Μεταγραφή πλήρους μήκους Nanpore

Ο προσδιορισμός αλληλουχίας μεταγραφομένων νανοπόρων είναι μια ισχυρή μέθοδος για τον προσδιορισμό της αλληλουχίας των cDNA πλήρους μήκους, τον ακριβή προσδιορισμό και τον ποσοτικό προσδιορισμό των ισομορφών μεταγραφής. Το BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline έχει σχεδιαστεί για να αναλύει δεδομένα RNA-Seq που δημιουργούνται στην πλατφόρμα Nanopore έναντι ενός γονιδιώματος αναφοράς υψηλής ποιότητας με καλά σχολιασμένο, παρέχοντας ποιοτική και ποσοτική ανάλυση τόσο σε επίπεδο γονιδίου όσο και σε επίπεδο μεταγραφής. Μετά τον ποιοτικό έλεγχο, λαμβάνονται πλήρους μήκους μη χιμαιρικές (FLNC) αλληλουχίες και οι συναινετικές αλληλουχίες χαρτογραφούνται στο γονιδίωμα αναφοράς για την αφαίρεση περιττών μεταγραφών. Από αυτό το σύνολο μεταγραφής, η έκφραση προσδιορίζεται ποσοτικά και διαφοροποιημένα εκφραζόμενα γονίδια και μεταγραφές ταυτοποιούνται και σχολιάζονται λειτουργικά. Ο αγωγός περιλαμβάνει επίσης ανάλυση εναλλακτικής πολυαδενυλίωσης (APA), ανάλυση εναλλακτικής ματίσματος, ανάλυση επανάληψης απλής ακολουθίας (SSR), πρόβλεψη lncRNA και αντίστοιχων στόχων, πρόβλεψη κωδικοποιητικών αλληλουχιών (CDS), ανάλυση οικογένειας γονιδίων, ανάλυση παραγόντων μεταγραφής, πρόβλεψη νέων γονιδίων και λειτουργικός σχολιασμός μεταγραφών.