BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome Technical Scheme
Χαρακτηριστικά
● Ανάλυση: 5 µM
● Διάμετρος κηλίδας: 2,5 μM
● Αριθμός σημείων: περίπου 2 εκατομμύρια
● 3 πιθανές μορφές περιοχής λήψης: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm ή 15 mm * 20 mm
● Κάθε χάντρα με γραμμικό κώδικα φορτώνεται με αστάρια που αποτελούνται από 4 τμήματα:
ουρά πολυ(dT) για εκκίνηση mRNA και σύνθεση cDNA
Μοναδικό Μοριακό Αναγνωριστικό (UMI) για τη διόρθωση της πόλωσης ενίσχυσης
Χωρικός γραμμωτός κώδικας
Αλληλουχία δέσμευσης εναρκτήρα αλληλουχίας μερικής ανάγνωσης 1
● H&E και φθορίζουσα χρώση τομών
● Δυνατότητα χρήσηςτεχνολογία τμηματοποίησης κυττάρων: ενσωμάτωση χρώσης Η&Ε, χρώση με φθορισμό και προσδιορισμό αλληλουχίας RNA για τον προσδιορισμό των ορίων κάθε κυττάρου και την ορθή ανάθεση γονιδιακής έκφρασης σε κάθε κύτταρο.
Πλεονεκτήματα του BMKMANU S1000
●Υποκυτταρική Ανάλυση: Κάθε περιοχή σύλληψης περιείχε >2 εκατομμύρια χωρικά γραμμοκωδικοποιημένα σημεία με διάμετρο 2,5 μm και απόσταση 5 μm μεταξύ των κέντρων κηλίδων, επιτρέποντας τη χωρική ανάλυση μεταγραφής με υποκυτταρική ανάλυση (5 μm).
●Ανάλυση ανάλυσης πολλαπλών επιπέδων:Ευέλικτη ανάλυση πολλαπλών επιπέδων που κυμαίνεται από 100 μm έως 5 μm για την επίλυση διαφορετικών χαρακτηριστικών ιστών στη βέλτιστη ανάλυση.
●Δυνατότητα χρήσης τεχνολογίας τμηματοποίησης κυψελών "Three in one slide":Συνδυάζοντας χρώση φθορισμού, χρώση H&E και αλληλουχία RNA σε μία μόνο αντικειμενοφόρο, ο αλγόριθμος ανάλυσης "τρία σε ένα" εξουσιοδοτεί τον εντοπισμό των ορίων κυττάρων για επακόλουθη μεταγραφική με βάση τα κύτταρα.
●Συμβατό με πλατφόρμες πολλαπλής αλληλουχίας: Διατίθεται τόσο η αλληλουχία NGS όσο και η μακροχρόνια ανάγνωση.
●Ευέλικτη Σχεδίαση 1-8 Ενεργής Περιοχής Αποτύπωσης: Το μέγεθος της περιοχής λήψης είναι ευέλικτο, με δυνατότητα χρήσης 3 μορφών (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm και 15 mm * 20 mm)
●Υπηρεσία μίας στάσης: Ενσωματώνει όλα τα βήματα που βασίζονται στην εμπειρία και τις δεξιότητες, συμπεριλαμβανομένης της κρυοτομής, της χρώσης, της βελτιστοποίησης ιστών, της χωρικής γραμμοκωδικοποίησης, της προετοιμασίας βιβλιοθήκης, της αλληλούχισης και της βιοπληροφορικής.
●Ολοκληρωμένη βιοπληροφορική και φιλική προς το χρήστη οπτικοποίηση των αποτελεσμάτων:Το πακέτο περιλαμβάνει 29 αναλύσεις και 100+ ψηφία υψηλής ποιότητας, σε συνδυασμό με τη χρήση λογισμικού που αναπτύχθηκε εσωτερικά για την οπτικοποίηση και την προσαρμογή του διαχωρισμού κελιών και της ομαδοποίησης σημείων.
●Προσαρμοσμένη Ανάλυση και Οπτικοποίηση Δεδομένων: διαθέσιμο για διαφορετικά αιτήματα έρευνας
●Υψηλής εξειδίκευσης Τεχνική Ομάδα: με εμπειρία σε πάνω από 250 τύπους ιστών και 100+ είδη συμπεριλαμβανομένων των ανθρώπων, των ποντικών, των θηλαστικών, των ψαριών και των φυτών.
●Ενημερώσεις σε πραγματικό χρόνο για ολόκληρο το έργο: με πλήρη έλεγχο της πειραματικής προόδου.
