Συναρμολόγηση γονιδιώματος de novo
Παρέχουμε μια πλήρη υπηρεσία συναρμολόγησης βακτηριακών γονιδιώματος, εγγυώντας 0 κενά. Αυτό είναι δυνατό με την ενσωμάτωση τεχνολογιών αλληλουχίας μακράς ανάγνωσης, όπως το Nanopore και το PacBio για τη συναρμολόγηση και την αλληλουχία βραχείας ανάγνωσης με Illumina για την επικύρωση της συναρμολόγησης και τη διόρθωση σφάλματος των αναγνώσεων ONT. Η υπηρεσία μας παρέχει την πλήρη βιοπληροφορική ροή εργασίας από τη συναρμολόγηση, τον λειτουργικό σχολιασμό και την προηγμένη βιοπληροφορική ανάλυση, εκπληρώνοντας συγκεκριμένους ερευνητικούς στόχους. Αυτή η υπηρεσία επιτρέπει την ανάπτυξη ακριβών γονιδιωμάτων αναφοράς για διάφορες γενετικές και γονιδιωματικές μελέτες. Επιπλέον, αποτελεί τη βάση για εφαρμογές όπως η βελτιστοποίηση του στελέχους, η γενετική μηχανική και η ανάπτυξη της μικροβιακής τεχνολογίας, η εξασφάλιση αξιόπιστων γονιδιωματικών δεδομένων και των γονιδιωματικών δεδομένων που δεν έχουν χάσματα για την προώθηση των επιστημονικών γνώσεων και της βιοτεχνολογικής καινοτομίας.
Χαρακτηριστικά υπηρεσίας
● Με δύο πιθανές επιλογές για να επιλέξετε ανάλογα με τον επιθυμητό βαθμό πληρότητας του γονιδιώματος.
● Επιλογή γονιδιώματος σχεδίου: αλληλουχία βραχείας ανάγνωσης με Illumina Novaseq PE150.
● Ολοκληρώστε το γονιδίωμα 0 χάσματος.
● Ανθίωση μακράς ανάγνωσης στο Nanopore PromeThion 48 ή Pacbio Revio για τη συναρμολόγηση του γονιδιώματος.
● Η αλληλουχία βραχείας ανάγνωσης στην Illumina Novaseq για την επικύρωση και τη διόρθωση σφάλματος γονιδιώματος (νανοπόρο) ή για τη δημιουργία ενός σχεδίου γονιδιώματος.
Πλεονεκτήματα υπηρεσίας
●Εγγυημένο γονιδίωμα μηδενικού χάσματος: Αυτό οφείλεται στην ενσωμάτωση της αλληλουχίας Illumina με μακρά αλληλουχία ανάγνωσης (Nanopore ή PacBio).
●Πλήρης ροή εργασίας βιοπληροφορικής:Αυτό περιλαμβάνει συναρμολόγηση γονιδιώματος και πρόβλεψη πολλαπλών γονιδιωματικών στοιχείων, λειτουργικού σχολιασμού γονιδίου και οπτικοποιήσεων γονιδιώματος όπως οικόπεδο CIRCOS.
●Εκτεταμένη τεχνογνωσία: Με πάνω από 20.000 μικροβιακά γονιδιώματα συναρμολογημένα, το Bmkgene φέρνει μια δεκαετία εμπειρίας, μια ομάδα ανάλυσης υψηλής εξειδίκευσης, ολοκληρωμένο περιεχόμενο και εξαιρετική υποστήριξη μετά την πώληση.
●Υποστήριξη μετά την πώληση:Η δέσμευσή μας εκτείνεται πέρα από την ολοκλήρωση του έργου με μια περίοδο υπηρεσίας μετά την πώληση 3 μηνών. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, προσφέρουμε την παρακολούθηση του έργου, την αντιμετώπιση προβλημάτων βοήθειας και τις συνεδρίες Q & A για την αντιμετώπιση τυχόν ερωτήσεων που σχετίζονται με τα αποτελέσματα.
