● Διατίθενται δύο πάνελ exome με βάση τον εμπλουτισμό στόχου με ανιχνευτές: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) και xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Αλληλουχία στο Illumina NovaSeq.
● Βιοπληροφορικός αγωγός που κατευθύνεται προς ανάλυση ασθενειών ή ανάλυση όγκου.
●Στοχεύει την περιοχή κωδικοποίησης πρωτεϊνών: Με τη σύλληψη και τον προσδιορισμό της αλληλουχίας των περιοχών κωδικοποίησης πρωτεΐνης, το hWES χρησιμοποιείται για την αποκάλυψη παραλλαγών που σχετίζονται με τη δομή της πρωτεΐνης.
●Οικονομικό:Το hWES αποδίδει περίπου το 85% των μεταλλάξεων που σχετίζονται με την ανθρώπινη ασθένεια από το 1% του ανθρώπινου γονιδιώματος.
●Υψηλή Ακρίβεια: Με υψηλό βάθος αλληλουχίας, το hWES διευκολύνει τον εντοπισμό τόσο κοινών όσο και σπάνιων παραλλαγών με συχνότητες μικρότερες από 1%.
●Αυστηρός ποιοτικός έλεγχος: Εφαρμόζουμε πέντε βασικά σημεία ελέγχου σε όλα τα στάδια, από την προετοιμασία του δείγματος και της βιβλιοθήκης μέχρι την αλληλούχιση και τη βιοπληροφορική. Αυτή η σχολαστική παρακολούθηση διασφαλίζει την παροχή σταθερά υψηλής ποιότητας αποτελεσμάτων.
●Ολοκληρωμένη Βιοπληροφορική Ανάλυση: ο αγωγός μας υπερβαίνει τον εντοπισμό παραλλαγών στο γονιδίωμα αναφοράς, καθώς ενσωματώνει προηγμένη ανάλυση που έχει σχεδιαστεί για να αντιμετωπίζει ειδικά ερευνητικά ερωτήματα που σχετίζονται με γενετικές πτυχές ασθενειών ή ανάλυση όγκων.
●Υποστήριξη μετά την πώληση:Η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα από την ολοκλήρωση του έργου με περίοδο εξυπηρέτησης μετά την πώληση 3 μηνών. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε παρακολούθηση έργου, βοήθεια για την αντιμετώπιση προβλημάτων και συνεδρίες Q&A για την αντιμετώπιση τυχόν ερωτημάτων που σχετίζονται με τα αποτελέσματα.
Exon Capture Strategy | Στρατηγική Αλληλουχίας | Προτεινόμενη έξοδος δεδομένων |
Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) ή xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5 -10 Gb Για μεντελικές διαταραχές/σπάνιες ασθένειες: > 50x Για δείγματα όγκου: ≥ 100x |
Τύπος δείγματος
| Ποσό(Qubit®)
| Συγκέντρωση | Τόμος
| Καθαρότητα (NanoDrop™) |
Γονιδιωματικό DNA
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μL | ≥ 15 μL | OD260/280=1,8-2,0 καμία υποβάθμιση, καμία μόλυνση
|
Η βιοπληροφορική ανάλυση των δειγμάτων της νόσου hWES περιλαμβάνει:
● Αλληλουχία QC δεδομένων
● Ευθυγράμμιση γονιδιώματος αναφοράς
● Προσδιορισμός SNP και InDels
● Λειτουργικός σχολιασμός SNP και InDels
Η βιοπληροφορική ανάλυση δειγμάτων όγκου περιλαμβάνει:
● Αλληλουχία QC δεδομένων
● Ευθυγράμμιση γονιδιώματος αναφοράς
● Προσδιορισμός SNP, InDels και σωματικών παραλλαγών
● Προσδιορισμός παραλλαγών βλαστικής σειράς
● Ανάλυση υπογραφών μετάλλαξης
● Προσδιορισμός γονιδίων κίνησης με βάση μεταλλάξεις κέρδους λειτουργίας
● Σχολιασμός μετάλλαξης σε επίπεδο ευαισθησίας στα φάρμακα
● Ανάλυση ετερογένειας – υπολογισμός καθαρότητας και πλοειδίας
QC δεδομένων – Στατιστικά στοιχεία σύλληψης Exome
Αναγνώριση παραλλαγής – InDels
Προηγμένη ανάλυση: αναγνώριση και κατανομή επιβλαβών SNP/InDels – Οικόπεδο Circos
Ανάλυση όγκου: αναγνώριση και κατανομή σωματικών μεταλλάξεων – Διάγραμμα Circos
Ανάλυση όγκου: κλωνικές γενεαλογίες