Hi-C βασισμένο σε συναρμολόγηση γονιδιώματος
Το HI-C είναι μια μέθοδος που έχει σχεδιαστεί για να συλλάβει τη διαμόρφωση χρωμοσωμάτων συνδυάζοντας τις αλληλεπιδράσεις με βάση την εγγύτητα και την αλληλουχία υψηλής απόδοσης. Η ένταση αυτών των αλληλεπιδράσεων πιστεύεται ότι συσχετίζεται αρνητικά με τη φυσική απόσταση στα χρωμοσώματα. Επομένως, τα δεδομένα HI-C χρησιμοποιούνται για την καθοδήγηση της συσσώρευσης, της παραγγελίας και του προσανατολισμού των συναρμολογημένων αλληλουχιών σε ένα γονιδίωμα του σχεδίου και την αγκύρωση αυτών σε ένα ορισμένο αριθμό χρωμοσωμάτων. Αυτή η τεχνολογία εξουσιοδοτεί μια συναρμολόγηση γονιδιώματος σε επίπεδο χρωμοσωμάτων, ελλείψει πληθυσμιακού γενετικού χάρτη. Κάθε γονιδίωμα χρειάζεται ένα HI-C.
Χαρακτηριστικά υπηρεσίας
● Ανεξάρτητα από την Illumina Novaseq με PE150.
● Η υπηρεσία απαιτεί δείγματα ιστών, αντί να εκχυλισμένα νουκλεϊνικά οξέα, να διασταυρωθεί με φορμαλδεΰδη και να διατηρηθεί οι αλληλεπιδράσεις ϋΝΑ-πρωτεΐνης.
● Το πείραμα Hi-C περιλαμβάνει περιορισμό και αποκατάσταση τελικής αποκατάστασης των κολλώδεις άκρες με βιοτίνη, ακολουθούμενη από την κυκλοποίηση των προκύπτουσων αμβλύ άκρων διατηρώντας ταυτόχρονα τις αλληλεπιδράσεις. Το DNA στη συνέχεια τραβιέται κάτω με σφαιρίδια στρεπταβιδίνης και καθαρίζεται για την επακόλουθη προετοιμασία της βιβλιοθήκης.
Πλεονεκτήματα υπηρεσίας
Επισκόπηση του HI-C
(Lieberman-Aiden E et αϊ.,Επιστήμη, 2009)
●Εξάλειψη της ανάγκης για δεδομένα γενετικού πληθυσμού:Το HI-C αντικατοπτρίζει τις βασικές πληροφορίες που απαιτούνται για την αγκυροβόληση.
●Υψηλή πυκνότητα δείκτη:οδηγώντας σε υψηλό λόγο αγκύρωσης contig πάνω από 90%.
●Εκτεταμένη τεχνογνωσία και αρχεία δημοσίευσης:Το Bmkgene έχει τεράστια εμπειρία με περισσότερες από 2000 περιπτώσεις συναρμολόγησης γονιδιώματος HI-C από 1000 διαφορετικά είδη και διάφορα διπλώματα ευρεσιτεχνίας. Πάνω από 200 δημοσιευμένες περιπτώσεις έχουν συσσωρευμένο συντελεστή επιπτώσεων άνω του 2000.
●Η ομάδα βιοπληροφορικής υψηλής ειδίκευσης:Με τα διπλάκια εσωτερικού χώρου και τα πνευματικά δικαιώματα λογισμικού για πειράματα HI-C και ανάλυση δεδομένων, το λογισμικό δεδομένων αυτο-αναπτυγμένης απεικόνισης επιτρέπει τη μετακίνηση, την αναστροφή, την ανάκληση, την ανάκληση και την επαναφορά.
●Υποστήριξη μετά την πώληση:Η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα από την ολοκλήρωση του έργου με μια περίοδο υπηρεσίας μετά την πώληση 3 μηνών. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε την παρακολούθηση του έργου, την αντιμετώπιση προβλημάτων βοήθειας και τις συνεδρίες Q & A για την αντιμετώπιση τυχόν ερωτήσεων που σχετίζονται με τα αποτελέσματα.
●Περιεκτικός σχολιασμός: Χρησιμοποιούμε πολλαπλές βάσεις δεδομένων για να σχολιάσουμε λειτουργικά τα γονίδια με αναγνωρισμένες παραλλαγές και να εκτελέσουμε την αντίστοιχη ανάλυση εμπλουτισμού, παρέχοντας πληροφορίες για πολλαπλά ερευνητικά έργα.
Προδιαγραφές υπηρεσίας
| Προετοιμασία βιβλιοθήκης | Στρατηγική προσδιορισμού αλληλουχίας | Συνιστώμενη έξοδος δεδομένων | Ποιοτικός έλεγχος |
| Βιβλιοθήκη HI-C | Illumina Novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Απαιτήσεις δειγματοληψίας
| Ιστός | Απαιτούμενο ποσό |
| Ζωικά σπλάχνα | ≥ 2 g |
| Ζωικός μυς | |
| Αίμα θηλαστικών | ≥ 2 mL |
| Πύλημα/αίμα ψαριών | |
| Φυτό-φρέσκο φύλλο | ≥ 3 g |
| Καλλιεργημένα κύτταρα | ≥ 1x107 |
| Εντομο | ≥ 2 g |
Ροή εργασίας
Σχεδιασμός πειραματισμού
Δειγματοληψία
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Προσδιορισμός αλληλουχίας
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
1) ακατέργαστα δεδομένα QC
2) Βιβλιοθήκη HI-C QC: Εκτίμηση έγκυρων αλληλεπιδράσεων HI-C
3) Συγκρότημα HI-C: Ομάδα των contigs σε ομάδες, ακολουθούμενη από την παραγγελία σε κάθε ομάδα και την ανάθεση προσανατολισμού contig
4) Αξιολόγηση HI-C
Βιβλιοθήκη HI-C QC-Εκτίμηση των έγκυρων ζευγών αλληλεπίδρασης HI-C
HI-C συναρμολόγηση-στατιστικά στοιχεία
Αξιολόγηση μετά από συναρμολόγηση-Χάρτη θερμότητας της έντασης σήματος μεταξύ των κάδων
Εξερευνήστε τις εξελίξεις που διευκολύνεται από τις υπηρεσίες συναρμολόγησης HI-C του BMKGENE μέσω μιας επιμελημένης συλλογής δημοσιεύσεων.
Tian, Τ. Et αϊ. (2023) «Συναρμολόγηση γονιδιώματος και γενετική ανατομή ενός εξέχοντος ανθεκτικού στην ξηρασία του αραβοσίτου», Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), σελ. 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et αϊ. (2020) «Μια συναρμολόγηση χρωμοσωμάτων της ασιατικής γονιδιώματος APIS Cerana», Frontiers in Genetics, 11, σ. 524140. Doi: 10.3389/fgene.2020.00279/bibtex.
Zhang, F. et αϊ. (2023) «Αποκάλυψη της εξέλιξης της βιοσύνθεσης αλκαλοειδούς τροπανίου, αναλύοντας δύο γονιδιώματα στην οικογένεια Solanaceae», Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), σελ. 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, Χ. Et αϊ. (2020) «Τα γονιδιώματα του δέντρου Banyan και του επικονιαστού WASP παρέχουν πληροφορίες σχετικά με τη συνδιάσκεψη του Fig-Wasp», Cell, 183 (4), σελ. 875-889.e17. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
