Bisulfit-Sequenzierung mit reduzierter Repräsentation (RRBS)
Die reduzierte Bisulfit-Sequenzierung (RRBS) hat sich in der DNA-Methylierungsforschung als kostengünstige und effiziente Alternative zur Bisulfit-Sequenzierung des gesamten Genoms (WGBS) herausgestellt. Während WGBS durch die Untersuchung des gesamten Genoms mit Einzelbasenauflösung umfassende Erkenntnisse liefert, können die hohen Kosten ein limitierender Faktor sein. RRBS mildert diese Herausforderung strategisch durch die selektive Analyse eines repräsentativen Teils des Genoms. Diese Methode beruht auf der Anreicherung von CpG-Insel-reichen Regionen durch MspI-Spaltung und anschließender Größenauswahl von 200-500/600-bps-Fragmenten. Folglich werden nur Regionen in der Nähe von CpG-Inseln sequenziert, während diejenigen mit entfernten CpG-Inseln von der Analyse ausgeschlossen werden. Dieser Prozess ermöglicht in Kombination mit der Bisulfit-Sequenzierung einen hochauflösenden Nachweis der DNA-Methylierung, und der Sequenzierungsansatz PE150 konzentriert sich speziell auf die Enden der Inserts und nicht auf die Mitte, wodurch die Effizienz der Methylierungsprofilierung erhöht wird. Das RRBS ist ein unschätzbar wertvolles Werkzeug, das eine kostengünstige DNA-Methylierungsforschung ermöglicht und das Wissen über epigenetische Mechanismen erweitert.
Servicefunktionen
● Erfordert ein Referenzgenom.
● Lambda-DNA wird zur Überwachung der Bisulfit-Umwandlungseffizienz verwendet.
● Die Effizienz der MspI-Verdauung wird ebenfalls überwacht.
● Doppelter Enzymverdau für Pflanzenproben.
● Sequenzierung auf Illumina NovaSeq.
Servicevorteile
●Kostengünstige und effiziente Alternative zu WGBS: Dadurch kann die Analyse zu geringeren Kosten und mit geringerem Probenbedarf durchgeführt werden.
●Komplette Plattform:bieten exzellenten Service aus einer Hand von der Probenverarbeitung über den Bibliotheksaufbau und die Sequenzierung bis hin zur bioinformatischen Analyse.
●Umfangreiches Fachwissen: Mit erfolgreich abgeschlossenen RRBS-Sequenzierungsprojekten für eine Vielzahl von Arten bringt BMKGENE über ein Jahrzehnt Erfahrung, ein hochqualifiziertes Analyseteam, umfassende Inhalte und exzellenten Post-Sales-Support mit.
Leistungsbeschreibung
| Bibliothek | Sequenzierungsstrategie | Empfohlene Datenausgabe | Qualitätskontrolle |
| Mit MspI verdaute und mit Bisulfit behandelte Bibliothek | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85 % Bisulfit-Umwandlung > 99 % MspI-Schnitteffizienz > 95 % |
Beispielanforderungen
| Konzentration (ng/µL) | Gesamtmenge (µg) |
| |
| Genomische DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Begrenzte Verschlechterung oder Kontamination |
Service-Workflow
Musterlieferung
Bibliotheksbau
Sequenzierung
Datenanalyse
Kundendienst
Beinhaltet die folgende Analyse:
● Qualitätskontrolle der Rohsequenzierung;
● Zuordnung zum Referenzgenom;
● Nachweis von 5mC methylierten Basen und Motividentifizierung;
● Analyse der Methylierungsverteilung und Probenvergleich;
● Analyse differentiell methylierter Regionen (DMRs);
● Funktionelle Annotation von Genen, die mit DMRs assoziiert sind.
Qualitätskontrolle: Verdauungseffizienz (bei der Genomkartierung)
Qualitätskontrolle: Bisulfit-Umwandlung (bei der Extraktion von Methylierungsinformationen)
Methylierungskarte: genomweite Verteilung der 5mC-Methylierung
Beispielvergleich: Hauptkomponentenanalyse
Analyse differenziell methylierter Regionen (DMRs): Heatmap
Entdecken Sie die Forschungsfortschritte, die durch die Bisulfit-Sequenzierungsdienste für das gesamte Genom von BMKGene ermöglicht werden, anhand einer kuratierten Sammlung von Veröffentlichungen.
Li, Z. et al. (2022) „High-Fidelity-Reprogrammierung in Leydig-ähnliche Zellen durch CRISPR-Aktivierung und parakrine Faktoren“,PNAS-Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) „Genomweite DNA-Methylierungsanalyse der Körperzusammensetzung bei chinesischen eineiigen Zwillingen“,Europäisches Journal für klinische Untersuchungen, 53(11), S. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) „DNA-Methylierung und Verhältnis von Taille zu Hüfte: eine epigenomweite Assoziationsstudie an chinesischen monozygoten Zwillingen“,Zeitschrift für endokrinologische Untersuchung, 45(12), S. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
