Heatmap
Das Heatmap-Tool akzeptiert eine Matrixdatendatei als Eingabe und ermöglicht Benutzern das Filtern, Normalisieren und Clustern von Daten. Der Hauptanwendungsfall für Heatmaps ist die Clusteranalyse des Genexpressionsniveaus zwischen verschiedenen Proben.
Gen-Annotation
Das Gene Annotation-Tool führt eine Genannotation basierend auf dem Sequenzabgleich der eingegebenen FASTA-Dateien mit verschiedenen Datenbanken durch.
Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)
Das BLAST-Tool ist eine in BMKCloud integrierte Version von NCBI BLAST und kann zur Ausführung derselben Funktionen mithilfe von auf das BMKCloud-Konto hochgeladenen Daten verwendet werden.
CDS_UTR-Vorhersage
Das CDS_UTR-Vorhersagetool wurde entwickelt, um kodierende Regionen (CDS) und nicht-kodierende Regionen (UTR) in bestimmten Transkriptsequenzen basierend auf BLAST-Ergebnissen anhand bekannter Proteindatenbanken und ORF-Vorhersageergebnissen vorherzusagen.
Manhattan-Grundstück
Das Manhattan Plot-Tool ermöglicht die Anzeige von Experimenten mit hoher Stichprobenzahl und wird häufig in genomweiten Assoziationsstudien (GWAS) verwendet.
Zirkusdiagramm
Das CIRCOS-Diagramm-Tool bietet eine effiziente Visualisierung der Verteilung genomischer Merkmale im Genom. Zu den gemeinsamen Merkmalen gehören quantitative Loci, SNPs, InDels sowie Struktur- und Kopienzahlvarianten.
Anreicherung der Genontologie (GO).
Das GO Enrichment-Tool bietet eine funktionale Anreicherungsanalyse. Die primäre Software in diesem Tool ist das TopGO-Bioconductor-Paket, das eine Differentialexpressionsanalyse, eine GO-Anreicherungsanalyse und eine Visualisierung der Ergebnisse umfasst.
Gewichtete Gen-Koexpressions-Netzwerkanalyse (WGCNA)
WGCNA ist eine weit verbreitete Data-Mining-Methode zur Entdeckung von Gen-Koexpressionsmodulen. Es ist auf verschiedene Expressionsdatensätze anwendbar, einschließlich Microarray- und NGS-Genexpressionsdaten.
InterProScan
Das InterProScan-Tool ermöglicht die Analyse und Klassifizierung von InterPro-Proteinsequenzen.
GO KEGG-Anreicherung
Das GO KEGG-Anreicherungstool dient zur Erstellung eines GO-Anreicherungshistogramms, eines KEGG-Anreicherungshistogramms und eines KEGG-Anreicherungspfads auf der Grundlage eines bereitgestellten Gensatzes und einer entsprechenden Anmerkung.