Πλήρης αλληλουχία mRNA -PACBIO
Χαρακτηριστικά
● Σύνθεση cDNA από πολυ-Α mRNA ακολουθούμενη από προετοιμασία βιβλιοθήκης
● Η αλληλουχία σε λειτουργία CCS, δημιουργώντας HIFI Reads
● Ανθεκτικότητα των μεταγραφών πλήρους μήκους
● Η ανάλυση δεν απαιτεί ένα γονιδίωμα αναφοράς. Ωστόσο, μπορεί να χρησιμοποιηθεί
● Η βιοπληροφορική ανάλυση επιτρέπει την ανάλυση των μεταγραφών ισομορφής lncRNA, γονιδιακών συντήξεων, πολυ-αδενυλίωσης και γονιδιακής δομής
Πλεονεκτήματα υπηρεσίας
●Υψηλή ακρίβεια: Το HIFI διαβάζει με ακρίβεια> 99,9% (Q30), συγκρίσιμο με το NGS
● Ανάλυση εναλλακτικής ματίσματος: Η αλληλουχία ολόκληρων μεταγραφών επιτρέπει την ταυτοποίηση και τον χαρακτηρισμό ισομορφής
●Εκτεταμένη τεχνογνωσία: Με ένα ιστορικό ολοκλήρωσης πάνω από 1100 μεταγραφικά έργα PACBIO και επεξεργασία πάνω από 2300 δείγματα, η ομάδα μας φέρνει μια πλούσια εμπειρία σε κάθε έργο.
●Υποστήριξη μετά την πώληση: Η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα από την ολοκλήρωση του έργου με μια περίοδο υπηρεσίας μετά την πώληση 3 μηνών. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε την παρακολούθηση του έργου, την αντιμετώπιση προβλημάτων βοήθειας και τις συνεδρίες Q & A για την αντιμετώπιση τυχόν ερωτήσεων που σχετίζονται με τα αποτελέσματα.
Απαιτήσεις δείγματος και παράδοση
| Βιβλιοθήκη | Στρατηγική προσδιορισμού αλληλουχίας | Συνιστώμενα δεδομένα | Ποιοτικός έλεγχος |
| Polya εμπλουτισμένη βιβλιοθήκη mRNA CCS | Συνέχεια Pacbio II Αναθεώρηση του Pacbio | 20/40 GB 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Απαιτήσεις δείγματος:
Νουκλεοτίδια:
● Φυτά:
Ρίζα, στέλεχος ή πέταλο: 450 mg
Φύλλο ή σπόρος: 300 mg
Φρούτα: 1,2 g
● Ζώο:
Καρδιά ή έντερο: 300 mg
Σπλάχνα ή εγκέφαλο: 240 mg
Μυς: 450 mg
Οστά, μαλλιά ή δέρμα: 1g
● Αρθρόποδα:
Έντομα: 6g
Crustacea: 300 mg
● Ολόκληρο το αίμα: 1 σωλήνας
● Κύτταρα: 106 κελιά
| (Ng/μL) | Ποσό (μg) | Καθαρότητα | Ακεραιότητα |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0.5-2.5 Περιορισμένη ή καθόλου μόλυνση πρωτεΐνης ή ϋΝΑ που εμφανίζεται σε πήκτωμα. | Για φυτά: RIN≥7,5; Για ζώα: RIN≥8,0; 5.0 ≥ 28S/18S≥1,0; περιορισμένη ή καθόλου βασική ανύψωση |
Συνιστώμενη παράδοση δείγματος
Δοχείο: 2 ml φυγοκεντρικού σωλήνα (φύλλο κασσίτερου δεν συνιστάται)
Δείγμα επισήμανσης: Ομάδα+αντιγραφή π.χ. Α1, Α2, Α3. Β1, Β2, Β3.
