16S/18S/ITS Applicon Sequencing-Pacbio
Χαρακτηριστικά υπηρεσίας
● Πλατφόρμα αλληλουχίας: PacBio Revio
● Λειτουργία προσδιορισμού αλληλουχίας: CCS (HIFI Reads)
● Ενίσχυση της περιοχής προορισμού ακολουθούμενη από τη διαδοχική σύνδεση των αμπλικόνων πριν από την προετοιμασία της βιβλιοθήκης του HIFI SMRT Bell
Πλεονεκτήματα υπηρεσίας
●Υψηλότερη ταξινομική επίλυση: tHan βραχυκύκνη αλληλουχία,επιτρέποντας υψηλότερα ποσοστά ταξινόμησης OTU σε επίπεδο ειδών.
●Εξαιρετικά ακριβή βάση βάσης: PacBio CCS Mode Sequencing (HIFI Reads).
●Χωρίς απομόνωση: Ταχεία ταυτοποίηση της μικροβιακής σύνθεσης σε περιβαλλοντικά δείγματα.
●Ευρέως εφαρμόσιμος: Διάφορες μικροβιακές κοινοτικές μελέτες.
●Ολοκληρωμένη βιοπληροφορική ανάλυση: Το τελευταίο πακέτο QIIME2 (ποσοτική γνώση της μικροβιακής οικολογίας) με διαφορετικές αναλύσεις όσον αφορά τη βάση δεδομένων, σχολιασμό, OTU/ASV.
●Εκτεταμένη τεχνογνωσία: Με χιλιάδες έργα προσδιορισμού αλληλουχίας αμπλικόνων που διεξάγονται ετησίως, το BMKGENE φέρνει μια δεκαετία εμπειρίας, μια ομάδα ανάλυσης υψηλής εξειδίκευσης, ολοκληρωμένο περιεχόμενο και εξαιρετική υποστήριξη μετά την πώληση.
Προδιαγραφές υπηρεσίας
| Βιβλιοθήκη | Στρατηγική προσδιορισμού αλληλουχίας | Συνιστώμενα δεδομένα |
| Αμπλικόνιο | Αναθεώρηση του Pacbio | 10/30/50 K Ετικέτες (CCS) |
Απαιτήσεις δειγματοληψίας
| Συγκέντρωση (ng/μL) | Συνολικό ποσό (μg) | Όγκος (μL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Συνιστώμενη παράδοση δείγματος
Καταψύψτε τα δείγματα σε υγρό άζωτο για 3-4 ώρες και αποθηκεύστε σε υγρό άζωτο ή -80 βαθμούς σε μακροχρόνια κράτηση. Απαιτείται δείγμα αποστολής με ξηρό πάγο.
Ροή εργασίας
Δειγματοληψία
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Προσδιορισμός αλληλουχίας
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Περιλαμβάνει την ακόλουθη ανάλυση:
● Έλεγχος ποιότητας δεδομένων ακατέργαστων δεδομένων
● OTU ομαδοποίηση/de-noise (ASV)
● σχολιασμός OTU
● Ανάλυση διαφορετικότητας Alpha: Πολλαπλοί δείκτες, συμπεριλαμβανομένων των Shannon, Simpson και Ace.
● Ανάλυση πολυμορφίας βήτα
● Ανάλυση μεταξύ ομάδων
● Ανάλυση συσχέτισης: Μεταξύ περιβαλλοντικών παραγόντων και σύνθεσης και ποικιλομορφίας
● Λειτουργική πρόβλεψη γονιδίων 16S
Ιστόγραμμα ταξινομικής διανομής
Κοινοτική διανομή φυλογενετικό δέντρο
Ανάλυση διαφορετικότητας Alpha: Ace
δείκτης
Ανάλυση βήτα ποικιλομορφίας: PCOA
Ανάλυση μεταξύ ομάδων: ANOVA
Εξερευνήστε τις εξελίξεις που διευκολύνθηκαν από τις υπηρεσίες αλληλουχίας του BMKGENE με το PACBIO μέσω μιας επιμελημένης συλλογής δημοσιεύσεων.
Gao, X. and Wang, Η. (2023) 'Συγκριτική ανάλυση των βακτηριακών προφίλ και λειτουργιών του Rumen κατά τη διάρκεια της προσαρμογής σε διαφορετική φαινολογία (Regreen vs. Grassy) σε Alpine Merino πρόβατα με δύο αναπτυσσόμενα στάδια σε ένα αλπικό λιβάδι', ζύμωση, 9 (9 (9 ( 1), σ. 16. doi: 10.3390/ζύμωση9010016/s1.
Li, S. et αϊ. (2023) «Η καταγραφή της μικροβιακής σκοτεινής ύλης στα εδάφη της ερήμου χρησιμοποιώντας μεταγονιδιωματικά με βάση την καλλιέργεια και ανάλυση υψηλής ανάλυσης», NPJ βιοφίλμ και μικροβιώματα 2023 9: 1, 9 (1), σελ. 1-14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
MU, L. et αϊ. (2022) «Επιδράσεις των αλάτων λιπαρών οξέων στα χαρακτηριστικά της ζύμωσης, στη βακτηριακή ποικιλομορφία και στην αερόβια σταθερότητα της μικτής ενσίρωσης που παρασκευάζεται με αλφάλφα, άχυρο ρυζιού και πίτουρο σίτου», Εφημερίδα της Επιστήμης Τροφίμων και Γεωργίας, 102 (4), σελ. 1475- 1487. doi: 10.1002/jsfa.11482.
Yang, J. et αϊ. (2023) 'Η αλληλεπίδραση μεταξύ των βιοδεικτών οξειδωτικού στρες και του μικροβίου του εντέρου στις αντιοξειδωτικές επιδράσεις των εκχυλισμάτων από το Sonchus brachyotus DC. Σε επαγόμενη από οξαζολόνη εντερικό οξειδωτικό στρες σε ενήλικα zebrafish, αντιοξειδωτικά 2023, τομ. 12, σελίδα 192, 12 (1), σελ. 192. doi: 10.3390/antiox12010192.
