Αλληλεπίδραση χρωματίνης με βάση Hi-C
Χαρακτηριστικά υπηρεσίας
● Αλληλουχία σε Illumina NovaSeq με PE150.
● Η υπηρεσία απαιτεί δείγματα ιστού, αντί για εκχυλισμένα νουκλεϊκά οξέα, να διασταυρωθούν με φορμαλδεΰδη και να διατηρηθούν οι αλληλεπιδράσεις DNA-πρωτεΐνης.
● Το πείραμα Hi-C περιλαμβάνει περιορισμό και τελική επιδιόρθωση των κολλωδών άκρων με βιοτίνη, που ακολουθείται από κυκλοποίηση των αμβλέων άκρων που προκύπτουν διατηρώντας παράλληλα τις αλληλεπιδράσεις. Το DNA στη συνέχεια τραβιέται προς τα κάτω με σφαιρίδια στρεπταβιδίνης και καθαρίζεται για επακόλουθη προετοιμασία βιβλιοθήκης.
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
●Βέλτιστος σχεδιασμός ενζύμου περιορισμού: για εξασφάλιση υψηλής απόδοσης Hi-C σε διαφορετικά είδη με έγκυρα ζεύγη αλληλεπίδρασης έως και 93%.
●Εκτεταμένη τεχνογνωσία και αρχεία δημοσίευσης:Η BMKGene έχει τεράστια εμπειρία με >2000 έργα αλληλουχίας Hi-C από 800 διαφορετικά είδη και διάφορες πατέντες. Πάνω από 100 δημοσιευμένες υποθέσεις με αθροιστικό παράγοντα αντίκτυπου πάνω από 900.
●Ομάδα Βιοπληροφορικής υψηλής εξειδίκευσης:με εσωτερικά διπλώματα ευρεσιτεχνίας και πνευματικά δικαιώματα λογισμικού για πειράματα Hi-C και ανάλυση δεδομένων και ένα λογισμικό δεδομένων οπτικοποίησης που έχει αναπτυχθεί μόνος του.
●Υποστήριξη μετά την πώληση:Η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα από την ολοκλήρωση του έργου με περίοδο εξυπηρέτησης μετά την πώληση 3 μηνών. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε παρακολούθηση έργου, βοήθεια για την αντιμετώπιση προβλημάτων και συνεδρίες Q&A για την αντιμετώπιση τυχόν ερωτημάτων που σχετίζονται με τα αποτελέσματα.
●Ολοκληρωμένος σχολιασμός: χρησιμοποιούμε πολλαπλές βάσεις δεδομένων για να σχολιάσουμε λειτουργικά τα γονίδια με προσδιορισμένες παραλλαγές και να εκτελέσουμε την αντίστοιχη ανάλυση εμπλουτισμού, παρέχοντας πληροφορίες για πολλαπλά ερευνητικά έργα.
Προδιαγραφές Υπηρεσίας
| Βιβλιοθήκη | Στρατηγική Αλληλουχίας | Συνιστώμενη έξοδος δεδομένων | Ανάλυση σήματος Hi-C |
| Βιβλιοθήκη Hi-C | Illumina PE150 | Βρόχος χρωματίνης: 150x TAD: 50x | Βρόχος χρωματίνης: 10 Kb TAD: 40 Kb |
Απαιτήσεις υπηρεσιών
| Τύπος δείγματος | Απαιτούμενο ποσό |
| Ζωικός ιστός | ≥2 γρ |
| Ολόκληρο αίμα | ≥2mL |
| Μύκητες | ≥1 γρ |
| Φυτό - νεαρός ιστός | 1 g/ποσοστό, συνιστώνται 2-4 κλάσματα |
| Καλλιεργημένα κύτταρα | ≥1x107 |
Περιλαμβάνει την ακόλουθη ανάλυση:
● QC πρωτογενών δεδομένων.
● QC βιβλιοθήκης χαρτογράφησης και Hi-C: έγκυρα ζεύγη αλληλεπίδρασης και εκθέτες αποσύνθεσης αλληλεπίδρασης (IDE).
● Προφίλ αλληλεπίδρασης σε όλο το γονιδίωμα: ανάλυση cis/trans και χάρτης αλληλεπίδρασης Hi-C.
● Ανάλυση της κατανομής του διαμερίσματος Α/Β.
● Προσδιορισμός TADs και βρόχων χρωματίνης.
● Διαφορική ανάλυση σε στοιχεία δομής τρισδιάστατης χρωματίνης μεταξύ δειγμάτων και αντίστοιχος λειτουργικός σχολιασμός των σχετικών γονιδίων.
Κατανομή Cis και trans αναλογίας
Χάρτης θερμότητας χρωμοσωμικών αλληλεπιδράσεων μεταξύ δειγμάτων
Κατανομή διαμερισμάτων A/B σε όλο το γονιδίωμα
Κατανομή βρόχων χρωματίνης σε όλο το γονιδίωμα
Οπτικοποίηση TADs
Εξερευνήστε τις προόδους της έρευνας που διευκολύνονται από τις υπηρεσίες αλληλουχίας Hi-C της BMKGene μέσω μιας επιμελημένης συλλογής δημοσιεύσεων.
Meng, Τ. et αϊ. (2021) «Μια συγκριτική ολοκληρωμένη πολυ-ωμική ανάλυση προσδιορίζει το CA2 ως νέο στόχο για το χόρδωμα»,Νευρο-Ογκολογία, 23(10), σσ. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) «Η τρισδιάστατη αποδιοργάνωση και η αναδιάταξη του γονιδιώματος παρέχει πληροφορίες για την παθογένεση του NAFLD με ενσωματωμένη αλληλουχία Hi-C, Nanpore και RNA»,Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), σελ. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
