Διάλυμα mRNA πλήρους μήκους PacBio 2+3
Χαρακτηριστικά
● Σχεδιασμός μελέτης:
Συγκεντρώθηκε δείγμα αλληλουχίας με PacBio για την ταυτοποίηση ισομορφών μεταγραφής
Διαχωρίστε τα δείγματα (αντίγραφα και συνθήκες προς δοκιμή) με την αλληλουχίαNGS για ποσοτικοποίηση της έκφρασης μεταγραφής
● Αλληλουχία PacBio σε λειτουργία CCS, που δημιουργεί αναγνώσεις HiFi
● Αλληλουχία των πλήρους μήκους μεταγραφών
● Η ανάλυση δεν απαιτεί γονιδίωμα αναφοράς. ωστόσο, μπορεί να χρησιμοποιηθεί
● Η βιοπληροφορική ανάλυση περιλαμβάνει όχι μόνο έκφραση σε επίπεδο γονιδίου και ισομορφής, αλλά και ανάλυση lncRNA, συντήξεις γονιδίων, πολυ-αδενυλίωση και γονιδιακή δομή
Φόντα
● Υψηλή Ακρίβεια: Το HiFi διαβάζει με ακρίβεια >99,9% (Q30), συγκρίσιμη με το NGS
● Εναλλακτική Ανάλυση Συναρμογής: η αλληλουχία όλων των μεταγραφών επιτρέπει την ταυτοποίηση και τον χαρακτηρισμό ισομορφών.
● Συνδυασμός δυνατοτήτων PacBio και NGS: επιτρέπει την ποσοτικοποίηση της έκφρασης σε επίπεδο ισομορφής, αποκάλυψη αλλαγής που μπορεί να συγκαλυφθεί κατά την ανάλυση ολόκληρης της γονιδιακής έκφρασης
● Εκτεταμένη Τεχνογνωσία: με ιστορικό ολοκλήρωσης περισσότερων από 1100 έργων μεταγραφής πλήρους μήκους PacBio και επεξεργασίας πάνω από 2300 δειγμάτων, η ομάδα μας προσφέρει πλούσια εμπειρία σε κάθε έργο.
● Υποστήριξη μετά την πώληση: η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα από την ολοκλήρωση του έργου με περίοδο εξυπηρέτησης μετά την πώληση 3 μηνών. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε παρακολούθηση έργου, βοήθεια για την αντιμετώπιση προβλημάτων και συνεδρίες Q&A για την αντιμετώπιση τυχόν ερωτημάτων που σχετίζονται με τα αποτελέσματα.
Απαιτήσεις δειγμάτων και παράδοση
| Βιβλιοθήκη | Στρατηγική αλληλουχίας | Συνιστώμενα δεδομένα | Ποιοτικός έλεγχος |
| Βιβλιοθήκη mRNA CCS εμπλουτισμένη με PolyA | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Πολυ Α εμπλουτισμένο | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Νουκλεοτίδια
|
| Συμπ.(ng/μl) | Ποσότητα (μg) | Καθαρότητα | Ακεραιότητα |
| Βιβλιοθήκη Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Περιορισμένη ή καθόλου μόλυνση πρωτεϊνών ή DNA που εμφανίζεται στο gel. | Για φυτά: RIN≥4,0; Για ζώα: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; περιορισμένη ή καθόλου βασική ανύψωση |
| Βιβλιοθήκη PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Περιορισμένη ή καθόλου μόλυνση πρωτεϊνών ή DNA που εμφανίζεται στο gel. | Φυτά: RIN≥7,5 Ζώα: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; περιορισμένη ή καθόλου βασική ανύψωση |
Συνιστώμενη παράδοση δειγμάτων
Δοχείο: Σωλήνας φυγοκέντρησης 2 ml (δεν συνιστάται αλουμινόχαρτο)
Επισήμανση δείγματος: Ομάδα+αντίγραφο π.χ. A1, A2, A3; Β1, Β2, Β3.
Αποστολή:
1. Ξηρός πάγος:Τα δείγματα πρέπει να συσκευάζονται σε σάκους και να ταφούν σε ξηρό πάγο.
2. Σωλήνες σταθεροί σε RNA: Τα δείγματα RNA μπορούν να στεγνώσουν σε σωλήνα σταθεροποίησης RNA (π.χ. RNAstable®) και να αποσταλούν σε θερμοκρασία δωματίου.
Περιλαμβάνει την ακόλουθη ανάλυση:
Έλεγχος ποιότητας ακατέργαστων δεδομένων
Εναλλακτική Ανάλυση Πολυαδενυλίωσης (APA)
Ανάλυση μεταγραφής σύντηξης
Εναλλακτική Ανάλυση Συναρμογής
Συγκριτική αξιολόγηση Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).
Ανάλυση νέας μεταγραφής: πρόβλεψη ακολουθιών κωδικοποίησης (CDS) και λειτουργικός σχολιασμός
Ανάλυση lncRNA: πρόβλεψη lncRNA και στόχων
MicroSatelite Identification (SSR)
Ανάλυση διαφορικά εκφρασμένων μεταγραφών (DETs).
Ανάλυση διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων (DEGs).
Λειτουργικός σχολιασμός DEG και DET
Ανάλυση BUSCO
Εναλλακτική Ανάλυση Συναρμογής
Εναλλακτική Ανάλυση Πολυαδενυλίωσης (APA)
Διαφορικά εκφρασμένα γονίδια (DEGs) και μεταγραφές (ανάλυση DETs9
Δίκτυα αλληλεπίδρασης πρωτεΐνης-πρωτεΐνης DET και DEG
Εξερευνήστε τις προόδους που διευκολύνονται από την αλληλουχία πλήρους μήκους mRNA PacBio 2+3 της BMKGene μέσω μιας επιμελημένης συλλογής δημοσιεύσεων.
Chao, Q. et al. (2019) 'The Developmental dynamics of the Populus stem transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17(1), σελ. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, Η. et αϊ. (2022) «Δυναμικές αλλαγές στην περιεκτικότητα σε ασκορβικό οξύ κατά την ανάπτυξη και ωρίμανση των καρπών του Actinidia latifolia (μια καλλιέργεια φρούτων πλούσια σε ασκορβικό) και οι σχετικοί μοριακόι μηχανισμοί», International Journal of Molecular Sciences, 23(10), σελ. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, Χ. et αϊ. (2022) «Αποτελεσματική πρόβλεψη γονιδίων βιοσυνθετικής οδού που εμπλέκονται σε βιοδραστικές πολυφυλλίνες στην πολυφυλλία του Παρισιού», Communications Biology 2022 5:1, 5(1), σελ. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, Μ. et αϊ. (2023) 'Combined PacBio Iso-Seq and Illumina RNA-Seq Analysis of the Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome and Cytochrome P450 Genes', Insects, 14(4), σελ. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) «Μια έρευνα της πολυπλοκότητας του μεταγραφώματος χρησιμοποιώντας ανάλυση ενός μορίου PacBio σε πραγματικό χρόνο σε συνδυασμό με αλληλουχία RNA Illumina για καλύτερη κατανόηση της βιοσύνθεσης του ρικινελαϊκού οξέος στο Ricinus communis», BMC Genomics, 20(1), σελ. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
