Ανάλυση ευκαρυωτικού mRNA (διαθέσιμες επιλογές βάσει αναφοράς και de novo)
Αυτός ο αγωγός χρησιμοποιεί δεδομένα NGS RNA-Seq ως είσοδο και παράγει αποτελέσματα από πολλαπλές μεταγενέστερες αναλύσεις, συμπεριλαμβανομένων, ενδεικτικά, των εξής: αξιολόγηση ποιότητας δεδομένων αλληλουχίας,de novoσχολιασμός θέσης μεταγραφής, ανάλυση μεταβλητής ματίσματος, ανάλυση διαφορικής έκφρασης, σχολιασμός συναρτήσεων και ανάλυση εμπλουτισμού.
Μακρά μη κωδικοποιητική ανάλυση RNA
Τα μακρά μη κωδικοποιητικά RNA (lncRNA) είναι μη κωδικοποιητικά μεταγραφήματα με μήκη μεγαλύτερα από 200 nt και είναι γνωστό ότι παίζουν ρόλο στην οργάνωση και ρύθμιση της χρωματίνης. Οι τεχνολογίες αλληλουχίας υψηλής απόδοσης και η βιοπληροφορική έχουν ενδυναμώσει την κατανόηση των αλληλουχιών lncRNA και τις πληροφορίες θέσης για τον εντοπισμό lncRNA με κρίσιμες ρυθμιστικές λειτουργίες. Αυτός ο αγωγός παρέχει ανάλυση lncRNA επιπλέον των αναλύσεων που αναφέρονται στον αγωγό Ευκαρυωτικής Ανάλυσης mRNA.
Αλληλουχία αμπλικονίου 16S/18S/ITS
Ο αγωγός ανάλυσης μικροβιακής ποικιλότητας Amplicon Sequencing αναπτύχθηκε με βάση την πολυετή εμπειρία στην ανάλυση έργων μικροβιακής ποικιλότητας. Ο αγωγός περιέχει τυποποιημένη βασική ανάλυση, η οποία καλύπτει το κύριο περιεχόμενο ανάλυσης της τρέχουσας μικροβιακής έρευνας και εξατομικευμένης ανάλυσης. Η αναφορά ανάλυσης είναι πλούσια και περιεκτική, με δυνατότητα εκτέλεσης ποικίλων προσωπικών αναλύσεων. Επιπλέον, τα δείγματα και οι ομάδες μπορούν να τροποποιηθούν εν κινήσει για πρόσθετη προσαρμογή και έλεγχο.
Κυνηγετικό όπλο Μεταγονιδιωματικής Ανάλυσης
Ο αγωγός Shotgun Metagenomic Analysis χρησιμοποιεί δεδομένα NGS από μικτά γονιδιωματικά υλικά που εξάγονται από περιβαλλοντικά δείγματα. Οι αναλύσεις που περιλαμβάνονται παρέχουν λεπτομερείς πληροφορίες για την ποικιλότητα και την αφθονία των ειδών, τη δομή του πληθυσμού, τη φυλογενετική σχέση, τα λειτουργικά γονίδια και τα δίκτυα συσχέτισης με περιβαλλοντικούς παράγοντες.
Ανάλυση παραλλαγής NGS-WGS
Το NGS-WGS Variant Analysis είναι ένας ολοκληρωμένος αγωγός ανίχνευσης παραλλαγών που εκτελεί ποιοτικό έλεγχο δεδομένων, ευθυγράμμιση ακολουθιών, σχολιασμό και ανάλυση γονιδιακής μετάλλαξης. Ο αγωγός ακολουθεί τις βέλτιστες πρακτικές της GATK για τον εντοπισμό SNP και InDel και χρησιμοποιεί το Manta για κλήσεις δομικών παραλλαγών.
Μελέτη συσχέτισης γονιδιώματος (GWAS)
Ο αγωγός GWAS είναι μια μεταγενέστερη ανάλυση που λαμβάνει ως είσοδο αρχεία VCF που έχουν δημιουργηθεί προηγουμένως και αντίστοιχα δεδομένα φαινοτύπου για μια ομάδα ατόμων. Χρησιμοποιώντας συγκεκριμένες στατιστικές μεθοδολογίες, το GWAS στοχεύει να αποκαλύψει παραλλαγές νουκλεοτιδίων σε όλο το γονιδίωμα που συσχετίζονται με φαινοτυπικές διαφορές. Διαδραματίζει κρίσιμο ρόλο στην εξερεύνηση λειτουργικών γονιδίων που σχετίζονται με περίπλοκες ανθρώπινες ασθένειες και περίπλοκα χαρακτηριστικά σε φυτά και ζώα.
Ανάλυση μαζικού διαχωρισμού (BSA)
Η ανάλυση BSA περιλαμβάνει τη συγκέντρωση ατόμων με ακραία φαινοτυπικά χαρακτηριστικά από έναν διαχωρισμένο πληθυσμό. Συγκρίνοντας διαφορικούς τόπους μεταξύ των συγκεντρωμένων δειγμάτων, αυτή η προσέγγιση προσδιορίζει γρήγορα στενά συνδεδεμένους μοριακούς δείκτες που σχετίζονται με γονίδια στόχους. Χρησιμοποιείται ευρέως στη γενετική χαρτογράφηση φυτών και ζώων, είναι ένα πολύτιμο εργαλείο για την υποβοηθούμενη από δείκτες αναπαραγωγής.
Εξελικτική Γενετική Ανάλυση
Η ροή εργασιών Evolutionary Genetics Analysis αξιοποιεί την εκτεταμένη εμπειρία της BMKGENE σε έργα γενετικής εξέλιξης και περιλαμβάνει φυλογενετική κατασκευή δέντρων, ανάλυση ανισορροπίας σύνδεσης, εκτίμηση γενετικής ποικιλότητας, επιλεκτική αναγνώριση σάρωση, ανάλυση συγγένειας, ανάλυση κύριων συστατικών και χαρακτηρισμό πληθυσμιακής δομής.
