Sequenzierung des gesamten pflanzlichen/tierischen Genoms
Servicefunktionen
● Die Bibliotheksvorbereitung kann standardmäßig oder PCR-frei erfolgen
● Verfügbar in 4 Sequenzierungsplattformen: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 oder PacBio Revio.
● Bioinformatische Analyse mit Schwerpunkt auf der Erkennung von Varianten: SNP, InDel, SV und CNV
Servicevorteile
●Umfangreiche Expertise und Publikationsaufzeichnungen: Die gesammelte Erfahrung in der Genomsequenzierung für über 1.000 Arten hat zu über 1.000 veröffentlichten Fällen mit einem kumulativen Impact-Faktor von über 5.000 geführt.
●Umfassende bioinformatische Analyse: Einschließlich Variationsaufruf und Funktionsanmerkung.
● Post-Sales-Support:Unser Engagement geht über den Projektabschluss hinaus und umfasst einen dreimonatigen Kundendienstzeitraum. Während dieser Zeit bieten wir Projektnachverfolgung, Unterstützung bei der Fehlerbehebung und Frage-und-Antwort-Sitzungen an, um alle Fragen zu den Ergebnissen zu beantworten.
●Umfassende Anmerkung: Wir nutzen mehrere Datenbanken, um die Gene mit identifizierten Variationen funktionell zu annotieren und die entsprechende Anreicherungsanalyse durchzuführen, um Erkenntnisse über mehrere Forschungsprojekte zu gewinnen.
Leistungsbeschreibung
| Zu identifizierende Varianten | Sequenzierungsstrategie | Empfohlene Tiefe |
| SNP und InDel | Illumina NovaSeq PE150 oder MGI T7 | 10x |
| SV und CNV (weniger genau) | 30x | |
| SV und CNV (genauer) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV und CNV | PacBio Revio | 10x |
Beispielanforderungen
| Gewebe oder extrahierte Nukleinsäuren | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Tierische Eingeweide | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Tierischer Muskel | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Säugetierblut | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Geflügel-/Fischblut | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Pflanze – frisches Blatt | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Kultivierte Zellen |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Insektenweichgewebe/Individuell | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Extrahierte DNA
| Konzentration: ≥ 1 ng/µL Menge: ≥ 30 ng Begrenzte oder keine Verschlechterung oder Kontamination
| Konzentration Menge
OD260/280
OD260/230
Begrenzte oder keine Verschlechterung oder Kontamination
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/Durchflusszelle/Probe
1,7-2,2
≥1,5 | Konzentration Menge
OD260/280
OD260/230
Begrenzte oder keine Verschlechterung oder Kontamination | ≥ 50 ng/µL 10 µg/Durchflusszelle/Probe
1,7-2,2
1,8-2,5 |
| PCR-freie Bibliotheksvorbereitung: Konzentration≥ 40 ng/µL Menge ≥ 500 ng | |||||
Service-Workflow
Musterlieferung
DNA-Extraktion
Bibliotheksbau
Sequenzierung
Datenanalyse
Datenlieferung
Beinhaltet die folgende Analyse:
- Qualitätskontrolle der Rohdaten
- Statistik der Ausrichtung auf das Referenzgenom
- Variantenidentifikation: SNP, InDel, SV und CNV
- Funktionale Annotation von Varianten
Statistik der Ausrichtung auf das Referenzgenom – Sequenzierungstiefenverteilung
SNP-Aufruf zwischen mehreren Proben
InDel-Identifizierung – Statistiken zur InDel-Länge in der CDS-Region und der genomweiten Region
Variantenverteilung im Genom – Circos-Plot
Funktionelle Annotation von Genen mit identifizierten Varianten – Gene Ontology
Chai, Q. et al. (2023) „Eine Glutathion-S-Transferase GhTT19 bestimmt die Pigmentierung der Blütenblätter, indem sie die Anreicherung von Anthocyanen in Baumwolle reguliert“, Plant Biotechnology Journal, 21(2), S. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) „Das Genom wilder Hevea brasiliensis auf Chromosomenebene bietet neue Werkzeuge für die genomgestützte Züchtung und wertvolle Loci zur Steigerung des Kautschukertrags“, Plant Biotechnology Journal, 21(5), S. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. et al. (2021) „Das Genom der Ästuarauster liefert Einblicke in Klimaauswirkungen und adaptive Plastizität“, Communications Biology 2021 4:1, 4(1), S. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) „Die Analyse von Genom- und Methylierungsveränderungen bei einheimischen chinesischen Hühnern im Laufe der Zeit liefert Einblicke in den Artenschutz“, Communications Biology, 5(1), S. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
