DNA/RNA -Sequenzierung -PACBIO -Sequenzer
Merkmale
Zwei Sequenzierungsmodi auf Pacbio Sequenzer: Continuous Long Read (CLR) und Circular Consensus Read (CCS)
| Sequenzierungsmodus | Bibliotheksgröße | Theoretische DatenAusbeute (pro Zelle) | EinzelbasisGenauigkeit | Anwendungen |
| CLR | 20 KB, 30 KB usw. | 80 GB bis 130 GB | Ca. 85% | De novo, SV Calling usw. |
| CCS | 15-20 kb | 14 bis 40 GB/Zelle (Fortsetzung II) 70 bis 110 GB/Zelle (Reviode) Hängt von den Proben ab | Ca. 99% | De novo, SNP/Indel/SV Calling, ISO-seq, |
Vergleich der Leistung und Merkmale von Revio und Fortsetzung II
| Bedingungen | Fortsetzung II -System | Reviosystem | Zunahme |
| Höhere Dichte | 8 Millionen Zmws | 25 Millionen Zmws | 3x |
| Unabhängige Stufen | 1 | 4 | 4x |
| Kürzere Laufzeiten | 30 Stunden | 24 Stunden | 1,25x |
| 30x HiFi Human Genome / Jahr | 88 | 1.300 | 15x insgesamt |
Servicevorteile
● Über 8 Jahre Erfahrung auf der Pacbio -Sequenzierungsplattform mit Tausenden von geschlossenen Projekten mit verschiedenen Arten.
● Voll ausgestattet mit den neuesten Pacbio -Sequenzierungsplattformen, Revio, um einen ausreichenden Sequenzierungsdurchsatz zu gewährleisten.
● Schnellere Turn-Around-Zeit, höhere Datenertrag und genauere Daten.
● Zu Hunderten von Pacbio-basierten Veröffentlichungen mit hohem Ausdruck.
Stichprobenanforderungen
| Probentyp | Menge | Konzentration （Qubit®）） | Volumen | Reinheit | Andere |
| Genomische DNA | Abhängig von den Datenanforderungen | ≥ 50 ng/μl | ≥ 15 μl | OD260/280 = 1,7-2,2; OD260/230 = 1,8-2,5 ； Klarer Peak bei 260 nm ，Keine Verunreinigungen | Die Konzentration muss mit Qubit und Qubit/Nanopore = 0,8-2,5 gemessen werden |
| Gesamt -RNA | ≥ 1,2 μg | ≥120 ng/μl | ≥ 15 μl | OD260/280 = 1,7-2,5; OD260/230 = 0,5-2,5 ；Keine Verunreinigungen | RIN -Wert ≥ 7,5 5 ≥ 28S/18S ≥ 1 |
Service Workflow
Probenvorbereitung
Bibliothekskonstruktion
Sequenzierung
Datenanalyse
Projektlieferung
1. Datenertrag
Daten erzeugt aus 63 CCS -Zellen (aus 26 Spezies)
| DATEN-Pacbio-CCS-15 KB | Durchschnitt | Max | Min | Mittlere |
| Ausbeute - Unterreden (GB) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - ccs (gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polymerase N50 | 145.651 | 175.430 | 118,118 | 144.689 |
| Unterlesen N50 | 17.509 | 23.924 | 12.485 | 17.584 |
| CCS N50 | 14.490 | 19.034 | 9.876 | 14.747 |
| Durchschnittliche Länge-Polymerase | 67.995 | 89.379 | 49.664 | 66.433 |
| Durchschnittliche Länge-Subriefs | 15.866 | 21.036 | 11.657 | 16.012 |
| Durchschnittliche Länge-CCS | 14.489 | 19.074 | 8.575 | 14.655 |
Daten erzeugt aus 16 CLR -Zellen (aus 76 Spezies)
| Data-Pacbio-CLR-30KB | Durchschnitt | Max | Min | Mittlere |
| Ausbeute - Unterreden (GB) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Polymerase N50 | 39.456 | 121.191 | 15.389 | 35,231 |
| Unterlesen N50 | 28.490 | 41.012 | 14.430 | 29.063 |
| Durchschnittliche Länge-Polymerase | 22.063 | 48.886 | 8,747 | 21.555 |
| Durchschnittliche Länge-Subriefs | 17.720 | 27.225 | 8,293 | 17.779 |
2.Data QC - DemoStatistiken zur Datenertrag
| Probe | CCS liest num | Gesamt -CCS -Basen (BP) | CCS liest N50 (BP) | CCS mittlere Länge (BP) | CCS am längsten gelesen (BP) | Unterlesen von Basen (BP) | CCS -Rate (%) |
| Pb_bmkxxx | 3.444.159 | 54.164.122.586 | 15.728 | 15.726 | 36,110 | 863.326.330.465 | 6.27 |
