων περιοχών, πολυπλοειδών και περιοχές με επαναλαμβανόμενα στοιχεία, μη φυσιολογικά περιεχόμενα GC ή υψηλή πολυπλοκότητα που συνήθως είναι ελάχιστα συναρμολογημένες χρησιμοποιώντας αλληλουχία βραχείας ανάγνωσης μόνος.
Η λύση ενιαίας μας παρέχει ολοκληρωμένες υπηρεσίες αλληλουχίας και βιοπληροφορική ανάλυση που παρέχουν ένα γονιδίωμα που συγκεντρώνει υψηλής ποιότητας de novo. Μια αρχική έρευνα γονιδιώματος με Illumina παρέχει εκτιμήσεις μεγέθους και πολυπλοκότητας του γονιδιώματος, και αυτές οι πληροφορίες χρησιμοποιούνται για να καθοδηγήσουν το επόμενο βήμα της αλληλουχίας μακράς ανάγνωσης με το Pacbio Hifi, ακολουθούμενο απόde Novoσυναρμολόγηση των contigs. Η επακόλουθη χρήση του συγκροτήματος HIC επιτρέπει την αγκύρωση των contigs στο γονιδίωμα, λαμβάνοντας μια συναρμολόγηση σε επίπεδο χρωμοσωμάτων. Τέλος, το γονιδίωμα σχολιάζεται με την πρόβλεψη γονιδίων και από την αλληλουχία εκφρασμένων γονιδίων, που καταφεύγουν σε μεταγραφικά με σύντομες και μεγάλες αναγνώσεις.
Χαρακτηριστικά υπηρεσίας
● Ενσωμάτωση πολλαπλών προσδιορισμών αλληλουχίας και βιοπληροφορικών υπηρεσιών σε λύση one-stop:
Έρευνα γονιδιώματος με Illumina για την εκτίμηση του μεγέθους του γονιδιώματος και του οδηγού μετέπειτα βήματα.
Διαβάστε την αλληλουχία για την αλληλουχία γιαde Novoσυναρμολόγηση των contigs.
HI-C αλληλουχία για αγκυροβόληση χρωμοσωμάτων.
Η αλληλουχία mRNA για σχολιασμό των γονιδίων.
Επικύρωση της συναρμολόγησης.
● Υπηρεσία κατάλληλη για την κατασκευή νέων γονιδιωμάτων ή βελτίωση των υφιστάμενων γονιδιωμάτων αναφοράς για είδη ενδιαφέροντος.
Πλεονεκτήματα υπηρεσίας
Ανάπτυξη πλατφορμών αλληλουχίας και βιοπληροφορικής στοde Novoσυναρμολόγηση γονιδιώματος
(Amarasinghe Sl et αϊ.,Βιολογία γονιδιώματος, 2020)
●Εκτεταμένη εμπειρογνωμοσύνη και εγγραφή δημοσίευσης: Το BMKGENE έχει συγκεντρώσει μαζική εμπειρία σε συγκρότημα γονιδιώματος υψηλής ποιότητας διαφόρων ειδών, συμπεριλαμβανομένων των διπλοειδών γονιδιωμάτων και των πολύ σύνθετων γονιδιωμάτων πολυπλοειδών και αλπολοπλοειδών ειδών. Από το 2018, έχουμε συμβάλει στο τέλος300 δημοσιεύσεις υψηλής επίπτωσης, και 20+ από αυτά δημοσιεύονται στη Nature Genetics.
● Λύση μονής στάσης: Η ολοκληρωμένη προσέγγισή μας συνδυάζει πολλαπλές τεχνολογίες αλληλουχίας και βιοπληροφορικές αναλύσεις σε μια συνεκτική ροή εργασίας, παρέχοντας ένα γονιδίωμα υψηλής ποιότητας.
●Προσαρμοσμένο στις ανάγκες σας: Η ροή εργασίας της υπηρεσίας μας είναι προσαρμόσιμη, επιτρέποντας την προσαρμογή για γονιδιώματα με ποικίλα χαρακτηριστικά και συγκεκριμένες ερευνητικές ανάγκες. Αυτό περιλαμβάνει τα γιγαντιαία γονιδιώματα, τα πολυπλοειδή γονιδιώματα, τα πολύ ετεροζυγωτικά γονιδιώματα και πολλά άλλα.
●Υψηλής ειδικευμένης βιοπληροφορικής και εργαστηριακής ομάδας: Με μεγάλη εμπειρία τόσο στην πειραματική όσο και στη βιοπληροφορική μπροστά από σύνθετα συγκροτήματα γονιδιώματος και μια σειρά διπλωμάτων ευρεσιτεχνίας και πνευματικών δικαιωμάτων λογισμικού.
●Υποστήριξη μετά την πώληση:Η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα από την ολοκλήρωση του έργου με μια περίοδο υπηρεσίας μετά την πώληση 3 μηνών. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε την παρακολούθηση του έργου, την αντιμετώπιση προβλημάτων βοήθειας και τις συνεδρίες Q & A για την αντιμετώπιση τυχόν ερωτήσεων που σχετίζονται με τα αποτελέσματα.
