Προκατασκευασμένες βιβλιοθήκες Illumina
Χαρακτηριστικά
●Πλατφόρμες:Illumina NovaSeq 6000 και NovaSeq X Plus
●Λειτουργίες αλληλουχίας:PE150 και PE250
●Ποιοτικός έλεγχος βιβλιοθηκών πριν από την αλληλουχία
●Αλληλουχία QC και παράδοση δεδομένων:παράδοση αναφοράς QC και μη επεξεργασμένων δεδομένων σε μορφή fastq μετά από αποπολυπλέξη και φιλτράρισμα αναγνώσεων Q30
Πλεονεκτήματα εξυπηρέτησης
●Ευελιξία των υπηρεσιών αλληλουχίας:ο πελάτης μπορεί να επιλέξει την αλληλουχία ανά λωρίδα, κυψέλη ροής ή κατά ποσότητα δεδομένων που απαιτούνται (μερική αλληλουχία λωρίδων).
●Εκτεταμένη εμπειρία στην πλατφόρμα αλληλουχίας Illumina:με χιλιάδες κλειστά έργα με διάφορα είδη.
●Παράδοση αναφοράς QC αλληλουχίας:με μετρήσεις ποιότητας, ακρίβεια δεδομένων και συνολική απόδοση του έργου αλληλουχίας.
●Διαδικασία ώριμης αλληλουχίας:με σύντομο χρόνο περιστροφής.
●Αυστηρός ποιοτικός έλεγχος: εφαρμόζουμε αυστηρές απαιτήσεις QC για να εγγυηθούμε την παράδοση σταθερά υψηλής ποιότητας αποτελεσμάτων.
Δείγματα πλατφορμών
| Πλατφόρμα | Κυψέλη ροής | Λειτουργία αλληλουχίας | Μονάδα | Εκτιμώμενη απόδοση |
| NovaSeq X | 10B (8 λωρίδες) | ΠΕ150 | Μονή λωρίδα Μερική λωρίδα | 375 Gb / Λωρίδα |
| 25B (8 λωρίδες) | ΠΕ150 | Μονή λωρίδα Μερική λωρίδα | 1000 Gb/Λωρίδα | |
| NovaSeq 6000 | Κυψέλη ροής SP (2 λωρίδες) | PE250 | Κυψέλη ροής Μονή λωρίδα Μερική λωρίδα | 325-400 M αναγνώσεις / Lane |
| Κυψέλη ροής S4 (4 λωρίδες) | ΠΕ150 | Κυψέλη ροής Μονή λωρίδα Μερική λωρίδα | ~800 Gb / Λωρίδα |
Απαιτήσεις δειγμάτων
| Ποσό δεδομένων (X) | Συγκέντρωση (qPCR/nM) | Τόμος | |
| Μερική αλληλουχία λωρίδων
| X ≤ 10 Gb | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
| 10 Gb < X ≤ 50 Gb | ≥ 2 nM | ≥ 25 μl | |
| 50 Gb < X ≤ 100 Gb | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
| X > 100 Gb | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
| Αλληλουχία λωρίδων | Ανά Λωρίδα | ≥ 1,5 nM / πισίνα βιβλιοθήκης | ≥ 25 μl / Πισίνα βιβλιοθήκης |
Εκτός από τη συγκέντρωση και τη συνολική ποσότητα, απαιτείται επίσης ένα κατάλληλο μοτίβο κορυφής.
Σημείωση: Η αλληλουχία λωρίδων των βιβλιοθηκών χαμηλής ποικιλομορφίας απαιτεί PhiX spike-in για να διασφαλιστεί η ισχυρή κλήση βάσης.
Συνιστούμε την υποβολή προ-ομαδοποιημένων βιβλιοθηκών ως δείγματα. Εάν χρειάζεστε το BMKGENE να πραγματοποιήσει συγκέντρωση βιβλιοθήκης, ανατρέξτε στο
τις απαιτήσεις της βιβλιοθήκης για μερική αλληλουχία λωρίδων.
Μέγεθος βιβλιοθήκης (Κορυφαίος χάρτης)
Η κύρια κορυφή πρέπει να είναι εντός 300-450 bp.
Οι βιβλιοθήκες θα πρέπει να έχουν μία μόνο κύρια κορυφή, χωρίς μόλυνση από προσαρμογείς και χωρίς διμερή εκκινητή.
Επικοινωνήστε μαζί μας εάν τα δείγματά σας δεν πληρούν τις απαιτήσεις πρώτης ύλης.
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Έλεγχος ποιότητας βιβλιοθήκης
Αλληλουχία
Έλεγχος ποιότητας δεδομένων
Παράδοση έργου
Έκθεση QC βιβλιοθήκης
Μια αναφορά για την ποιότητα της βιβλιοθήκης παρέχεται πριν από την αλληλουχία, την αξιολόγηση του όγκου της βιβλιοθήκης και τον κατακερματισμό.
Αλληλουχία αναφοράς QC
Πίνακας 1. Στατιστικά στοιχεία για την αλληλουχία δεδομένων.
| Δείγμα ταυτότητας | BMKID | Ακατέργαστα διαβάζει | Ακατέργαστα δεδομένα (bp) | Καθαρές αναγνώσεις (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC(%) |
| C_01 | BMK_01 | 22.870.120 | 6.861.036.000 | 96,48 | 99,14 | 94,85 | 36,67 |
| C_02 | BMK_02 | 14.717.867 | 4.415.360.100 | 96.00 | 98,95 | 93,89 | 37.08 |
Εικόνα 1. Κατανομή ποιότητας κατά μήκος των αναγνώσεων σε κάθε δείγμα
Εικόνα 2. Κατανομή βασικού περιεχομένου
Εικόνα 3. Κατανομή των αναγνωσμένων περιεχομένων σε δεδομένα αλληλουχίας
