BMKMANU S3000_SPATIAL Transcriptome
Τεχνικό Σχέδιο BMKMANU S3000 Χωροταξίας
Χαρακτηριστικά
- Ανάλυση: 3,5 μm
- Διάμετρος σημείων: 2,5 μm
- Αριθμός σημείων: περίπου 4 εκατομμύρια
- 3 πιθανές μορφές περιοχής λήψης: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm ή 15 mm * 20 mm
- Κάθε barcoded σφαιρίδιο είναι φορτωμένο με εκκινητές που αποτελούνται από 4 τμήματα:
• Που (DT) ουρά για εκκίνηση mRNA και σύνθεση cDNA,
• Μοναδικό μοριακό αναγνωριστικό (UMI) για τη διόρθωση της μεροληψίας της ενίσχυσης
• Χωρικός γραμμωτής κώδικας
• Αρχή δέσμευσης μερικής ανάγνωσης 1 εκκινητή αλληλουχίας
- H & E και φθορίζουσα χρώση των τμημάτων
- Δυνατότητα χρήσης τεχνολογίας τμηματοποίησης κυττάρων: ενσωμάτωση χρώσης Η & Ε, φθορίζουσας χρώσης και αλληλουχίας RNA για τον προσδιορισμό των ορίων κάθε κυττάρου και αποδίδει σωστά την έκφραση γονιδίων σε κάθε κύτταρο. Επεξεργασία κατάντη ανάλυση χωροταξικού προφίλ με βάση τον κάδο κυττάρων.
- Πιθανό να επιτευχθεί ανάλυση πολλαπλών επιπέδων: Ευέλικτη ανάλυση πολλαπλών επιπέδων που κυμαίνεται από 100um έως 3,5 μ.μ. για την επίλυση ποικίλων χαρακτηριστικών ιστού με βέλτιστη ανάλυση.
Πλεονεκτήματα του Bmkmanu S3000
-Διπλασιασμός των σημείων σύλληψης σε 4 εκατομμύρια: με βελτιωμένη ανάλυση 3,5 μ.μ., που οδηγεί σε ανίχνευση υψηλότερου γονιδίου και UMI ανά κύτταρο. Αυτό έχει ως αποτέλεσμα τη βελτίωση της συσσώρευσης κυττάρων με βάση τα μεταγραφικά προφίλ, με λεπτότερες λεπτομέρειες που ταιριάζουν με τη δομή των ιστών.
- Υποκυτταρική ανάλυση:Κάθε περιοχή σύλληψης περιείχε> 2 εκατομμύρια χωρικά κώδικα με γραμμική κωδικοποίηση με διάμετρο 2,5 μm και απόσταση 5 μm μεταξύ κέντρων σημείων, επιτρέποντας την ανάλυση χωρικής μεταγραφικής με υπο-κυτταρική ανάλυση (5 μm).
-Ανάλυση ανάλυσης πολλαπλών επιπέδων:Η εύκαμπτη ανάλυση πολλαπλών επιπέδων που κυμαίνεται από 100 μm έως 5 μm για την επίλυση ποικίλων χαρακτηριστικών ιστού με βέλτιστη ανάλυση.
-Δυνατότητα χρήσης τεχνολογίας τμηματοποίησης κυττάρων "Τρεις σε μία διαφάνεια":Συνδυάζοντας τη χρώση φθορισμού, τη χρώση Η & Ε και την αλληλουχία RNA σε μία μόνο διαφάνεια, ο αλγόριθμος ανάλυσης "τριών σε ένα" δίνει τη δυνατότητα στην ταυτοποίηση των κυτταρικών ορίων για μεταγενέστερη μεταγραφική με βάση τα κύτταρα.
-Συμβατό με πολλαπλές πλατφόρμες αλληλουχίας: Τόσο η NGS όσο και η διαδοχική προσδιορισμό αλληλουχίας μακράς ανάγνωσης.
-Ευέλικτος σχεδιασμός 1-8 ενεργού περιοχής σύλληψης: Το μέγεθος της περιοχής σύλληψης είναι ευέλικτο, είναι δυνατόν να χρησιμοποιηθούν 3 μορφές (6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm και 15 mm * 20 mm)
-Υπηρεσία ενιαίας: Ενσωματώνει όλα τα βήματα που βασίζονται στην εμπειρία και τις δεξιότητες, συμπεριλαμβανομένης της κρυο-τμηματικοποίησης, της χρώσης, της βελτιστοποίησης των ιστών, της χωρικής γραμμικής κωδικοποίησης, της προετοιμασίας της βιβλιοθήκης, της αλληλουχίας και της βιοπληροφορικής.
