Αλληλουχία Amplicon (16S/18S/ITS)

Η αλληλουχία Amplicon (16S/18S/ITS) με το Illumina είναι μια μέθοδος ανάλυσης της μικροβιακής ποικιλομορφίας με την αναγνώριση των μικροβιακών προφίλ σύμφωνα με τις αλληλουχίες τους και στη συνέχεια την προσπάθεια αποκρυπτογράφησης του πλούτου και της ποικιλομορφίας της κοινότητας μέσα σε κάθε δείγμα και μεταξύ των δειγμάτων. Ο αγωγός BMKCloud Amplicon (NGS) επιτρέπει την ανάλυση 16S, 18S, ITS και πολλαπλών λειτουργικών γονιδίων. Ξεκινά με περικοπή ανάγνωσης, συγκρότηση ανάγνωσης σε ζεύγη άκρου και αξιολόγηση ποιότητας, ακολουθούμενη από ομαδοποίηση παρόμοιων αναγνώσεων για τη δημιουργία Λειτουργικών Ταξινομικών Μονάδων (OTU) που χρησιμοποιούνται σε έξι διαφορετικές ενότητες ανάλυσης. Ο ταξινομικός σχολιασμός παρέχει πληροφορίες σχετικά με τη σχετική αφθονία και τη σύνθεση κάθε δείγματος, ενώ οι αναλύσεις ποικιλότητας άλφα και βήτα επικεντρώνονται στη μικροβιακή ποικιλότητα εντός και μεταξύ των δειγμάτων, αντίστοιχα. Η διαφορική ανάλυση μεταξύ ομάδων βρίσκει OTU που διαφέρουν χρησιμοποιώντας παραμετρικά και μη παραμετρικά τεστ, ενώ η ανάλυση συσχέτισης συσχετίζει αυτές τις διαφορές με περιβαλλοντικούς παράγοντες. Τέλος, η αφθονία λειτουργικών γονιδίων προβλέπεται με βάση την αφθονία των γονιδίων δεικτών, παρέχοντας εικόνα για τη λειτουργία και την οικολογία σε κάθε δείγμα.