Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS
Χαρακτηριστικά
● Λήψη πολυ mRNA πριν από την προετοιμασία της βιβλιοθήκης
● Προαιρετική κατευθυντική προετοιμασία βιβλιοθήκης mRNA για να καταστεί δυνατή η λήψη δεδομένων αλληλουχίας ειδικών κλώνων
● Βιοπληροφορική ανάλυση γονιδιακής έκφρασης και δομής μεταγραφής
Φόντα
●Εκτεταμένη Τεχνογνωσία: Η ομάδα μας έχει επεξεργαστεί πάνω από 600.000 δείγματα στο BMKgene, που καλύπτουν διάφορους τύπους δειγμάτων όπως καλλιέργειες κυττάρων, ιστούς και σωματικά υγρά. Προσφέρουμε πλούσια εμπειρία σε κάθε έργο και έχουμε ολοκληρώσει με επιτυχία πάνω από 100.000 έργα mRNA-Seq σε διάφορους ερευνητικούς τομείς.
●Αυστηρός ποιοτικός έλεγχος: Εφαρμόζουμε βασικά σημεία ελέγχου σε όλα τα στάδια, από την προετοιμασία του δείγματος και της βιβλιοθήκης μέχρι την αλληλούχιση και τη βιοπληροφορική. Αυτή η σχολαστική παρακολούθηση διασφαλίζει την παράδοση αποτελεσμάτων σταθερά υψηλής ποιότητας, διασφαλίζοντάς σας ότι το έργο σας βρίσκεται σε αξιόπιστα χέρια.
●Ολοκληρωμένος σχολιασμός: Χρησιμοποιούμε πολλές βάσεις δεδομένων για να σχολιάσουμε λειτουργικά τα διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια (DEG) και να εκτελέσουμε αντίστοιχες αναλύσεις εμπλουτισμού. Αυτή η περιεκτική προσέγγιση παρέχει πληροφορίες για τις κυτταρικές και μοριακές διεργασίες που διέπουν την απόκριση μεταγραφής, διασφαλίζοντας ότι είστε πλήρως ενημερωμένοι για τα αποτελέσματα του έργου σας.
●Υποστήριξη μετά την πώληση: Η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα από την ολοκλήρωση του έργου με περίοδο εξυπηρέτησης μετά την πώληση 3 μηνών. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε παρακολούθηση έργου, βοήθεια για την αντιμετώπιση προβλημάτων και συνεδρίες Q&A για την αντιμετώπιση τυχόν ερωτημάτων που σχετίζονται με τα αποτελέσματα.
Απαιτήσεις δειγμάτων και παράδοση
| Βιβλιοθήκη | Στρατηγική αλληλουχίας | Συνιστώμενα δεδομένα | Ποιοτικός έλεγχος |
| Πολυ Α εμπλουτισμένο | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 Gb | Q30≥85% |
Απαιτήσεις δειγμάτων:
Νουκλεοτίδια:
| Συμπ.(ng/μl) | Ποσότητα (μg) | Καθαρότητα | Ακεραιότητα | |
| Τυπική Βιβλιοθήκη | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Περιορισμένη ή καθόλου μόλυνση πρωτεϊνών ή DNA που εμφανίζεται στο gel. | Για φυτά: RIN≥4,0; Για ζώα: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; περιορισμένη ή καθόλου βασική ανύψωση |
| Βιβλιοθήκη κατεύθυνσης | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Περιορισμένη ή καθόλου μόλυνση πρωτεϊνών ή DNA που εμφανίζεται στο gel. | Για φυτά: RIN≥4,0; Για ζώα: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; περιορισμένη ή καθόλου βασική ανύψωση |
● Φυτά:
Ρίζα, στέλεχος ή πέταλο: 450 mg
Φύλλο ή Σπόρος: 300 mg
Φρούτα: 1,2 γρ
●Ζώο:
Καρδιά ή Έντερο: 300 mg
Σπλάχνα ή Εγκέφαλος: 240 mg
Μύες: 450 mg
Οστά, μαλλιά ή δέρμα: 1 γρ
● Αρθρόποδα:
Έντομα: 6γρ
Οστρακόδερμα: 300 mg
● Ολόκληρο αίμα: 1 σωληνάριο
● Κύτταρα: 106 κύτταρα
Συνιστώμενη παράδοση δειγμάτων
Δοχείο: Σωλήνας φυγοκέντρησης 2 ml (δεν συνιστάται αλουμινόχαρτο)
Επισήμανση δείγματος: Ομάδα+αντίγραφο π.χ. A1, A2, A3; Β1, Β2, Β3... ...
Αποστολή:
1. Ξηρός πάγος: Τα δείγματα πρέπει να συσκευάζονται σε σάκους και να ταφούν σε ξηρό πάγο.
2. Επιτραπέζιοι σωλήνες RNA: Τα δείγματα RNA μπορούν να στεγνώσουν σε σωλήνα σταθεροποίησης RNA (π.χ. RNAstable®) και να αποσταλούν σε θερμοκρασία δωματίου.
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Σχεδιασμός πειράματος
Παράδοση δειγμάτων
Εκχύλιση RNA
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Βιοπληροφορική
Ευκαρυωτικό Ροή εργασιών ανάλυσης αλληλουχίας mRNA
Βιοπληροφορική
ØΈλεγχος ποιότητας ακατέργαστων δεδομένων
ØΕυθυγράμμιση γονιδιώματος αναφοράς
ØΑνάλυση δομής μεταγραφής
ØΠοσοτικοποίηση έκφρασης
ØΑνάλυση διαφορικής έκφρασης
ØΣχολιασμός και εμπλουτισμός συνάρτησης
Ευθυγράμμιση γονιδιώματος αναφοράς
Κορεσμός Δεδομένων
Συσχέτιση δειγμάτων και αξιολόγηση βιολογικών αντιγράφων
Γονίδια διαφορικής έκφρασης (DEGs)
Λειτουργικός σχολιασμός των DEG
Λειτουργικός εμπλουτισμός DEG
Εξερευνήστε τις προόδους που διευκολύνονται από τις υπηρεσίες ευκαρυωτικής αλληλουχίας NGS mRNA του BMKGene μέσω μιας επιμελημένης συλλογής δημοσιεύσεων.
Huang, L. et αϊ. (2023) «Η τρικλοζάνη και η τρικλοκαρμπάνη αποδυναμώνουν την οσφρητική ικανότητα των χρυσόψαρων περιορίζοντας την αναγνώριση οσμών, διαταράσσοντας τη μεταγωγή οσφρητικού σήματος και διαταράσσοντας την επεξεργασία των οσφρητικών πληροφοριών», Water Research, 233, σελ. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et αϊ. (2023) «Ο Aspergillus fumigatus πειράζει την ανθρώπινη ρ11 για να ανακατευθύνει τα φαγοσώματα που περιέχουν μύκητες σε μη αποικοδομητική οδό», Cell Host & Microbe, 31(3), σελ. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, Κ. et αϊ. (2022) 'TCP Transcription Factors Involved in Shoot Development of Ma Bamboo (Dendrocalamus latiflorus Munro)', Frontiers in Plant Science, 13, σελ. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, Χ. et αϊ. (2022) 'The Chrysanthemum lavandulifolium genome and the molecular engine underlying diverse capitulum type', Horticulture Research, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) «Ένας καταρράκτης νανοαντιδραστήρας για την ενίσχυση της ηχοδυναμικής θεραπείας στον καρκίνο του παχέος εντέρου μέσω συνεργιστικής αύξησης ROS και αποκλεισμού της αυτοφαγίας», Nano Today, 49, σελ. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