Αποστολή:
1. Dry-I-ICE: Τα δείγματα πρέπει να συσκευάζονται σε σακούλες και να ταφούν σε ξηρό πάγο.
2. Οι σωλήνες RNABLE: Τα δείγματα RNA μπορούν να στεγνώσουν σε σωλήνα σταθεροποίησης RNA (π.χ. RNastable®) και να αποστέλλονται σε θερμοκρασία δωματίου.
Ροή εργασίας
Σχεδιασμός πειραματισμού
Δειγματοληψία
Εκχύλιση RNA
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Προσδιορισμός αλληλουχίας
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Περιλαμβάνει την ακόλουθη ανάλυση:
● Έλεγχος ποιότητας δεδομένων ακατέργαστων δεδομένων
● Ανάλυση εναλλακτικής πολυαδενυλίωσης (APA)
● Ανάλυση μεταγραφής σύντηξης
● Ανάλυση εναλλακτικής ματίσματος
● Συγκριτική αξιολόγηση της ανάλυσης Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)
● Ανάλυση νέας μεταγραφής: πρόβλεψη αλληλουχιών κωδικοποίησης (CDS) και λειτουργικού σχολιασμού
● Ανάλυση LNCRNA: Πρόβλεψη του LNCRNA και των στόχων
● Ταυτοποίηση μικροδελιτών (SSR)
Ανάλυση Busco
Εναλλακτική ανάλυση ματίσματος
Εναλλακτική ανάλυση πολυαδενυλίωσης (APA)
Λειτουργικός σχολιασμός νέων μεταγραφών
Εξερευνήστε τις εξελίξεις που διευκολύνεται από τις υπηρεσίες αλληλουχίας MRNA του Nanopore του BMKGENE σε αυτή τη δημοσίευση.
ΜΑ, Υ. Et αϊ. (2023) «Συγκριτική ανάλυση των μεθόδων αλληλουχίας PACBIO και ONT RNA για την ταυτοποίηση του Venom Nomopilema Nomurai», Genomics, 115 (6), σελ. 110709. Doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Chao, Q. et αϊ. (2019) «Η αναπτυξιακή δυναμική του μεταγραφικού του Populus Stem», Journal Biotechnology Plant, 17 (1), σελ. 206-219. doi: 10.1111/pbi.12958.
Deng, Η. Et αϊ. (2022) «Δυναμικές μεταβολές στην περιεκτικότητα σε ασκορβικό οξύ κατά την ανάπτυξη των φρούτων και την ωρίμανση των ακτινιδίων latifolia (μια πλούσια σε ασκορβική καλλιέργεια φρούτων) και τους συναφείς μοριακούς μηχανισμούς», Διεθνές Περιοδικό Μοριακών Επιστημών, 23 (10), σ. 5808. Doi: 10.3390/ijms23105808/s1.
Hua, Χ. Et αϊ. (2022) «Αποτελεσματική πρόβλεψη γονιδίων βιοσυνθετικής οδού που εμπλέκονται σε βιοδραστικές πολυφυλίνι στο Παρίσι Πολύφωτο», Communications Biology 2022 5: 1, 5 (1), σελ. 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, Μ. Et αϊ. (2023) 'Συνδυασμένη ανάλυση PACBIO ISO-SEQ και ILLUMINA RNA-SEQ του Tuta Absoluta (Meyrick) Transcriptome και Cytochrome P450 Genes', Tensects, 14 (4), σελ. 363. Doi: 10.3390/έντομα14040363/s1.
Wang, Lijun et αϊ. (2019) 'Μια έρευνα για την πολυπλοκότητα των μεταγραφικών χρησιμοποιώντας ανάλυση σε πραγματικό χρόνο PACBIO σε πραγματικό χρόνο σε συνδυασμό με την αλληλουχία του Illumina RNA για καλύτερη κατανόηση της βιοσύνθεσης του ricinoleic acid στο Ricinus communis', BMC Genomics, 20 (1), σελ. 1-17. doi: 10.1186/s12864-019-5832-9.
