Ganzes Genom Bisul -Fixe -Sequenzierung (WGBS)
Die Gesamtgenom-Bisulfit-Sequenzierung (WGBS) gilt als Goldstandard-Methodik zur eingehenden Erforschung der DNA-Methylierung, insbesondere der fünften Position in Cytosin (5-mc), einem entscheidenden Regulator der Genexpression und der Zellaktivität. Das Prinzip, das WGBs zugrunde liegt, beinhaltet eine Bisulfitbehandlung, wodurch die Umwandlung unethylierter Zytosine in Uracil (C zu U) induziert wird, während methylierte Zytosine unverändert bleiben. Diese Technik bietet eine Basisauflösung, die es Forschern ermöglicht, das Methylom umfassend zu untersuchen und abnormale Methylierungsmuster, die mit verschiedenen Erkrankungen verbunden sind, insbesondere Krebs, aufzudecken. Durch die Verwendung von WGBs können Wissenschaftler beispiellose Einblicke in die genomweiten Methylierungslandschaften gewinnen und ein differenziertes Verständnis der epigenetischen Mechanismen vermitteln, die verschiedenen biologischen Prozessen und Krankheiten zugrunde liegen.
Servicefunktionen
● Benötigt ein Referenzgenom.
● Die Lambda -DNA wird hinzugefügt, um die Effizienz der Bisulfite -Umwandlung zu überwachen.
● Sequenzierung auf Illumina Novaseq.
Servicevorteile
●Goldstandard für die DNA -Methylierungsforschung: Diese reife Methylierungsumwandlungsverarbeitungstechnologie hat eine hohe Genauigkeit und eine gute Reproduzierbarkeit.
●Breite Abdeckung und Einzelbasisauflösung:Nachweis von Methylierungsstellen auf genomweiter Ebene.
●Komplette Plattform:Bieten Sie einen One-Stop-hervorragenden Service von Probenverarbeitung, Bibliothekskonstruktion, Sequenzierung bis hin zur Bioinformatikanalyse.
●Umfangreiches Fachwissen: Mit WGBS-Sequenzierungsprojekten, die in einer Vielzahl von Arten erfolgreich abgeschlossen sind, bringt BMKgene über ein Jahrzehnt Erfahrung, ein hochqualifiziertes Analyseteam, umfassende Inhalte und exzellente Unterstützung nach dem Verkauf.
●Möglichkeit, sich der Transkriptomik -Analyse anzuschließen: Ermöglichen Sie die integrierte Analyse von WGBs mit anderen OMICS-Daten wie RNA-Seq.
Beispielspezifikationen
| Bibliothek | Sequenzierungsstrategie | Empfohlene Datenausgabe | Qualitätskontrolle |
| Bisulfit behandelt | Illumina PE150 | 30x Tiefe | Q30 ≥ 85% Bisulfitumwandlung> 99% |
Stichprobenanforderungen
| Konzentration (ng/µl) | Gesamtmenge (µg) | Zusätzliche Anforderungen | |
| Genomische DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Begrenzte Verschlechterung oder Kontamination |
Service Work Flow
Probenabgabe
DNA -Extraktion
Bibliothekskonstruktion
Sequenzierung
Datenanalyse
Datenerbringung
Enthält die folgende Analyse:
● RAW -Sequenzierungsqualitätskontrolle;
● Mapping auf Referenzgenom;
● Nachweis von 5mc methylierten Basen;
● Analyse der Methylierungsverteilung und Anmerkung;
● Analyse differentiell methylierter Regionen (DMRs);
● Funktionelle Annotation von Genen, die mit DMRs verbunden sind.
5mc Methylierungserkennung: Arten von methylierten Stellen
Methylierungskarte. 5mc Methylierungsgenomweite Verteilung
Annotation von stark methylierten Regionen
Unterschiedlich methylierte Regionen: assoziierte Gene
Differentiell methylierte Regionen: Annotation assoziierter Gene (Gen -Ontologie)
Untersuchen Sie die Forschungsergebnisse, die durch die gesamte Genom -Bisulfite -Sequenzierungsdienste von Bmkgene durch eine kuratierte Sammlung von Veröffentlichungen erleichtert wurden.
Fan, Y. et al. (2020) 'Analyse von DNA-Methylierungsprofilen während der Entwicklung des Skelettmuskels unter Verwendung der Bisulfit-Sequenzierung des gesamten Genoms',BMC -Genomik, 21 (1), S. 1–15. doi: 10.1186/s12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'Neue Desoxyribonukleinsäure -Methylierungsstörungen bei Arbeitern, die Vinylchlorid ausgesetzt sind',Toxikologie und industrielle Gesundheit38 (7), S. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) "Beziehungen zwischen Genommethylierung, Spiegel nicht-kodierender RNAs, mRNAs und Metaboliten in Reifentomatenfrüchten",Das Plant Journal, 103 (3), S. 980–994. doi: 10.1111/tpj.14778.