Προδιαγραφές υπηρεσίας
| Έρευνα γονιδιώματος | Συναρμολόγηση γονιδιώματος | Σε επίπεδο χρωμοσωμάτων | Σχολιασμός γονιδιώματος |
| 50x Illumina Novaseq PE150
| 30x Pacbio CCS HIFI διαβάζει | 100x hi-c | RNA-Seq Illumina PE150 10 GB + (προαιρετικός) Πλήρες μήκος RNA-seq pacbio 40 GB ή Νανοπόρη 12 GB |
Απαιτήσεις υπηρεσίας
Για την έρευνα του γονιδιώματος, τη συναρμολόγηση του γονιδιώματος και τη συναρμολόγηση HI-C:
| Ιστός ή εκχυλισμένα νουκλεϊνικά οξέα | Έρευνα γονιδιώματος | Συναρμολόγηση γονιδιώματος με pacbio | Συγκρότημα HI-C |
| Ζωικά σπλάχνα | 0,5-1 g
| ≥ 3,5 g | ≥2 g |
| Ζωικός μυς | ≥ 5 g | ||
| Αίμα θηλαστικών | 1,5 mL
| ≥ 5 mL | ≥2 mL |
| Πύλημα/αίμα ψαριών | ≥ 0,5 mL | ||
| Φυτό-φρέσκο φύλλο | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Καλλιεργημένα κύτταρα |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Εντομο | 0,5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| Εκχυλισμένο DNA | Συγκέντρωση: ≥1 ng/ μL Ποσό ≥ 30 ng Περιορισμένη ή καθόλου υποβάθμιση ή μόλυνση | Συγκέντρωση: ≥ 50 ng/ μL Ποσό: 10 μg/κυψέλη ροής/δείγμα OD260/280 = 1,7-2,2 OD260/230 = 1,8-2,5 Περιορισμένη ή καθόλου υποβάθμιση ή μόλυνση |
-
|
Για σχολιασμό γονιδιώματος με μεταγραφική:
| Ιστός ή εκχυλισμένα νουκλεϊνικά οξέα | Μεταγραφικό illumina | Μεταγραφικό pacbio | Μεταγραφικό νανοπορί |
| Φυτική ρίζα/στέλεχος/πέταλο | 450 mg | 600 mg | |
| Φυτά - φύλλο/σπόρος | 300 mg | 300 mg | |
| Φυτά - Φρούτα | 1,2 g | 1,2 g | |
| Ζωική καρδιά/έντερο | 300 mg | 300 mg | |
| Ζωικά σπλάχνα/εγκέφαλο | 240 mg | 240 mg | |
| Ζωικός μυς | 450 mg | 450 mg | |
| Ζώα/μαλλιά/δέρμα | 1 g | 1 g | |
| ARTHROPOD - έντομο | 6 | 6 | |
| Αρθρόποδα -crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Πλήρες αίμα | 1 σωλήνας | 1 σωλήνας | |
| Εξαγόμενο RNA | Συγκέντρωση: ≥ 20 ng/ μL Ποσό ≥ 0,3 μg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0.5-2.5 Ριπή≥ 6 5 ≥28s/18s≥1 | Συγκέντρωση: ≥ 100 ng/ μL Ποσό ≥ 0,75 μg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0.5-2.5 Ριπή≥ 8 5 ≥28s/18s≥1 | Συγκέντρωση: ≥ 100 ng/ μL Ποσό ≥ 0,75 μg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0.5-2.5 Ριπή≥ 7.5 5 ≥28s/18s≥1 |
Συνιστώμενη παράδοση δείγματος
Δοχείο: 2 ml φυγοκεντρικού σωλήνα (δεν συνιστάται φύλλο κασσίτερου)
(Για τα περισσότερα δείγματα, συνιστούμε να μην διατηρήσετε στην αιθανόλη.)
Δείγμα επισήμανσης: Τα δείγματα πρέπει να είναι σαφώς επισημασμένα και ταυτόσημα με την υποβληθείσα μορφή πληροφοριών δείγματος.
Αποστολή: ξηρό πάγο: Τα δείγματα πρέπει πρώτα να συσκευάζονται σε τσάντες και να ταφούν σε ξηρό πάγο.