-Περιεκτική βιοπληροφορική και φιλική προς το χρήστη απεικόνιση των αποτελεσμάτων:Το πακέτο περιλαμβάνει 29 αναλύσεις και 100+ αριθμούς υψηλής ποιότητας, σε συνδυασμό με τη χρήση του Inshouse που έχει αναπτυχθεί λογισμικό για την απεικόνιση και την προσαρμογή της διάσπασης των κυττάρων και της ομαδοποίησης.
-Προσαρμοσμένη ανάλυση και απεικόνιση δεδομένων: Διατίθεται για διαφορετικά αιτήματα έρευνας
-Τεχνική ομάδα υψηλής ειδίκευσης: με εμπειρία σε περισσότερους από 250 τύπους ιστών και 100+ είδη, συμπεριλαμβανομένων ανθρώπινων, ποντικών, θηλαστικών, ψαριών και φυτών.
-Ενημερώσεις σε πραγματικό χρόνο σε ολόκληρο το έργο: με πλήρη έλεγχο της πειραματικής προόδου.
-Προαιρετική ανάλυση άρθρωσης με αλληλουχία mRNA ενός κυττάρου
Προδιαγραφές υπηρεσίας
| Απαιτήσεις δειγματοληψίας | Βιβλιοθήκη | Στρατηγική προσδιορισμού αλληλουχίας | Συνιστώμενα δεδομένα | Ποιοτικός έλεγχος |
| Δείγματα κρυοθέτησης με οκτώ με οκτώ (Βέλτιστη διάμετρος: περίπου. 6 × 6 × 6 mm3) 2 μπλοκ ανά δείγμα 1 για πείραμα, 1 για αντίγραφο ασφαλείας | Βιβλιοθήκη S3000 cDNA | Illumina PE150 | 160K PE διαβάζει ανά 100ΥΜ (250 GB) | Rin> 7 |
Για περισσότερες λεπτομέρειες σχετικά με την καθοδήγηση για την προετοιμασία του δείγματος και τη ροή εργασίας υπηρεσιών, παρακαλούμε να μιλήσετε με έναΕμπειρογνώμονας Bmkgene
Ροή εργασίας
Στη φάση παρασκευής του δείγματος πραγματοποιείται μια αρχική δοκιμή εκχύλισης RNA για να εξασφαλιστεί ένα υψηλής ποιότητας RNA. Στο στάδιο βελτιστοποίησης ιστού τα τμήματα χρωματίζονται και απεικονίζονται και οι συνθήκες διαπερατότητας για απελευθέρωση mRNA από ιστό βελτιστοποιούνται. Στη συνέχεια, το βελτιστοποιημένο πρωτόκολλο εφαρμόζεται κατά τη διάρκεια της κατασκευής της βιβλιοθήκης, ακολουθούμενη από αλληλουχία και ανάλυση δεδομένων.
Η πλήρης ροή εργασίας υπηρεσιών περιλαμβάνει ενημερώσεις σε πραγματικό χρόνο και επιβεβαιώσεις πελατών για τη διατήρηση ενός βρόχου ανατροφοδότησης που ανταποκρίνεται, εξασφαλίζοντας την ομαλή εκτέλεση έργου.
Τα δεδομένα που παράγονται από το BMKMANU S3000 αναλύονται χρησιμοποιώντας το λογισμικό "BSTMatrix", το οποίο έχει σχεδιαστεί ανεξάρτητα από το BMKGENE, δημιουργώντας ένα επίπεδο έκφρασης κυττάρων και πολλαπλών επιπέδων γονιδιακής έκφρασης. Από εκεί, δημιουργείται μια τυπική αναφορά που περιλαμβάνει τον έλεγχο της ποιότητας των δεδομένων, την ανάλυση εσωτερικού δείγματος και την ανάλυση μεταξύ των ομάδων.
