Μη αναφορά βασισμένη σε αλληλουχία mRNA-NGS
Χαρακτηριστικά
● Καταγωγή του πολυεθνικού mRNA πριν από την προετοιμασία της βιβλιοθήκης
● Ανεξάρτητα από οποιοδήποτε γονιδίωμα αναφοράς: με βάση τη συναρμολόγηση των μεταγραφών de novo, δημιουργώντας μια λίστα με unigenes που σχολιάζονται με πολλαπλές βάσεις δεδομένων (NR, ελβετική προσφορά, COG, Kog, Eggnog, Pfam, Go, Kegg)
● Περιεκτική βιοπληροφορική ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης και της δομής μεταγραφής
Πλεονεκτήματα υπηρεσίας
●Εκτεταμένη τεχνογνωσία: Με ένα ιστορικό επεξεργασίας πάνω από 600.000 δείγματα στο BMKGENE, που εκτείνεται σε διάφορους τύπους δειγμάτων, όπως κυτταρικές καλλιέργειες, ιστούς και σωματικά υγρά, η ομάδα μας φέρνει πλούσια εμπειρία σε κάθε έργο. Έχουμε κλείσει με επιτυχία πάνω από 100.000 έργα mRNA-seq σε διάφορους ερευνητικούς τομείς.
●Αυστηρός ποιοτικός έλεγχος: Εφαρμόζουμε βασικά σημεία ελέγχου σε όλα τα στάδια, από την προετοιμασία του δείγματος και της βιβλιοθήκης έως την αλληλουχία και τη βιοπληροφορική. Αυτή η σχολαστική παρακολούθηση εξασφαλίζει την παράδοση σταθερά αποτελέσματα υψηλής ποιότητας.
● Περιεκτικός σχολιασμός: Χρησιμοποιούμε πολλαπλές βάσεις δεδομένων για να σχολιάσουμε λειτουργικά τα διαφορικά εκφρασμένα γονίδια (DEGs) και να εκτελέσουμε την αντίστοιχη ανάλυση εμπλουτισμού, παρέχοντας πληροφορίες για τις κυτταρικές και μοριακές διεργασίες που αποτελούν τη βάση της ανταπόκρισης του μεταγραφικού.
●Υποστήριξη μετά την πώληση: Η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα από την ολοκλήρωση του έργου με μια περίοδο υπηρεσίας μετά την πώληση 3 μηνών. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε την παρακολούθηση του έργου, την αντιμετώπιση προβλημάτων βοήθειας και τις συνεδρίες Q & A για την αντιμετώπιση τυχόν ερωτήσεων που σχετίζονται με τα αποτελέσματα.
Απαιτήσεις δείγματος και παράδοση
| Βιβλιοθήκη | Στρατηγική προσδιορισμού αλληλουχίας | Συνιστώμενα δεδομένα | Ποιοτικός έλεγχος |
| Πολυ -εμπλουτισμένο | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Απαιτήσεις δείγματος:
Νουκλεοτίδια:
| (Ng/μL) | Ποσό (μg) | Καθαρότητα | Ακεραιότητα |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0.5-2.5 Περιορισμένη ή καθόλου μόλυνση πρωτεΐνης ή ϋΝΑ που εμφανίζεται σε πήκτωμα. | Για τα φυτά: RIN≥4,0; Για ζώα: RIN≥4,5; 5.0≥28S/18S≥1,0; περιορισμένη ή καθόλου βασική ανύψωση |
● Φυτά:
Ρίζα, στέλεχος ή πέταλο: 450 mg
Φύλλο ή σπόρος: 300 mg
Φρούτα: 1,2 g
● Ζώο:
Καρδιά ή έντερο: 300 mg
Σπλάχνα ή εγκέφαλο: 240 mg
Μυς: 450 mg
Οστά, μαλλιά ή δέρμα: 1g
● Αρθρόποδα:
Έντομα: 6g
Crustacea: 300 mg
● Ολόκληρο το αίμα: 1 σωλήνας
● Κύτταρα: 106 κελιά
Συνιστώμενη παράδοση δείγματος
Δοχείο: 2 ml φυγοκεντρικού σωλήνα (δεν συνιστάται φύλλο κασσίτερου)
Δείγμα επισήμανσης: Ομάδα+αντιγραφή π.χ. Α1, Α2, Α3. Β1, Β2, Β3.
Αποστολή:
1. Dry-I-ICE: Τα δείγματα πρέπει να συσκευάζονται σε σακούλες και να ταφούν σε ξηρό πάγο.
2. Οι σωλήνες RNABLE: Τα δείγματα RNA μπορούν να στεγνώσουν σε σωλήνα σταθεροποίησης RNA (π.χ. RNastable®) και να αποστέλλονται σε θερμοκρασία δωματίου.
Ροή εργασίας
Σχεδιασμός πειραματισμού
Δειγματοληψία
Εκχύλιση RNA
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Προσδιορισμός αλληλουχίας
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Βιοπληροφορική
Μεταγραφική συναρμολόγηση και επιλογή unigene
Unigene σχολιασμός
Συσχέτιση δείγματος και αξιολόγηση βιολογικών επαναλήψεων
Διαφορικά εκφρασμένα γονίδια (DEGS)
Λειτουργικός σχολιασμός των DEGS
Λειτουργικός εμπλουτισμός του DEGS
Εξερευνήστε τις εξελίξεις που διευκολύνεται από τις υπηρεσίες αλληλουχίας MRNA του ευκαρυωτικού NGS του BMKGENE μέσω μιας επιμελημένης συλλογής δημοσιεύσεων.
Shen, F. et αϊ. (2020) 'De Novo Transcriptome Assembly και η γονιδιακή έκφραση του φύλου στις γονάδες του Amur Catfish (Silurus asotus)', Genomics, 112 (3), σελ. 2603-2614. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.01.026.
Zhang, C. et αϊ. (2016) «Μεταγραφική ανάλυση του μεταβολισμού της σακχαρόζης κατά τη διάρκεια της διόγκωσης και της ανάπτυξης του βολβού στο κρεμμύδι (Allium Cepa L.)», Frontiers in Plant Science, 7 (Σεπτέμβριος), σ. 212763. Doi: 10.3389/fpls.2016.01425/bibtex.
Zhu, C. et αϊ. (2017) 'De Novo Assembly, Χαρακτηρισμός και Σχολιασμός για το Μεταγραφικό του Sarcocheilichthys sinensis', PLOS ONE, 12 (2). doi: 10.1371/journal.pone.0171966.
Zou, L. et αϊ. (2021) 'De novo Transcriptome Analysis παρέχει πληροφορίες για την ανοχή αλατιού του podocarpus macrophyllus υπό τάση αλατότητας', BMC Plant Biology, 21 (1), σελ. 1-17. doi: 10.1186/s12870-021-03274-1/σχήματα/9.
