mRNA-seq (NGS) – De novo

Η αλληλουχία mRNA επιτρέπει τη δημιουργία προφίλ όλων των μεταγραφών mRNA στα κύτταρα υπό συγκεκριμένες συνθήκες και είναι μια ευρέως χρησιμοποιούμενη τεχνολογία σε διάφορους ερευνητικούς τομείς. Ο αγωγός BMKCloud De novo mRNA-seq έχει σχεδιαστεί για να αναλύει βιβλιοθήκες αλληλουχίας εμπλουτισμένες με πολυ-Α όταν δεν υπάρχει διαθέσιμο γονιδίωμα αναφοράς. Ο αγωγός ξεκινά με ποιοτικό έλεγχο και ακολουθείde novoσυναρμολόγηση μεταγραφής και επιλογή συνόλου unigene. Η ανάλυση δομής unigene προβλέπει κωδικοποιητική αλληλουχία (CDS) και απλές επαναλήψεις ακολουθίας (SSR). Στη συνέχεια, η ανάλυση διαφορικής έκφρασης βρίσκει διαφορικά εκφρασμένα γονίδια (DEGs) μεταξύ των ελεγχόμενων συνθηκών, ακολουθούμενα από λειτουργικό σχολιασμό και εμπλουτισμό των DEG για την εξαγωγή βιολογικών γνώσεων.