Η μελέτη συσχέτισης σε επίπεδο γονιδιώματος (GWAS) στοχεύει στον εντοπισμό γενετικών παραλλαγών (γονότυπος) που σχετίζονται με συγκεκριμένα χαρακτηριστικά (φαινότυπος). Οι μελέτες GWA διερευνούν γενετικούς δείκτες διασχίζουν ολόκληρο το γονιδίωμα μεγάλου αριθμού ατόμων και προβλέπει συσχετίσεις γονότυπου-φαινοτύπου με στατιστική ανάλυση σε επίπεδο πληθυσμού. Η επανεξέταση ολόκληρου του γονιδιώματος μπορεί ενδεχομένως να ανακαλύψει όλες τις γενετικές παραλλαγές. Η σύζευξη με φαινοτυπικά δεδομένα, το GWAS μπορεί να υποβληθεί σε επεξεργασία για τον εντοπισμό των SNPs, QTLs και των υποψήφιων γονιδίων που σχετίζονται με φαινότυπους, τα οποία υποστηρίζουν έντονα τη σύγχρονη αναπαραγωγή ζώων/φυτών. Το SLAF είναι μια αυτο-αναπτυγμένη απλοποιημένη στρατηγική αλληλουχίας γονιδιώματος, η οποία ανακαλύπτει τους κατανεμημένους δείκτες σε όλο το γονιδίωμα, SNP. Αυτά τα SNPs, ως μοριακοί γενετικοί δείκτες, μπορούν να υποβληθούν σε επεξεργασία για μελέτες συσχέτισης με στοχευμένα χαρακτηριστικά. Πρόκειται για μια οικονομικά αποδοτική στρατηγική για τον εντοπισμό σύνθετων χαρακτηριστικών που σχετίζονται με τις γενετικές παραλλαγές.
