mRNA-seq (NGS) mit Referenzgenom
RNA-seq ist ein Standardwerkzeug in den Bio- und Nutzpflanzenwissenschaften und schließt die Lücke zwischen Genomen und Proteomen. Seine Stärke liegt in der Entdeckung neuer Transkripte und der Quantifizierung ihrer Expression in einem Assay. Es wird häufig für vergleichende transkriptomische Studien verwendet, die Aufschluss über Gene geben, die mit verschiedenen Merkmalen oder Phänotypen in Zusammenhang stehen, etwa durch den Vergleich von Mutanten mit Wildtypen oder die Aufdeckung der Genexpression unter bestimmten Bedingungen. Die BMKCloud mRNA(Reference) APP integriert Expressionsquantifizierung, differentielle Expressionsanalyse (DEG) und Sequenzstrukturanalysen in die mRNA-seq(NGS)-Bioinformatik-Pipeline und vereint die Stärken ähnlicher Software und sorgt so für Komfort und Benutzerfreundlichkeit. Benutzer können ihre RNA-seq-Daten in die Cloud hochladen, wo die App eine umfassende bioinformatische Analyselösung aus einer Hand bietet. Darüber hinaus steht das Kundenerlebnis im Vordergrund und bietet personalisierte Abläufe, die auf die spezifischen Bedürfnisse der Benutzer zugeschnitten sind. Benutzer können Parameter festlegen und die Pipeline-Mission selbst einreichen, den interaktiven Bericht überprüfen, Daten/Diagramme anzeigen und Data Mining durchführen, z. B. Zielgenauswahl, funktionelles Clustering, Diagrammerstellung usw.
Plattform:Illumina, MGI
Strategie:RNA-Seq
Layout: Paried, saubere Daten.
Bibliothekstyp:fr-unstranded, fr-firststrand oder fr-secondstrand
Leselänge:150 bp
Dateityp:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz oder *.fq.gz. Das System wirdOrdnen Sie die .fastq-Dateien automatisch entsprechend ihren Dateinamen zu.zB *_1.fastq gepaart mit *._2.fastq.
Anzahl Proben:Es gibt keine Beschränkungen hinsichtlich der Anzahlvon Proben, aber die Analysezeit wird mit der Anzahl der Proben zunehmenProben wachsen.
Empfohlene Datenmenge:6G pro Probe