●Διαθέσιμες πολλαπλές στρατηγικές αλληλουχίας:Για διαφορετικούς ερευνητικούς στόχους και απαιτήσεις της πληρότητας του γονιδιώματος.
Προδιαγραφές υπηρεσίας
| Υπηρεσία | Στρατηγική προσδιορισμού αλληλουχίας |
| Σχεδίου γονιδιώματος | Illumina PE150 100x |
| 0 γονιδίωμα χάσματος | Nanopore 100x + illumina PE150 100x Or Pacbio Hifi 30x + Illumina PE150 100x (προαιρετικό) |
Απαιτήσεις δείγματος:
| Συγκέντρωση (ng/μL) | Συνολικό ποσό (μg) | Όγκος (μL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Παχύρρευστος | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1,0 |
| Νανοπόρο | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Ελάφι | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Βακτήρια: ≥3,5x1010 κελιά
Ροή εργασίας
Δειγματοληψία
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Προσδιορισμός αλληλουχίας
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Περιλαμβάνει την ακόλουθη ανάλυση:
● Έλεγχος ποιότητας δεδομένων αλληλουχίας
● Συναρμολόγηση γονιδιώματος
● Ανάλυση συστατικών γονιδιώματος: πρόβλεψη CD και πολλαπλά γονιδιωματικά στοιχεία
● Λειτουργικός σχολιασμός με πολλαπλές γενικές βάσεις δεδομένων (GO, KEGG, κ.λπ.) και προηγμένες βάσεις δεδομένων (κάρτα, VFDB κ.λπ.)
● Οπτικοποίηση γονιδιώματος
Παρέχουμε το γονιδίωμα σε μια εύκολα προσβάσιμη μορφή FASTA και το αρχείο σχολιασμού γονιδιώματος (GFF).
Γενικός σχολιασμός - πηγαίνετε
Σχολιασμός γονιδίων - Cazy υδατάνθρακες
Οραματοποίηση γονιδιώματος - οικόπεδο Circos
Εξερευνήστε τις εξελίξεις που διευκολύνθηκαν από τις υπηρεσίες συναρμολόγησης του βακτηριακού γονιδιώματος του Bmkgene μέσω μιας επιμελημένης συλλογής δημοσιεύσεων.
Dai, W. et αϊ. (2023) «Η ανακάλυψη του Bacteroides Uniformis F18-22 ως ασφαλής και νέου προβιοτικού βακτηρίου για τη θεραπεία της ελκώδους κολίτιδας από το υγιές ανθρώπινο κόλον»,Διεθνές Περιοδικό Μοριακών Επιστημών, 24 (19), σελ. 14669. Doi: 10.3390/ijms241914669/s1.
Kang, Q. et αϊ. (2021) «απομονωμένα απομονωμένα στελέχη Proteus Mirabilis που ανθεκτικών σε πολλαπλά φάρμακα μεταφέρουν Blaoxa-1 και Blandm-1 από την άγρια φύση στην Κίνα: αύξηση του κινδύνου δημόσιας υγείας»,Ενοποιητική ζωολογία, 16 (6), σελ. 798-809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et αϊ. (2017) «Ολοκληρωμένη ακολουθία γονιδιώματος του ενδόφυτου Bacillus flexus KLBMP 4941 αποκαλύπτει τον μηχανισμό προώθησης της ανάπτυξης των φυτών και τη γενετική βάση για την ανοχή αλατιού»,Εφημερίδα της βιοτεχνολογίας, 260, σελ. 38-41. doi: 10.1016/j.jbiotec.2017.09.001.
Wang, Χ. Et αϊ. (2021) «Πλασμίδια αντοχής πολλαπλών επαναληπτικών klebsiella μεσολαβούν εκτεταμένη διάδοση αντιμικροβιακών γονιδίων»,Σύνορα στη μικροβιολογία, 12, σελ. 754931. Doi: 10.3389/fmicb.2021.754931/bibtex.
