Nanopore-Transkriptom in voller Länge

Die Nanopore-Transkriptomsequenzierung ist eine leistungsstarke Methode zur Sequenzierung von CDNAs in voller Länge, wodurch Transkriptisoformen genau identifiziert und quantifiziert werden. Die BMKCloud-Nanopore-Transkriptom-Pipeline in voller Länge wurde entwickelt, um RNA-Seq-Daten zu analysieren, die auf der Nanopore-Plattform gegen ein hochwertiges, gut annotiertes Referenzgenom generiert werden und die qualitative und quantitative Analyse sowohl auf Gen- als auch auf Transkriptionsebene liefert. Nach der Qualitätskontrolle werden nichtchimere (FLNC) -Sequenzen in voller Länge erhalten und Konsensussequenzen werden auf das Referenzgenom abgebildet, um redundante Transkripte zu entfernen. Aus diesem Transkriptsatz wird die Expression quantifiziert und differentiell exprimierte Gene und Transkripte werden identifiziert und funktional annotiert. Die Pipeline umfasst auch alternative Polyadenylierungsanalyse (APA), alternative Spleißanalyse, einfache Sequenz -Wiederholungsanalyse (SSR), Vorhersage von LNCRNA und entsprechende Ziele, Vorhersage von Codierungssequenzen (CDs), Genfamilienanalyse, Transkriptionsfaktoranalyse, Vorhersage neuer Gene und funktionale Annotation von Transkripten.