- Έλεγχος ποιότητας δεδομένων:
- Διανομή εξόδου δεδομένων και ποιότητας
- Ανίχνευση γονιδίων ανά σημείο
- κάλυψη ιστών
- Ανάλυση εσωτερικού δείγματος:
- Πλούσιος γονιδίων
- Συσσωρευτική συσσώρευση, συμπεριλαμβανομένης της ανάλυσης μειωμένης διάστασης
- Ανάλυση διαφορικής έκφρασης μεταξύ συστάδων: ταυτοποίηση γονιδίων δείκτη
- Λειτουργικός σχολιασμός και εμπλουτισμός γονιδίων δείκτη
- Ανάλυση μεταξύ ομάδων
-Επαναπροσδιορισμός των σημείων από τα δύο δείγματα (π.χ.
- Ταυτοποίηση γονιδίων δείκτη για κάθε σύμπλεγμα
- Λειτουργικός σχολιασμός και εμπλουτισμός γονιδίων δείκτη
- Διαφορική έκφραση του ίδιου συμπλέγματος μεταξύ των ομάδων
Επιπλέον, το BMKGENE ανέπτυξε το "BSTViewer" είναι ένα φιλικό προς το χρήστη εργαλείο που επιτρέπει στον χρήστη να απεικονίσει την έκφραση γονιδίων και να συσσωρεύεται σε διαφορετικές αναλύσεις.
Το BMKGENE προσφέρει υπηρεσίες χωρικής προφίλ σε ακριβή ανάλυση ενός κυττάρου (με βάση τον κάδο κυττάρων ή τον πολυεπίπεδο τετραγωνικό κάδο από 100um έως 3,5um).
Τα δεδομένα χωρικής προφίλ από τα τμήματα ιστών στο S3000 SLIDE εκτελούνται καλά όπως παρακάτω.
Μελέτη περίπτωσης 1: εγκέφαλος ποντικιού
Η ανάλυση ενός τμήματος εγκεφάλου ποντικού με S3000 είχε ως αποτέλεσμα την ταυτοποίηση ~ 94.000 κυττάρων, με διάμεση αλληλουχία ~ 2000 γονιδίων ανά κύτταρο. Η βελτιωμένη ανάλυση των 3,5 im είχε ως αποτέλεσμα μια πολύ λεπτομερή συσσωμάτωση των κυττάρων με βάση τα μεταγραφικά πρότυπα, με τα συστάδες των κυττάρων να μιμούνται τις διαφοροποιημένες δομές του εγκεφάλου. Αυτό παρατηρείται εύκολα με την απεικόνιση της κατανομής των κυττάρων συσσωματωμένων ως ολιγοδενδροκυττάρων και κυττάρων μικρογλοίας, τα οποία βρίσκονται σχεδόν αποκλειστικά σε γκρίζα και λευκή ύλη, αντίστοιχα.
Μελέτη περίπτωσης 2: Έμβρυμα ποντικιού
Η ανάλυση ενός τμήματος εμβρύου ποντικού με S3000 είχε ως αποτέλεσμα την ταυτοποίηση ~ 2200 000 κυττάρων, με διάμεση αλληλουχία ~ 1600 γονιδίων ανά κύτταρο. Η βελτιωμένη ανάλυση των 3,5 im είχε ως αποτέλεσμα μια πολύ λεπτομερή συσσωμάτωση των κυττάρων με βάση τα μεταγραφικά πρότυπα, με 12 συστάδες στην περιοχή του ματιού και 28 συστάδες στην περιοχή του εγκεφάλου.
Ανάλυση εσωτερικού δείγματος κυτταρική συσσώρευση:
Ταυτοποίηση γονιδίων δεικτών και χωρική κατανομή:
-Υψηλότερη υπο-κυτταρική ανάλυση: Σε σύγκριση με το S1000 Slide, κάθε περιοχή σύλληψης του S3000 περιείχε> 4 εκατομμύρια χωρικές κηλίδες με διάμετρο 2,5 μm και απόσταση 3,5 μm μεταξύ κέντρων κηλίδων, επιτρέποντας την ανάλυση του χωρικού μεταγραφικού με υψηλότερη υπο-κυτταρική ανάλυση (τετράγωνο κάδο: 3,5 μm).
- Υψηλότερη απόδοση λήψης: Σε σύγκριση με το S1000 Slide, το Median_umi αυξάνεται από 30% σε 70%, η μέση αύξηση της ρύθμισης από 30% σε 60%
Σχέδιο τσιπ S1000:
Σχέδιο του τσιπ S3000:
