Eukaryotische mRNA-Analyse (Referenzbasierte und De-novo-Optionen verfügbar)
Diese Pipeline verwendet NGS-RNA-Seq-Daten als Eingabe und liefert Ergebnisse aus mehreren nachgelagerten Analysen, einschließlich, aber nicht beschränkt auf: Bewertung der Sequenzierungsdatenqualität,de novoAnnotation der Transkriptionsstelle, variable Spleißanalyse, Analyse der differentiellen Expression, Funktionsannotation und Anreicherungsanalyse.
Lange nichtkodierende RNA-Analyse
Lange nichtkodierende RNAs (lncRNA) sind nichtkodierende Transkripte mit einer Länge von mehr als 200 nt und spielen bekanntermaßen eine Rolle bei der Organisation und Regulierung des Chromatins. Hochdurchsatz-Sequenzierungstechnologien und Bioinformatik haben unser Verständnis von lncRNA-Sequenzen und Positionierungsinformationen verbessert, um lncRNAs mit entscheidenden regulatorischen Funktionen zu identifizieren. Diese Pipeline bietet zusätzlich zu den in der Eukaryoten-mRNA-Analyse-Pipeline erwähnten Analysen auch eine lncRNA-Analyse.
16S/18S/ITS-Amplikonsequenzierung
Die Amplicon Sequencing-Pipeline zur Analyse der mikrobiellen Diversität wurde auf der Grundlage jahrelanger Erfahrung in der Projektanalyse der mikrobiellen Diversität entwickelt. Die Pipeline umfasst standardisierte Basisanalysen, die die Mainstream-Analyseinhalte der aktuellen mikrobiellen Forschung und personalisierte Analysen abdecken. Der Analysebericht ist umfangreich und umfassend und bietet die Möglichkeit, vielfältige persönliche Analysen durchzuführen. Darüber hinaus können Proben und Gruppen im Handumdrehen geändert werden, um zusätzliche Anpassungen und Kontrolle zu ermöglichen.
Shotgun-Metagenomik-Analyse
Die Shotgun Metagenomic Analysis-Pipeline verwendet NGS-Daten aus gemischten genomischen Materialien, die aus Umweltproben extrahiert wurden. Die enthaltenen Analysen liefern detaillierte Informationen zur Artenvielfalt und -häufigkeit, zur Populationsstruktur, zur phylogenetischen Beziehung, zu funktionellen Genen und zu Korrelationsnetzwerken mit Umweltfaktoren.
NGS-WGS-Variantenanalyse
Die NGS-WGS-Variantenanalyse ist eine integrierte Pipeline zur Variantenerkennung, die Datenqualitätskontrolle, Sequenzausrichtung, Annotation und Genmutationsanalyse durchführt. Die Pipeline folgt den Best Practices von GATK für die SNP- und InDel-Erkennung und verwendet Manta für den Aufruf struktureller Varianten.
Genomweite Assoziationsstudie (GWAS)
Die GWAS-Pipeline ist eine nachgelagerte Analyse, die zuvor generierte VCF-Dateien und entsprechende Phänotypdaten für eine Kohorte von Personen als Eingabe verwendet. Mithilfe spezifischer statistischer Methoden zielt GWAS darauf ab, genomweite Nukleotidvariationen aufzudecken, die mit phänotypischen Unterschieden korrelieren. Es spielt eine entscheidende Rolle bei der Erforschung funktioneller Gene, die mit komplexen menschlichen Krankheiten und komplexen Merkmalen bei Pflanzen und Tieren verbunden sind.
Massensegregationsanalyse (BSA)
Bei der BSA-Analyse werden Individuen mit extremen phänotypischen Merkmalen aus einer segregierenden Population zusammengefasst. Durch den Vergleich unterschiedlicher Loci zwischen den gepoolten Proben identifiziert dieser Ansatz schnell eng verbundene molekulare Marker, die mit Zielgenen assoziiert sind. Es wird häufig bei der genetischen Kartierung von Pflanzen und Tieren eingesetzt und ist ein wertvolles Werkzeug für die markergestützte Züchtung.
Analyse der evolutionären Genetik
Der Arbeitsablauf zur evolutionären Genetikanalyse nutzt die umfangreiche Erfahrung von BMKGENE in Projekten zur genetischen Evolution und umfasst die Konstruktion phylogenetischer Bäume, die Analyse des Verknüpfungsungleichgewichts, die Bewertung der genetischen Diversität, die Identifizierung selektiver Sweeps, die Verwandtschaftsanalyse, die Hauptkomponentenanalyse und die Charakterisierung der Populationsstruktur.
