mRNA-seq (NGS) με γονιδίωμα αναφοράς
Το RNA-Seq είναι ένα τυπικό εργαλείο σε όλες τις επιστήμες της ζωής και των καλλιεργειών, γεφυρώνοντας το χάσμα μεταξύ γονιδιωμάτων και πρωτεϊνωμάτων. Η ισχύς του έγκειται στην ανακάλυψη νέων μεταγραφών και στην ποσοτικοποίηση της έκφρασής τους σε μία δοκιμασία. Χρησιμοποιείται ευρέως για συγκριτικές μεταγραφικές μελέτες, ρίχνοντας φως σε γονίδια που σχετίζονται με διάφορα χαρακτηριστικά ή φαινότυπα, όπως η σύγκριση των μεταλλάξεων με τους άγριους τύπους ή η αποκάλυψη της γονιδιακής έκφρασης υπό συγκεκριμένες συνθήκες. Η εφαρμογή BMKCloud MRNA (αναφορά) ενσωματώνει την ποσοτικοποίηση της έκφρασης, την ανάλυση διαφορικής έκφρασης (DEG) και τις αναλύσεις δομής αλληλουχίας στον αγωγό βιοπληροφορικής mRNA-seq (NGS) και συγχωνεύει τα πλεονεκτήματα του παρόμοιου λογισμικού, εξασφαλίζοντας την ευκολία και την φιλικότητα προς τους χρήστες. Οι χρήστες μπορούν να μεταφορτώσουν τα δεδομένα RNA-Seq στο σύννεφο, όπου η εφαρμογή προσφέρει μια ολοκληρωμένη, μονοαπευθυνόμενη βιοπληροφορική λύση ανάλυσης. Επιπλέον, δίνει προτεραιότητα στην εμπειρία των πελατών, προσφέροντας εξατομικευμένες λειτουργίες προσαρμοσμένες στις συγκεκριμένες ανάγκες των χρηστών. Οι χρήστες μπορούν να ορίσουν παραμέτρους και να υποβάλουν την αποστολή αγωγών από μόνα τους, να ελέγχουν τη διαδραστική αναφορά, να προβάλλουν δεδομένα/διαγράμματα και να ολοκληρώσουν την εξόρυξη δεδομένων, όπως: επιλογή γονιδίου στόχου, λειτουργική συσσώρευση, διάγραμμα κ.λπ.
Πλατφόρμα:Illumina, MGI
Στρατηγική:RNA-seq
Σχέδιο: Paried, καθαρά δεδομένα.
Τύπος βιβλιοθήκης:fr-unstranded, fr-firststrand ή fr-secondstrand
Μήκος ανάγνωσης:150 bp
Τύπος αρχείου:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz ή *.fq.gz. Το σύστημα θαΣυνδυάστε αυτόματα τα αρχεία .fastq σύμφωνα με τα ονόματα αρχείων τους,Π.χ. *_1.fastq συνδυασμένη με *.
Αριθμός δειγμάτων:Δεν υπάρχουν περιορισμοί στον αριθμότων δειγμάτων, αλλά ο χρόνος ανάλυσης θα αυξηθεί ως ο αριθμός τουΤα δείγματα μεγαλώνουν.
Συνιστώμενο ποσό δεδομένων:6g ανά δείγμα