Πλήρους μήκους mRNA αλληλουχία-νανοπόρο
Χαρακτηριστικά
● Καταγωγή του πολυ-Α mRNA που ακολουθείται από σύνθεση cDNA και προετοιμασία βιβλιοθήκης
● Ανθεκτικότητα των μεταγραφών πλήρους μήκους
● Βιοπληροφορική ανάλυση που βασίζεται στην ευθυγράμμιση σε ένα γονιδίωμα αναφοράς
● Η βιοπληροφορική ανάλυση περιλαμβάνει όχι μόνο την έκφραση σε γονίδιο και ισομορφή, αλλά και ανάλυση του lncRNA, των γονιδιακών συγχωνεύσεων, της πολυ-αδενυλίωσης και της γονιδιακής δομής
Πλεονεκτήματα υπηρεσίας
●Ποσοτικοποίηση της έκφρασης σε επίπεδο ισομορφής: Ενεργοποίηση λεπτομερούς και ακριβούς ανάλυσης έκφρασης, αποκαλύπτοντας αλλαγή που μπορεί να καλυφθεί κατά την ανάλυση ολόκληρης της γονιδιακής έκφρασης
●Μειωμένες απαιτήσεις δεδομένων:Σε σύγκριση με την αλληλουχία της επόμενης γενιάς (NGS), η προσδιορισμό αλληλουχίας νανοπορίας παρουσιάζει χαμηλότερες απαιτήσεις δεδομένων, επιτρέποντας ισοδύναμα επίπεδα ποσοτικοποίησης γονιδιακής έκφρασης ποσοτικοποίησης με μικρότερα δεδομένα.
●Υψηλότερη ακρίβεια της ποσοτικοποίησης έκφρασης: τόσο σε επίπεδο γονιδίων όσο και ισομορφής
●Αναγνώριση πρόσθετων μεταγραφικών πληροφοριών: Εναλλακτική πολυαδενυλίωση, γονίδια σύντηξης και lcnRNA και τα γονίδια στόχου τους
●Εκτεταμένη τεχνογνωσία: Η ομάδα μας φέρνει μια πλούσια εμπειρία σε κάθε έργο, έχοντας ολοκληρώσει πάνω από 850 μεταγραφικά έργα Nanopore πλήρους μήκους και επεξεργάστηκε πάνω από 8.000 δείγματα.
●Υποστήριξη μετά την πώληση: Η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα από την ολοκλήρωση του έργου με μια περίοδο υπηρεσίας μετά την πώληση 3 μηνών. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε την παρακολούθηση του έργου, την αντιμετώπιση προβλημάτων βοήθειας και τις συνεδρίες Q & A για την αντιμετώπιση τυχόν ερωτήσεων που σχετίζονται με τα αποτελέσματα.
Απαιτήσεις δείγματος και παράδοση
| Βιβλιοθήκη | Στρατηγική προσδιορισμού αλληλουχίας | Συνιστώμενα δεδομένα | Ποιοτικός έλεγχος |
| Πολυ -εμπλουτισμένο | Illumina PE150 | 6/12 GB | Μέση βαθμολογία ποιότητας: Q10 |
Απαιτήσεις δείγματος:
Νουκλεοτίδια:
| (Ng/μL) | Ποσό (μg) | Καθαρότητα | Ακεραιότητα |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0.5-2.5 Περιορισμένη ή καθόλου μόλυνση πρωτεΐνης ή ϋΝΑ που εμφανίζεται σε πήκτωμα. | Για φυτά: RIN≥7,0; Για ζώα: RIN≥7,5; 5.0≥28S/18S≥1,0; περιορισμένη ή καθόλου βασική ανύψωση |
● Φυτά:
Ρίζα, στέλεχος ή πέταλο: 450 mg
Φύλλο ή σπόρος: 300 mg
Φρούτα: 1,2 g
● Ζώο:
Καρδιά ή έντερο: 300 mg
Σπλάχνα ή εγκέφαλο: 240 mg
Μυς: 450 mg
Οστά, μαλλιά ή δέρμα: 1g
● Αρθρόποδα:
Έντομα: 6g
Crustacea: 300 mg
● Ολόκληρο το αίμα: 1 σωλήνας
● Κύτταρα: 106 κελιά
Συνιστώμενη παράδοση δείγματος
Δοχείο: 2 ml φυγοκεντρικού σωλήνα (δεν συνιστάται φύλλο κασσίτερου)
Δείγμα επισήμανσης: Ομάδα+αντιγραφή π.χ. Α1, Α2, Α3. Β1, Β2, Β3.