Ροή εργασίας
Ροή εργασίας
Σχεδιασμός πειραματισμού
Δειγματοληψία
Εκχύλιση DNA
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Προσδιορισμός αλληλουχίας
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Πλήρης βιοπληροφορική ανάλυση, χωρισμένη σε 4 βήματα:
1) Έρευνα γονιδιώματος, με βάση την ανάλυση K-MER με NGS διαβάζει:
Εκτίμηση του μεγέθους του γονιδιώματος
Εκτίμηση της ετεροζυγωτικότητας
Εκτίμηση των επαναλαμβανόμενων περιοχών
2) Συναρμολόγηση γονιδιώματος με Pacbio Hifi:
De Novoσυνέλευση
Αξιολόγηση συναρμολόγησης: συμπεριλαμβανομένης της ανάλυσης BUSCO για την πληρότητα του γονιδιώματος και τη χαρτογράφηση των NGS και Pacbio Hifi Reads
3) συγκρότημα HI-C:
Βιβλιοθήκη HI-C QC: Εκτίμηση έγκυρων αλληλεπιδράσεων HI-C
Συγκρότημα HI-C: Ομάδα των contigs σε ομάδες, ακολουθούμενη από την παραγγελία σε κάθε ομάδα και την ανάθεση προσανατολισμού contig
HI-C αξιολόγηση
4) σχολιασμός γονιδιώματος:
Μη κωδικοποιητική πρόβλεψη RNA
Επαναλαμβανόμενες αλληλουχίες ταυτοποίηση (Transposons και Tandem Repeass)
Γονιδιακή πρόβλεψη
§De Novo: AB initio αλγόριθμοι
§ Με βάση την ομολογία
§ Με βάση το Transcriptome, με μεγάλες και σύντομες αναγνώσεις:de Novoσυναρμολογημένο ή χαρτογραφημένο στο σχέδιο γονιδιώματος
§ Σχολιασμός των προβλεπόμενων γονιδίων με πολλαπλές βάσεις δεδομένων
1) Έρευνα γονιδιώματος- ανάλυση K-MER
2) συναρμολόγηση γονιδιώματος
2) Συναρμολόγηση γονιδιώματος - Το Pacbio Hifi διαβάζει τη χαρτογράφηση για το σχέδιο συναρμολόγησης
2) συγκρότημα HI-C-Εκτίμηση των έγκυρων ζευγών αλληλεπίδρασης HI-C
3) Αξιολόγηση μετά από συναρμολόγηση HI-C
4) σχολιασμός γονιδιώματος - ενσωμάτωση των προβλεπόμενων γονιδίων
4) σχολιασμός γονιδιώματος - προβλεπόμενα γονίδια σχολιασμός
Εξερευνήστε τις εξελίξεις που διευκολύνεται από τις υπηρεσίες συναρμολόγησης De Novo Genome της Bmkgene μέσω μιας επιμελημένης συλλογής δημοσιεύσεων:
Li, C. et αϊ. (2021) «Οι αλληλουχίες γονιδιώματος αποκαλύπτουν παγκόσμιες διαδρομές διασποράς και προτείνουν συγκλίνουσες γενετικές προσαρμογές στην εξέλιξη του Seahorse», Nature Communications, 12 (1). doi: 10.1038/s41467-021-21379-x.
Li, Υ. Et αϊ. (2023) «Οι χρωμοσωμικές μεταβολές μεγάλης κλίμακας οδηγούν σε μεταβολές έκφρασης σε επίπεδο γονιδιώματος, περιβαλλοντική προσαρμογή και συσσώρευση στο Gayal (BOS frontalis)», Μοριακή Βιολογία και Εξέλιξη, 40 (1). doi: 10.1093/molbev/msad006.
Tian, Τ. Et αϊ. (2023) «Συναρμολόγηση γονιδιώματος και γενετική ανατομή ενός εξέχοντος ανθεκτικού στην ξηρασία του αραβοσίτου», Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), σελ. 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et αϊ. (2023) «Αποκάλυψη της εξέλιξης της βιοσύνθεσης αλκαλοειδούς τροπανίου, αναλύοντας δύο γονιδιώματα στην οικογένεια Solanaceae», Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), σελ. 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Προκλητικές μελέτες περιπτώσεων:
Συναρμολόγηση Telomere-to-Telomere:Fu, Α. Et αϊ. (2023) «Η συναρμολόγηση γονιδιώματος Telomere-to-Telomere του πικρού πεπονιού (Momordica Charantia L. Var. Συντομία Ser.) Αποκαλύπτει την ανάπτυξη φρούτων, τη σύνθεση και την ωρίμανση των γενετικών χαρακτηριστικών», έρευνα κηπουρικής, 10 (1). doi: 10.1093/hr/uhac228.
Συγκρότημα απλότυπου:Hu, W. et αϊ. (2021) «Το γονιδίωμα που καθορίζεται από το αλλήλιο αποκαλύπτει τη διαφοροποίηση της διαφορικής διαφοροποίησης κατά τη διάρκεια της εξέλιξης της Cassava», Molecular Plant, 14 (6), σελ. 851-854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Γιγαντιαία συναρμολόγηση γονιδιώματος:Yuan, J. et αϊ. (2022) «Γονιδιωματική βάση των χρωμοσωμάτων Giga και Giga-Genome της Peony Paeonia ostii», Nature Communications 2022 13: 1, 13 (1), σελ. 1-16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Συγκρότημα γονιδιώματος πολυκοειδούς:Zhang, Q. et αϊ. (2022) «Γονιδιωματικές ιδέες για την πρόσφατη μείωση του χρωμοσωμάτων του αυτοπολλοειδούς ζαχαροκάλαμου Saccharum spontaneum», Nature Genetics 2022 54: 6, 54 (6), σελ. 885-896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
