Εξελικτική Γενετική
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
Takagi et al.,Το περιοδικό των φυτών, 2013
●Ολοκληρωμένη βιοπληροφορική ανάλυση:επιτρέποντας την εκτίμηση της γενετικής ποικιλότητας, η οποία αντανακλά το εξελικτικό δυναμικό των ειδών, και αποκαλύπτοντας αξιόπιστη φυλογενετική σχέση μεταξύ των ειδών με ελαχιστοποιημένη επίδραση της συγκλίνουσας εξέλιξης και της παράλληλης εξέλιξης
●Προαιρετική προσαρμοσμένη ανάλυση: όπως η εκτίμηση του χρόνου και της ταχύτητας απόκλισης με βάση τις διακυμάνσεις σε επίπεδο νουκλεοτιδίων και αμινοξέων.
●Εκτεταμένη Τεχνογνωσία και αρχεία δημοσιεύσεων: Η BMKGene έχει συσσωρεύσει τεράστια εμπειρία σε έργα πληθυσμιακής και εξελικτικής γενετικής για περισσότερα από 15 χρόνια, καλύπτοντας χιλιάδες είδη κ.λπ. και συνέβαλε σε πάνω από 1000 έργα υψηλού επιπέδου που δημοσιεύθηκαν στο Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, κ.λπ.
● Ομάδα βιοπληροφορικής υψηλής εξειδίκευσης και σύντομος κύκλος ανάλυσης: με μεγάλη εμπειρία στην προηγμένη ανάλυση γονιδιωματικής, η ομάδα της BMKGene παρέχει ολοκληρωμένες αναλύσεις με γρήγορο χρόνο διεκπεραίωσης.
● Υποστήριξη μετά την πώληση:Η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα από την ολοκλήρωση του έργου με περίοδο εξυπηρέτησης μετά την πώληση 3 μηνών. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε παρακολούθηση έργου, βοήθεια για την αντιμετώπιση προβλημάτων και συνεδρίες Q&A για την αντιμετώπιση τυχόν ερωτημάτων που σχετίζονται με τα αποτελέσματα.
Προδιαγραφές και απαιτήσεις υπηρεσίας
| Τύπος αλληλουχίας | Συνιστώμενη πληθυσμιακή κλίμακα | Στρατηγική αλληλουχίας | Απαιτήσεις νουκλεοτιδίων |
| Αλληλουχία Ολόκληρου Γονιδιώματος | ≥ 30 άτομα, με ≥ 10 άτομα από κάθε υποομάδα
| 10x | Συγκέντρωση: ≥ 1 ng/µL Συνολική ποσότητα≥ 30ng Περιορισμένη ή καθόλου υποβάθμιση ή μόλυνση |
| Ενισχυμένο τμήμα ειδικού τόπου (SLAF) | Βάθος ετικέτας: 10x Αριθμός ετικετών: <400 Mb: Συνιστάται το WGS <1Gb: 100.000 ετικέτες 1Gb >2Gb: 300K ετικέτες Έως 500 χιλιάδες ετικέτες | Συγκέντρωση ≥ 5 ng/µL Συνολική ποσότητα ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Γέλη αγαρόζης: καμία ή περιορισμένη αποικοδόμηση ή μόλυνση
|
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Σχεδιασμός πειράματος
Παράδοση δειγμάτων
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Η υπηρεσία περιλαμβάνει ανάλυση της δομής του πληθυσμού (φυλογενετικό δέντρο, PCA, διάγραμμα διαστρωμάτωσης πληθυσμού), πληθυσμιακή ποικιλομορφία και επιλογή πληθυσμού (ανισορροπία σύνδεσης, επιλεκτική σάρωση-επιλογή πλεονεκτικών τοποθεσιών). Η υπηρεσία μπορεί επίσης να περιλαμβάνει προσαρμοσμένη ανάλυση (π.χ. χρόνος απόκλισης, γονιδιακή ροή).
