Προϊόντα

*Τα αποτελέσματα επίδειξης που εμφανίζονται εδώ είναι όλα από γονιδιώματα που δημοσιεύθηκαν με τη Biomarker Technologies

1. Εκτίμηση χρόνου εισαγωγής LTR: Το σχήμα δείχνει μια μοναδική διτροπική κατανομή στους χρόνους εισαγωγής LTR-RT στο γονιδίωμα της σίκαλης Weining, σε σύγκριση με άλλα είδη. Η πιο πρόσφατη κορυφή εμφανίστηκε πριν από περίπου 0,5 εκατομμύρια χρόνια.

Li Guang et al.,Γενετική της Φύσης, 2021

2. Ανάλυση φυλογένεσης και οικογένειας γονιδίων στο chayote (Sechium edule): Με την ανάλυση του chayote και των άλλων 13 συγγενών ειδών στην οικογένεια γονιδίων, το Chayote βρέθηκε να σχετίζεται στενότερα με την κολοκύθα φιδιού (Trichosanthes anguina). Chayote που προέρχεται από κολοκύνθη φιδιού σε περίπου 27-45 Mya και ολόκληρος διπλασιασμός γονιδιώματος (WGD) παρατηρήθηκε στο chayote σε 25±4 Mya, που είναι το τρίτο γεγονός WGD σε cucuibitaceae.

Fu A et al.,Οπωροκηπευτική Έρευνα, 2021

3. Ανάλυση Synteny: Ορισμένα γονίδια που σχετίζονται με τις φυτοορμόνες στην ανάπτυξη των φρούτων βρέθηκαν στο chayote, το snake gourd και το σκουός. Η συσχέτιση μεταξύ chayote και squash είναι ελαφρώς υψηλότερη από αυτή μεταξύ chayote και snake gourd.

Fu A et al.,Οπωροκηπευτική Έρευνα, 2021

4. Ανάλυση οικογένειας γονιδίων: Ο εμπλουτισμός KEGG στην επέκταση και συστολή της οικογένειας γονιδίων στα γονιδιώματα G.thurberi και G.davidsonii έδειξε ότι τα γονίδια που σχετίζονται με τη βιοσύνθεση στεροειδών και τη βιοσύνθεση βρασινοστεροειδών επεκτάθηκαν.

Yang Z et al.,BMC Biology, 2021

5. Ανάλυση διπλασιασμού ολόκληρου του γονιδιώματος: Η ανάλυση κατανομής 4DTV και Ks έδειξε το συμβάν διπλασιασμού ολόκληρου του γονιδιώματος. Οι κορυφές των ενδοειδών παρουσίασαν γεγονότα διπλασιασμού. Οι κορυφές μεταξύ των ειδών παρουσιάζουν γεγονότα ειδοειδών. Η ανάλυση έδειξε ότι σε σύγκριση με τα άλλα τρία στενά συγγενικά είδη, το O. europaea πέρασε από μια μεγάλης κλίμακας διπλασιασμό γονιδίων πιο πρόσφατα.

Rao G et al.,Οπωροκηπευτική Έρευνα, 2021

Θήκη BMK

Τριαντάφυλλο χωρίς αγκάθια: γονιδιωματικές γνώσεις που συνδέονται με την προσαρμογή στην υγρασία

Δημοσιεύτηκε: Εθνική Επιθεώρηση Επιστημών, 2021

Στρατηγική αλληλουχίας:

'Basy'sΧωρίς αγκάθια'' (Ρ.Wichurainan) γονιδίωμα:
Περίπου 93 X PacBio + περ. 90 X Nanopore + 267 X Illumina

Βασικά αποτελέσματα

1. Υψηλής ποιότητας γονιδίωμα R.wichuraiana κατασκευάστηκε χρησιμοποιώντας τεχνικές προσδιορισμού αλληλουχίας που έχουν αναγνωσθεί από καιρό, οι οποίες αποδίδουν ένα συγκρότημα 530,07 Mb (Το εκτιμώμενο μέγεθος γονιδιώματος ήταν περίπου 525,9 Mb με κυτταρομετρία ροής και 525,5 με έρευνα γονιδιώματος. Η ετεροζυγωτία ήταν περίπου 1,03%). Η εκτιμώμενη βαθμολογία της BUSCO ήταν 93,9%. Σε σύγκριση με το "Old blush" (haploOB), η ποιότητα και η πληρότητα αυτού του γονιδιώματος επιβεβαιώθηκε από την ακρίβεια μιας βάσης βάσης και τον δείκτη συναρμολόγησης LTR (LAI=20,03). Το γονιδίωμα R.wichuraiana περιέχει 32.674 γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνες.

2. Η κοινή ανάλυση πολλαπλών ωμικών στοιχείων, που αποτελείται από συγκριτική γονιδιωματική, μεταγραφτομική, ανάλυση QTL του γενετικού πληθυσμού, αποκάλυψε την κρίσιμη ειδοποίηση μεταξύ R. wichuraiana και Rosa chinensis. Επίσης, η διακύμανση της έκφρασης των σχετικών γονιδίων στο QTL ήταν πιθανό να συσχετιστεί με το μοτίβο του στελέχους.

Η συγκριτική γονιδιωματική ανάλυση μεταξύ Basye's Thornless και Rosa chinensis, συμπεριλαμβανομένης της ανάλυσης synteny, της ομάδας γονιδιακής οικογένειας, της ανάλυσης επέκτασης και συστολής, αποκάλυψε μεγάλο αριθμό παραλλαγών, που σχετίζονται με κρίσιμα χαρακτηριστικά στα τριαντάφυλλα. Η μοναδική επέκταση στην οικογένεια γονιδίων NAC και FAR1/FRS ήταν πολύ πιθανό να συσχετιστεί με αντοχή στη μαύρη κηλίδα.

Zhong, Μ., et αϊ. «Τριαντάφυλλο χωρίς αγκάθια: γονιδιωματικές γνώσεις που συνδέονται με την προσαρμογή στην υγρασία»Εθνική Επιθεώρηση Επιστημών, 2021;, nwab092.