Pacbio-Transkriptom in voller Länge

Die Pacbio-Transkriptom-Sequenzierung in voller Länge, Isoseq, ermöglicht eine genaue Identifizierung von Transkriptisoformen, das Licht auf alternative Polyadenylierung und Spleißen und eine genauere Genexpressionsanalyse. Die BMKCloud Pacbio-Transkriptom-Pipeline in voller Länge ist so konzipiert, dass cDNA-Bibliotheken im CCS-Modus (Circular Consensus Sequencing) sequenziert sind und nicht-chimäre (FLC) -Sequenzen in voller Länge identifiziert werden, die dann in nicht redundante Transkripte geklustert werden. Eine nachfolgende Busco -Analyse bewertet die Vollständigkeit der Transkriptombaugruppe. Aus dem zusammengesetzten Transkriptom werden mehrere Analysen durchgeführt: alternatives Spleißen, einfache Sequenz -Wiederholung (SSR), Vorhersage von LNCRNA und entsprechende Zielgene, Vorhersage neuer Gene, Genfamilienanalyse, Transkriptionsfaktoranalyse und funktionelle Annotation von Transkripten.