Ανάλυση συσχέτισης σε όλο το γονιδίωμα
Ροή εργασίας
Πλεονεκτήματα υπηρεσίας
●Εκτεταμένη τεχνογνωσία και αρχεία δημοσίευσης: Με συσσωρευμένη εμπειρία στο GWAS, η BMKGENE ολοκλήρωσε εκατοντάδες έργα ειδών στην έρευνα του πληθυσμού GWAS, υποβοηθούμενους ερευνητές για τη δημοσίευση περισσότερων από 100 άρθρων και ο σωρευτικός παράγοντας αντίκτυπου έφτασε τα 500.
● Περιεκτική ανάλυση βιοπληροφορικής: Η ροή εργασίας περιλαμβάνει ανάλυση συσχέτισης SNP-Trait, παρέχοντας ένα σύνολο υποψήφιων γονιδίων και την αντίστοιχη λειτουργική τους σχολιασμό.
●Ομάδα βιοπληροφορικής υψηλής ειδίκευσης και κύκλου σύντομης ανάλυσης: Με μεγάλη εμπειρία στην προηγμένη ανάλυση γονιδιωματικής, η ομάδα του Bmkgene προσφέρει ολοκληρωμένες αναλύσεις με γρήγορο χρόνο ανάκαμψης.
●Υποστήριξη μετά την πώληση:Η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα από την ολοκλήρωση του έργου με μια περίοδο υπηρεσίας μετά την πώληση 3 μηνών. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε την παρακολούθηση του έργου, την αντιμετώπιση προβλημάτων βοήθειας και τις συνεδρίες Q & A για την αντιμετώπιση τυχόν ερωτήσεων που σχετίζονται με τα αποτελέσματα.
Προδιαγραφές και απαιτήσεις υπηρεσίας
| Τύπος αλληλουχίας | Συνιστώμενη κλίμακα πληθυσμού | Στρατηγική προσδιορισμού αλληλουχίας | Απαιτήσεις νουκλεοτιδίων |
| Ολόκληρη η αλληλουχία γονιδιώματος | 200 δείγματα | 10x | Συγκέντρωση: ≥ 1 ng/ μL Συνολικό ποσό ≥ 30ng Περιορισμένη ή καθόλου υποβάθμιση ή μόλυνση |
| Ειδικό ενισχυμένο θραύσμα (SLAF) | Βάθος ετικέτας: 10x Αριθμός ετικετών: <400 MB: Το WGS συνιστάται <1GB: 100K ετικέτες 1GB > Ετικέτες 2GB: 300K Ετικέτες μέγιστης 500K | Συγκέντρωση ≥ 5 ng/μL Συνολικό ποσό ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5 Gel Agarose: Όχι ή περιορισμένη αποικοδόμηση ή μόλυνση
|
Επιλογή υλικού
Διαφορετικές ποικιλίες, υποείδη, landraces/genebanks/μικτές οικογένειες/άγριοι πόροι
Διαφορετικές ποικιλίες, υποείδη, εκτάσεις
Οικογένεια/Πλήρης Οικογένεια/Άγρια Πόροι Half-Sib
Ροή εργασίας
Σχεδιασμός πειραματισμού
Δειγματοληψία
Εκχύλιση RNA
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Προσδιορισμός αλληλουχίας
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Περιλαμβάνει την ακόλουθη ανάλυση:
- Ανάλυση συσχέτισης σε επίπεδο γονιδιώματος: LM, LMM, Emmax, FastLMM μοντέλο
- Λειτουργικός σχολιασμός υποψήφιων γονιδίων
Ανάλυση συσχέτισης SNP-Trait-Οικόπεδο του Μανχάταν
Ανάλυση συσχέτισης SNP-Trait-Plot QQ
Εξερευνήστε τις εξελίξεις που διευκολύνεται από τις υπηρεσίες DE GWAS της BMKGENE μέσω μιας επιμελημένης συλλογής δημοσιεύσεων:
LV, L. et αϊ. (2023) «Η διορατικότητα στη γενετική βάση της ανοχής της αμμωνίας στο Razor Clam Sinonovacula Constricta από τη μελέτη του συνδέσμου σε όλο το γονιδίωμα»,Υδατοκαλλιέργεια, 569, σελ. 739351. Doi: 10.1016/j.aquaculture.2023.739351.
Li, Χ. Et αϊ. (2022) «Οι αναλύσεις πολλαπλών ομάδων των 398 προσπέλασης κεχρί Foxtail αποκαλύπτουν γονιδιωματικές περιοχές που σχετίζονται με την εξημέρωση, τα χαρακτηριστικά μεταβολίτη και τα αντιφλεγμονώδη αποτελέσματα»,Μοριακό φυτό, 15 (8), σελ. 1367-1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et αϊ. (2022) «Χαρτογράφηση συσχέτισης γονιδιώματος των φαινοτύπων του Hulless μόλις στο περιβάλλον ξηρασίας»,Σύνορα στην επιστήμη των φυτών, 13, σελ. 924892. Doi: 10.3389/fpls.2022.924892/bibtex.
Zhao, Χ. Et αϊ. (2021) Το GMST1, το οποίο κωδικοποιεί μια σουλφοτρανσφεράση, προσδίδει αντίσταση σε στελέχη του ιού του μωσαϊκού σόγιας G2 και G3,,Φυτό, κυψέλη και περιβάλλον, 44 (8), σελ. 2777-2792. doi: 10.1111/pce.14066.