Αποστολή:
1. Dry-I-ICE: Τα δείγματα πρέπει να συσκευάζονται σε σακούλες και να ταφούν σε ξηρό πάγο.
2. Οι σωλήνες RNABLE: Τα δείγματα RNA μπορούν να στεγνώσουν σε σωλήνα σταθεροποίησης RNA (π.χ. RNastable®) και να αποστέλλονται σε θερμοκρασία δωματίου.
Ροή εργασίας
Νουκλεοτίδια:
Δειγματοληψία
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Προσδιορισμός αλληλουχίας
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Ροή εργασίας
Ιστός:
Σχεδιασμός πειραματισμού
Δειγματοληψία
Εκχύλιση RNA
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Προσδιορισμός αλληλουχίας
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
● Επεξεργασία ακατέργαστων δεδομένων
● Αναγνώριση μεταγραφής
● Εναλλακτική ματίσματος
● Ποσοτικοποίηση έκφρασης σε επίπεδο γονιδίου και επίπεδο ισομορφής
● Ανάλυση διαφορικής έκφρασης
● Σχολιασμός και εμπλουτισμός λειτουργίας (DEGS και DETS)
Εναλλακτική ανάλυση ματίσματος
Εναλλακτική ανάλυση πολυαδενυλίωσης (APA)
πρόβλεψη lncRNA
Σχολιασμός νέων γονιδίων
Ομαδοποίηση των dets
Δίκτυα πρωτεΐνης-πρωτεΐνης σε DEGS
Εξερευνήστε τις εξελίξεις που διευκολύνεται από τις υπηρεσίες αλληλουχίας MRNA του Nanopore του Bmkgene μέσω μιας επιμελημένης συλλογής δημοσιεύσεων.
Gong, Β. Et αϊ. (2023) «Επιγενετική και μεταγραφική ενεργοποίηση της εκκριτικής κινάσης FAM20C ως ογκογονίδιο στο γλοιώμα», Journal of Genetics and Genomics, 50 (6), σελ. 422-433. doi: 10.1016/j.jgg.2023.01.008.
Αυτός, Ζ. Et αϊ. (2023) «Η μεταγραφική αλληλουχία των λεμφοκυττάρων πλήρους μήκους ανταποκρίνεται σε IFN-γ αποκαλύπτει μια ανοσοαπόκριση Th1-Skewed στο Flounder (Paralichthys olivaceus), ανοσολογία ψαριών και οστρακοειδών, 134, σελ. 108636. Doi: 10.1016/j.fsi.2023.108636.
ΜΑ, Υ. Et αϊ. (2023) «Συγκριτική ανάλυση των μεθόδων αλληλουχίας PACBIO και ONT RNA για την ταυτοποίηση του Venom Nomopilema Nomurai», Genomics, 115 (6), σελ. 110709. Doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Yu, D. et αϊ. (2023) 'Η ανάλυση Nano-Seq αποκαλύπτει διαφορετική λειτουργική τάση μεταξύ εξωσωμάτων και μικροβέλη που προέρχονται από HUMSC', Βιβλία Κυτότητας και Θεραπεία, 14 (1), σελ. 1-13. doi: 10.1186/s13287-023-03491-5/πίνακες/6.
