Nanoporenbasierte Transkriptomsequenzierung in voller Länge
Die Nanoporensequenzierung unterscheidet sich von anderen Sequenzierungsplattformen dadurch, dass die Nukleotide direkt ohne DNA-Synthese abgelesen werden und lange Lesevorgänge mit mehreren zehn Kilobasen generiert werden. Dies ermöglicht das direkte Vorlesen vollständiger Transkripte und die Bewältigung der Herausforderungen in transkriptomischen Studien.
√ Geringe sequenzspezifische Verzerrung
√ Auslesen der cDNA in voller Länge für Genstrukturstudien
√ Weniger Daten erforderlich, um die gleiche Anzahl von Transkripten abzudecken
√ Identifizierung mehrerer Isoformen pro Gen
√ Expressionsquantifizierung auf Isoformenebene
Typische Bioinformatik-Pipeline
Neueste erfolgreiche Fälle mit Biomarker-Technologien
1. Vergleichende Analysen von Transkriptomen voller Länge zeigen die Entwicklungsdynamik des Gnetum luofuense-Stamms
Zeitschrift: Grenzen der Genetik
Veröffentlicht: März 2021
Schlüsselwörter: MinION | Alternatives Spleißen | APA | lncRNA | Differenziell ausgedrückte Transkripte
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2. Unidirektionale Bewegung kleiner RNAs von Trieben zu Wurzeln in interspezifischen Heterotransplantaten
Zeitschrift: Naturpflanzen
Veröffentlicht: Januar 2021
Schlüsselwörter: Nanopore | Illumina | mobiler mRNA-Nachweis in voller Länge
3. Die vollständige Transkriptomanalyse von Spargelwurzeln enthüllt den molekularen Mechanismus der durch arbuskuläre Mykorrhizapilze induzierten Salztoleranz
Zeitschrift: Umwelt- und experimentelle Botanik
Veröffentlicht: Januar 2021
Schlüsselwörter: MinION | Differentiell ausgedrückte Transkripte | Transkriptionsfaktoren | Alternatives Spleißen
4. Physiologische charakteristische Veränderungen und vollständiges Transkriptom von Wurzeln und Blättern der Rose (Rosa chinensis) als Reaktion auf Trockenstress
Zeitschrift: Pflanzen- und Zellphysiologie
Veröffentlicht: Okt. 2020
Schlüsselwörter: PromethION | Differentiell ausgedrückte Transkripte | Funktionelle Vorhersage | Gespleißte Isoformen | TF und lncRNA
5. Analyse und umfassender Vergleich von PacBio und nanoporenbasierter RNA-Sequenzierung des Arabidopsis-Transkriptoms
Zeitschrift: Pflanzenmethode
Veröffentlicht: April 2020
Schlüsselwörter: GridION | PromethION | PacBio-Fortsetzung | Illumina NovaSeq | Genomausrichtung | Transkriptidentifizierung | Alternatives Spleißen | SSR | LncRNA | Isoformenquantifizierung
Neuigkeiten und Highlights Ziel ist es, die neuesten erfolgreichen Fälle mit Biomarker-Technologien zu teilen und neue wissenschaftliche Errungenschaften sowie herausragende Techniken, die während der Studie angewendet wurden, zu erfassen.
Zeitpunkt der Veröffentlichung: 08.01.2022