*Τα αποτελέσματα επίδειξης που εμφανίζονται εδώ είναι όλα από γονιδιώματα που δημοσιεύθηκαν με το BMKGENE
1.Η ανάλυση της εξέλιξης περιλαμβάνει κατασκευή φυλογενετικού δέντρου, δομή πληθυσμού και PCA με βάση γενετικές παραλλαγές.
Το φυλογενετικό δέντρο αντιπροσωπεύει ταξινομικές και εξελικτικές σχέσεις μεταξύ ειδών με κοινό πρόγονο.
Η PCA στοχεύει στην οπτικοποίηση της εγγύτητας μεταξύ των υποπληθυσμών.
Η δομή του πληθυσμού δείχνει την παρουσία γενετικά διακριτού υποπληθυσμού ως προς τις συχνότητες αλληλόμορφων.
Chen, et. αλ.,PNAS, 2020
2.Επιλεκτικό σκούπισμα
Η επιλεκτική σάρωση αναφέρεται σε μια διαδικασία με την οποία επιλέγεται μια πλεονεκτική τοποθεσία και αυξάνονται οι συχνότητες των συνδεδεμένων ουδέτερων τοποθεσιών και μειώνονται αυτές των μη συνδεδεμένων τοποθεσιών, με αποτέλεσμα τη μείωση των περιφερειακών.
Η ανίχνευση σε όλο το γονιδίωμα σε περιοχές επιλεκτικής σάρωσης υποβάλλεται σε επεξεργασία με τον υπολογισμό του πληθυσμιακού γενετικού δείκτη (π，Fst, Tajima's D) όλων των SNP μέσα σε ένα συρόμενο παράθυρο (100 Kb) σε συγκεκριμένο βήμα (10 Kb).
Ποικιλότητα νουκλεοτιδίων(π)
Tajima's D
Δείκτης σταθεροποίησης (Fst)
Wu, et. αλ.,Μοριακό φυτό, 2018
3.Γονιδιακή ροή
Wu, et. αλ.,Μοριακό φυτό, 2018
4.Δημογραφικό ιστορικό
Zhang, et. αλ.,Φύση Οικολογία & Εξέλιξη, 2021
5.Χρόνος απόκλισης
Zhang, et. αλ.,Φύση Οικολογία & Εξέλιξη, 2021
Εξερευνήστε τις προόδους που διευκολύνονται από τις υπηρεσίες εξελικτικής γενετικής του BMKGene μέσω μιας επιμελημένης συλλογής δημοσιεύσεων:
Hassanyar, AK et al. (2023) «Ανακάλυψη των μοριακών δεικτών SNP και των υποψηφίων γονιδίων που σχετίζονται με την αντίσταση του ιού Sacbrood σε προνύμφες Apis cerana cerana με αναδιάταξη ολόκληρου του γονιδιώματος»,Διεθνές περιοδικό μοριακών επιστημών, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et αϊ. (2022) «Η ανακάλυψη μιας άγριας, γενετικά καθαρής κινεζικής γιγάντιας σαλαμάνδρας δημιουργεί νέες ευκαιρίες διατήρησης»,Ζωολογική Έρευνα, 2022, τόμ. 43, Τεύχος 3, Σελίδες: 469-480, 43(3), σσ. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, Μ. et αϊ. (2022) 'Phylogeographical Pattern and Population Evolution History of Indigenous Elymus sibiricus L. on Qinghai-Tibetan Plateau',Σύνορα στην Επιστήμη των Φυτών, 13, σελ. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et αϊ. (2022) «Γονιδιωματικές γνώσεις για την εξέλιξη του longan από ένα συγκρότημα γονιδιώματος σε επίπεδο χρωμοσώματος και πληθυσμιακή γονιδιωματική των προσαρτήσεων longan»,Οπωροκηπευτική Έρευνα, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
