16S/18S/ITS Sequencing NGS
Χαρακτηριστικά υπηρεσίας
● Πλατφόρμα αλληλουχίας: Illumina Novaseq.
● Ενίσχυση των σύντομων περιοχών των 16s, 18s και του, μεταξύ άλλων στόχων ενίσχυσης.
● Ευέλικτες επιλογές αμπλικόνων.
● Προηγούμενη εμπειρία έργου με πολλαπλούς στόχους ενίσχυσης.
Πλεονεκτήματα υπηρεσίας
●Χωρίς απομόνωση:Ταχεία ταυτοποίηση της μικροβιακής σύνθεσης σε περιβαλλοντικά δείγματα.
●Υψηλή ανάλυση: Σε χαμηλά εξαρτήματα σε περιβαλλοντικά δείγματα.
●Ευρέως εφαρμόσιμος: Διάφορες μικροβιακές κοινοτικές μελέτες.
●Ολοκληρωμένη βιοπληροφορική ανάλυση: Το τελευταίο πακέτο QIIME2 (ποσοτική γνώση της μικροβιακής οικολογίας) με διαφορετικές αναλύσεις όσον αφορά τη βάση δεδομένων, σχολιασμό, OTU/ASV.
●Εκτεταμένη τεχνογνωσία: Με 150 χιλιάδες έργα προσδιορισμού αλληλουχίας αμπλικόνων που διεξήχθησαν ετησίως, το BMKGENE φέρνει μια δεκαετία εμπειρίας, μια ομάδα ανάλυσης υψηλής εξειδίκευσης, ολοκληρωμένο περιεχόμενο και εξαιρετική υποστήριξη μετά την πώληση.
Προδιαγραφές υπηρεσίας
| Βιβλιοθήκη | Στρατηγική προσδιορισμού αλληλουχίας | Συνιστώμενα δεδομένα |
| Αμπλικόνιο | Illumina PE250 | 50/100/300k ετικέτες (ζεύγη ανάγνωσης) |
Απαιτήσεις υπηρεσίας
| Συγκέντρωση (ng/μL) | Συνολικό ποσό (ng) | Όγκος (μL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Έδαφος/λάσπη: 1-2g
● εντερικό περιεχόμενο-ζώο: 0,5-2g
● εντερικά περιεχόμενα-εντόμηση: 0.1-0.25G
● Επιφάνεια φυτών (εμπλουτισμένα ιζήματα): 0,1-0,5g
● Ζυμωμένος ζωμός εμπλουτισμένος ιζήματα): 0,1-0,5g
● Που σκάφους (μεγάλα ζώα): 0,5-2g
● Που σκάφους (ποντίκι): 3-5 grains
● Πνευμονικό υγρό πλύσης: διηθητικό χαρτί
● κολπικό επιχρίσμα: 5-6 επιχρίσματα
● Σχέδιο δέρματος/γεννητικών οργάνων/σάλιο/από του στόματος μαλακού ιστού/φαρυγγικού στρώματος/ορθού: 2-3 Swabs
● Επιφανειακοί μικροοργανισμοί: διηθητικό χαρτί
● Waterbody/Air/Biofilm: Διευθυντής χαρτιού
● Ενδοφυλάτα: 1-2g
● Οδοντιατρική πλάκα: 0.5-1G
Ροή εργασίας
Δειγματοληψία
Κατασκευή βιβλιοθήκης
Προσδιορισμός αλληλουχίας
Ανάλυση δεδομένων
Υπηρεσίες μετά την πώληση
Περιλαμβάνει την ακόλουθη ανάλυση:
- Ελέγχου ποιότητας ακατέργαστων δεδομένων
- OTU ομαδοποίηση /de-noise (ASV)
- Σχολιασμός OTU
- Ανάλυση διαφορετικότητας Alpha: Πολλαπλοί δείκτες, συμπεριλαμβανομένων των Shannon, Simpson και Ace.
- Ανάλυση βήτα ποικιλομορφίας
- Ανάλυση μεταξύ ομάδων
- Ανάλυση συσχέτισης: Μεταξύ περιβαλλοντικών παραγόντων και σύνθεσης και ποικιλομορφίας
- 16S Λειτουργική πρόβλεψη γονιδίων
Ιστόγραμμα ταξινομικής διανομής
Χάρτης θερμότητας ταξινόμησης ταξινομικής αφθονίας
Ανάλυση διαφορετικότητας άλφα: καμπύλη αραιώσεως
Ανάλυση βήτα ποικιλομορφίας: NMDS
Ανάλυση μεταξύ ομάδων: Discovery Biomarker Lefse
Εξερευνήστε τις εξελίξεις που διευκολύνεται από τις υπηρεσίες αλληλουχίας του BMKGENE με την Illumina μέσω μιας επιμελημένης συλλογής δημοσιεύσεων.
Dong, C. et αϊ. (2022) 'Συναρμολόγηση, μικροβιοτικό πυρήνα και λειτουργία του εδάφους ριζόσφαιρας και του μικροβίου φλοιού στην Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13.
Li, Υ. Et αϊ. (2023) «Μεταμόσχευση συνθετικών βακτηριακών κοινοπραξιών για τη θεραπεία του βακτηριακού κολπίσκου που προκαλείται από το gardnerella vaginalis σε ποντίκια», Microbiome, 11 (1), σελ. 1-14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. and Liu, Η. (2022) «Μικροβιώματα της αεροπορικής σκόνης που συλλέχθηκαν κατά τη διάρκεια του εδάφους κλειστού βιοαρεφυλινικού πειράματος υποστήριξης ζωής« Lunar Palace 365 », Environmental Microbiomes, 17 (1), σελ. 1-20. doi: 10.1186/s40793-022-00399-0/σχήματα/8.
Yin, S. et αϊ. (2022) «εξαρτώμενη από την πρώτη ύλη αφθονία των λειτουργικών γονιδίων που σχετίζονται με την απώλεια αζώτου με μετασχηματισμό αζώτου στην κομποστοποίηση», Bioresource Technology, 361, σελ. 127678. Doi: 10.1016/j.biortech.2022.127678.