●Προαιρετική Κοινή Ανάλυση με Μονοκυτταρική Αλληλουχία mRNA
Προδιαγραφές Υπηρεσίας
|
Δείγμα Απαιτήσεις
| Βιβλιοθήκη |
Στρατηγική αλληλουχίας
| Συνιστώμενα δεδομένα | Ποιοτικός έλεγχος |
| Κρυοδείγματα ενσωματωμένα σε OCT, 3 μπλοκ ανά δείγμα | Βιβλιοθήκη cDNA S1000 | Illumina PE150 (άλλες διαθέσιμες πλατφόρμες) | 100K αναγνώσεις PE ανά 100 uM (60-150 Gb) | RIN>7 |
Για περισσότερες λεπτομέρειες σχετικά με την καθοδήγηση προετοιμασίας δειγμάτων και τη ροή εργασιών σέρβις, μη διστάσετε να μιλήσετε με τον αΕιδικός BMKGENE
Ροή εργασιών εξυπηρέτησης
Στη φάση προετοιμασίας του δείγματος, εκτελείται μια αρχική δοκιμή εξαγωγής RNA όγκου για να διασφαλιστεί ότι μπορεί να ληφθεί ένα υψηλής ποιότητας RNA. Στο στάδιο βελτιστοποίησης ιστού οι τομές χρωματίζονται και οπτικοποιούνται και οι συνθήκες διαπερατότητας για την απελευθέρωση mRNA από τον ιστό βελτιστοποιούνται. Το βελτιστοποιημένο πρωτόκολλο εφαρμόζεται στη συνέχεια κατά την κατασκευή της βιβλιοθήκης, ακολουθούμενο από αλληλουχία και ανάλυση δεδομένων.
Η πλήρης ροή εργασιών υπηρεσίας περιλαμβάνει ενημερώσεις σε πραγματικό χρόνο και επιβεβαιώσεις πελατών για τη διατήρηση ενός βρόχου ανατροφοδότησης με απόκριση, διασφαλίζοντας την ομαλή εκτέλεση του έργου.
Τα δεδομένα που δημιουργούνται από το BMKMANU S1000 αναλύονται χρησιμοποιώντας το λογισμικό «BSTMatrix», το οποίο έχει σχεδιαστεί ανεξάρτητα από την BMKGENE, δημιουργώντας μια μήτρα έκφρασης γονιδίων. Από εκεί, δημιουργείται μια τυπική αναφορά που περιλαμβάνει έλεγχο ποιότητας δεδομένων, ανάλυση εσωτερικού δείγματος και ανάλυση μεταξύ ομάδων.
● Έλεγχος ποιότητας δεδομένων:
Εξαγωγή δεδομένων και κατανομή βαθμολογίας ποιότητας
Ανίχνευση γονιδίων ανά σημείο
Κάλυψη ιστού
● Ανάλυση εσωτερικού δείγματος:
Γονιδιακός πλούτος
Ομαδοποίηση σημείων, συμπεριλαμβανομένης της ανάλυσης μειωμένων διαστάσεων
Ανάλυση διαφορικής έκφρασης μεταξύ συστάδων: ταυτοποίηση γονιδίων δεικτών
Λειτουργικός σχολιασμός και εμπλουτισμός γονιδίων δεικτών
● Ανάλυση μεταξύ ομάδων:
Επανασυνδυασμός κηλίδων και από τα δείγματα (π.χ. άρρωστος και μάρτυρας) και επανασύνδεση
Προσδιορισμός γονιδίων δεικτών για κάθε ομάδα
Λειτουργικός σχολιασμός και εμπλουτισμός γονιδίων δεικτών
Διαφορική Έκφραση της ίδιας συστάδας μεταξύ ομάδων
Επιπλέον, η BMKGENE ανέπτυξε το "BSTViewer" είναι ένα φιλικό προς τον χρήστη εργαλείο που επιτρέπει στον χρήστη να οπτικοποιεί τη γονιδιακή έκφραση και τη ομαδοποίηση κηλίδων σε διαφορετικές αναλύσεις.
Η BMKGene ανέπτυξε λογισμικό για φιλική προς τον χρήστη οπτικοποίηση
Ομαδοποίηση σημείων BSTViewer σε ανάλυση πολλαπλών επιπέδων
BSTCellViewer: αυτόματη και χειροκίνητη διαίρεση κελιών
Ανάλυση εσωτερικού δείγματος
Ομαδοποίηση σημείων:
Ταυτοποίηση γονιδίων δεικτών και χωρική κατανομή:
Διαομαδική Ανάλυση
Συνδυασμός δεδομένων και από τις δύο ομάδες και επανασύνδεση:
Γονίδια δείκτη νέων συστάδων:
Εξερευνήστε τις προόδους που διευκολύνονται από τις υπηρεσίες χωρικής μεταγραφικής της BMKGene με την τεχνολογία BMKManu S1000 σε αυτήν την επιλεγμένη δημοσίευση:
Song, X. et al. (2023) «Η χωρική μεταγραφική αποκαλύπτει κύτταρα χλωρεγχύματος που προκαλούνται από το φως που εμπλέκονται στην προώθηση της αναγέννησης των βλαστών στον κάλο της τομάτας»,Πρακτικά της Εθνικής Ακαδημίας Επιστημών των Ηνωμένων Πολιτειών της Αμερικής, 120(38), σελ. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
You, Y. et al. (2023) «Συστηματική σύγκριση χωρικών μεταγραφικών μεθόδων που βασίζονται σε αλληλουχία»,bioRxiv, σελ. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
