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BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
Die räumliche Transkriptomik steht an der Spitze der wissenschaftlichen Innovation und ermöglicht es Forschern, in komplexe Genexpressionsmuster innerhalb von Geweben einzutauchen und gleichzeitig deren räumlichen Kontext zu bewahren. Im Rahmen verschiedener Plattformen hat BMKGene den BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chip entwickelt, der über eine verbesserte Auflösung von 3,5 µm verfügt, den subzellulären Bereich erreicht und mehrstufige Auflösungseinstellungen ermöglicht. Der S3000-Chip verfügt über etwa 4 Millionen Spots und verwendet Mikrowells, die mit Perlen bestückt sind, die mit räumlich mit Barcodes versehenen Einfangsonden beladen sind. Aus dem S3000-Chip wird eine mit räumlichen Barcodes angereicherte cDNA-Bibliothek erstellt und anschließend auf der Illumina NovaSeq-Plattform sequenziert. Die Kombination aus räumlich mit Barcodes versehenen Proben und UMIs gewährleistet die Genauigkeit und Spezifität der generierten Daten. Der BMKManu S3000-Chip ist äußerst vielseitig und bietet mehrstufige Auflösungseinstellungen, die fein auf verschiedene Gewebe und gewünschte Detailgrade abgestimmt werden können. Diese Anpassungsfähigkeit macht den Chip zu einer hervorragenden Wahl für verschiedene räumliche Transkriptomstudien und gewährleistet eine präzise räumliche Clusterbildung mit minimalem Rauschen. Der Einsatz der Zellsegmentierungstechnologie mit BMKManu S3000 ermöglicht die Eingrenzung von Transkriptionsdaten auf die Zellgrenzen, was zu einer Analyse mit direkter biologischer Bedeutung führt. Darüber hinaus führt die verbesserte Auflösung von S3000 zu einer höheren Anzahl erkannter Gene und UMIs pro Zelle, was eine viel genauere Analyse der räumlichen Transkriptionsmuster und der Clusterbildung von Zellen ermöglicht.
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Einzelkern-RNA-Sequenzierung
Die Entwicklung von Einzelzellerfassungs- und benutzerdefinierten Bibliothekskonstruktionstechniken in Verbindung mit Hochdurchsatzsequenzierung hat Genexpressionsstudien auf Zellebene revolutioniert. Dieser Durchbruch ermöglicht eine tiefere und umfassendere Analyse komplexer Zellpopulationen, überwindet die Einschränkungen, die mit der Durchschnittsbildung der Genexpression über alle Zellen verbunden sind, und bewahrt die wahre Heterogenität innerhalb dieser Populationen. Während die Einzelzell-RNA-Sequenzierung (scRNA-seq) unbestreitbare Vorteile bietet, stößt sie in bestimmten Geweben auf Herausforderungen, wo sich die Herstellung einer Einzelzellsuspension als schwierig erweist und frische Proben erfordert. Bei BMKGene begegnen wir dieser Hürde, indem wir Einzelkern-RNA-Sequenzierung (snRNA-seq) unter Verwendung der hochmodernen 10X Genomics Chromium-Technologie anbieten. Dieser Ansatz erweitert das Spektrum der Proben, die für die Transkriptomanalyse auf Einzelzellebene geeignet sind.
Die Isolierung der Zellkerne wird durch den innovativen 10X Genomics Chromium-Chip erreicht, der über ein Achtkanal-Mikrofluidiksystem mit doppelten Kreuzungen verfügt. Innerhalb dieses Systems werden Gelkügelchen, die Barcodes, Primer, Enzyme und einen einzelnen Kern enthalten, in Öltropfen in Nanolitergröße eingekapselt, wodurch Gel Bead-in-Emulsion (GEM) entsteht. Nach der GEM-Bildung kommt es in jedem GEM zur Zelllyse und zur Freigabe des Barcodes. Anschließend werden mRNA-Moleküle einer umgekehrten Transkription in cDNAs unterzogen, wobei 10X-Barcodes und Unique Molecular Identifiers (UMIs) integriert werden. Diese cDNAs werden dann dem Aufbau einer Standard-Sequenzierungsbibliothek unterzogen, was eine robuste und umfassende Untersuchung von Genexpressionsprofilen auf Einzelzellebene ermöglicht.
Plattform: 10× Genomics Chromium und Illumina NovaSeq Plattform
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10x Genomics Visium Spatial Transkriptom
Die räumliche Transkriptomik ist eine hochmoderne Technologie, die es Forschern ermöglicht, Genexpressionsmuster innerhalb von Geweben zu untersuchen und gleichzeitig deren räumlichen Kontext zu bewahren. Eine leistungsstarke Plattform in diesem Bereich ist 10x Genomics Visium in Verbindung mit der Illumina-Sequenzierung. Das Prinzip von 10X Visium basiert auf einem speziellen Chip mit einem bestimmten Erfassungsbereich, in dem Gewebeschnitte platziert werden. Dieser Erfassungsbereich enthält Barcode-Punkte, die jeweils einer eindeutigen räumlichen Position im Gewebe entsprechen. Die eingefangenen RNA-Moleküle aus dem Gewebe werden dann während des Reverse-Transkriptionsprozesses mit eindeutigen molekularen Identifikatoren (UMIs) markiert. Diese Barcode-Spots und UMIs ermöglichen eine präzise räumliche Kartierung und Quantifizierung der Genexpression mit einer Einzelzellauflösung. Die Kombination aus räumlich mit Barcodes versehenen Proben und UMIs gewährleistet die Genauigkeit und Spezifität der generierten Daten. Durch den Einsatz dieser Spatial Transcriptomics-Technologie können Forscher ein tieferes Verständnis der räumlichen Organisation von Zellen und der komplexen molekularen Wechselwirkungen innerhalb von Geweben erlangen und unschätzbare Einblicke in die Mechanismen bieten, die biologischen Prozessen in verschiedenen Bereichen zugrunde liegen, darunter Onkologie, Neurowissenschaften, Entwicklungsbiologie und Immunologie und botanische Studien.
Plattform: 10X Genomics Visium und Illumina NovaSeq
