mRNA-seq (NGS) – De novo

Die mRNA-Sequenzierung ermöglicht die Profilierung aller mRNA-Transkripte in Zellen unter bestimmten Bedingungen und ist eine weit verbreitete Technologie in verschiedenen Forschungsbereichen. Die De-novo-mRNA-seq-Pipeline von BMKCloud ist für die Analyse von Poly-A-angereicherten Sequenzierungsbibliotheken konzipiert, wenn kein Referenzgenom verfügbar ist. Die Pipeline beginnt mit der Qualitätskontrolle, gefolgt vonde novoTranskriptassemblierung und Unigene-Set-Auswahl. Die Unigene-Strukturanalyse sagt kodierende Sequenzen (CDS) und einfache Sequenzwiederholungen (SSR) voraus. Anschließend findet die differenzielle Expressionsanalyse differenziell exprimierte Gene (DEGs) unter den getesteten Bedingungen, gefolgt von einer funktionellen Annotation und Anreicherung der DEGs, um biologische Erkenntnisse zu gewinnen.