Συναρμολόγηση γονιδιώματος T2T, γονιδίωμα χωρίς κενά
1stΔύο γονιδιώματα ρυζιού1
Τίτλος: Συναρμολόγηση και επικύρωση δύο γονιδιωμάτων αναφοράς χωρίς κενά για το Xian/Indica Rice αποκαλύπτει πληροφορίες για την αρχιτεκτονική του Centromere Plant Centromere
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Δημοσιεύτηκε ώρα: 01 Ιανουαρίου 2021.
Ινστιτούτο: Huazhong Agricultural University, Κίνα
Υλικά
O. sativa xian/indicaΟι ποικιλίες του ρυζιού 'Zhenshan 97 (ZS97)' και 'Minghui 63 (MH63)
Στρατηγική προσδιορισμού αλληλουχίας
Το NGS Reads + HiFi Reads + CLR διαβάζει + Bionano + Hi-C
Δεδομένα:
ZS97: 8.34 GB (~ 23x) HIFI Reads + 48.39 GB (~ 131x) CLR διαβάζει + 25 GB (~ 69x) NGS + 2 Bionano Irys κύτταρα
MH63: 37.88 GB (~ 103x) HIFI Reads + 48.97 GB (~ 132x) CLR διαβάζει + 28 GB (~ 76x) NGS + 2 Bionano Irys κύτταρα
Εικόνα 1 Δύο γονιδιώματα χωρίς κενά ρυζιού (MH63 και ZS97)
2ndΓονιδίωμα μπανάνας2
Τίτλος: Χρωμοσώματα μπανάνας με τελομερή σε-telomere χρησιμοποιώντας αλληλουχία νανοπόρων
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Δημοσιεύτηκε ώρα: 17 Απριλίου 2021.
Ινστιτούτο: Université Paris-Saclay, Γαλλία
Υλικά
Διπλό απλοειδέςMusa acuminataSPPmalaccensis(Dh-pahang)
Στρατηγική και δεδομένα αλληλουχίας:
HESEQ2500 PE250 MODE+ MINION/ PRORETHION (93GB, ~ 200x)+ Οπτικός χάρτης (DLE-1+ BSPQ1)
Πίνακας 1 Σύγκριση συγκροτημάτων γονιδιώματος Musa Acuminata (DH-Pahang)
Εικόνα 2 Σύγκριση αρχιτεκτονικής γονιδιωμάτων Musa
3rdΓονιδίωμα τρικερνούτου phaeodactylum3
Τίτλος: συναρμολόγηση γονιδιώματος Telomere-to-Telomere τουP
τρικερνούτο haeodactylum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Δημοσιεύτηκε ώρα: 04 Μαΐου, 2021
Ινστιτούτο: Δυτικό Πανεπιστήμιο, Καναδάς
Υλικά
Tricornutum phaeodactylum(Συλλογή καλλιέργειας φύκων και πρωτόζωα CCAP 1055/1)
Στρατηγική και δεδομένα αλληλουχίας:
1 Oxford Nanopore Minion Flow Cell + A 2 × 75 ζευγαρωμένο μεσαία έξοδο Nextseq 550 Run
Εικόνα 3 ροή εργασίας για συναρμολόγηση γονιδιώματος τελομερών προς ο-τελαμακερατό
4thΑνθρώπινο γονιδίωμα CHM134
Τίτλος: Η πλήρης ακολουθία ενός ανθρώπινου γονιδιώματος
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Δημοσιευμένη ώρα: 27 Μαΐου 2021
Ινστιτούτο: Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας (NIH), ΗΠΑ
Υλικά: Κυτταρική σειρά CHM13
Στρατηγική και δεδομένα αλληλουχίας:
Η αλληλούχιση της κυκλικής συναίνεσης 30 χ PacBio (HIFI), 120 χ Oxford Nanopore Ultra-Long Read Sequencing, Hi-C (Hi-C), Bionano Optical Laps, Bionano, Bionano, Bionano, και strand-seq
Πίνακας 2 Σύγκριση των συγκροτημάτων ανθρώπινου γονιδιώματος GRCH38 και T2T-CHM13
Αναφορά
1.Sergey Nurk et αϊ. Η πλήρης ακολουθία ενός ανθρώπινου γονιδιώματος. Biorxiv 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Caroline Belser et αϊ. Τα χρωμοσώματα της μπανάνας των τελομερών προς το-----------telomere χρησιμοποιώντας την αλληλουχία νανοπόρων. Biorxiv 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et αϊ. Συναρμολόγηση γονιδιώματος Telomere-to-telomere του τρικερνούτου Phaeodactylum. Biorxiv 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song et al. Συναρμολόγηση και επικύρωση δύο γονιδιωμάτων αναφοράς χωρίς κενά για το Xian/Indica Rice αποκαλύπτει πληροφορίες για την αρχιτεκτονική του κεντρομερού. Biorxiv 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Χρόνος δημοσίευσης: Ιαν-06-2022