MRNA -Sequenzierung in voller Länge -pacbio in voller Länge
Merkmale
● cDNA-Synthese aus Poly-A-mRNA, gefolgt von der Vorbereitung der Bibliothek
● Sequenzierung im CCS -Modus und Generierung von HiFi -Lese
● Sequenzierung der Transkripte in voller Länge
● Die Analyse erfordert kein Referenzgenom. Es kann jedoch verwendet werden
● Die bioinformatische Analyse ermöglicht die Analyse von Transkripten-Isoform-LNCRNA, Genfusionen, Polyadenylierung und Genstruktur
Servicevorteile
●Hohe Genauigkeit: HiFi liest mit Genauigkeit> 99,9% (Q30), vergleichbar mit NGS
● Alternative Spleißanalyse: Die Sequenzierung der gesamten Transkripte ermöglicht die Identifizierung und Charakterisierung der Isoformen und Charakterisierung
●Umfangreiches Fachwissen: Mit einer Erfolgsgeschichte, in der über 1100 Pacbio-Transkriptomprojekte in voller Länge abgeschlossen und über 2300 Proben verarbeitet werden, bringt unser Team jedes Projekt eine Fülle von Erfahrung mit sich.
●Unterstützung nach dem Verkauf: Unser Engagement geht über den Abschluss des Projekts mit einem 3-monatigen Nachverkaufsdauer hinaus. Während dieser Zeit bieten wir Projekt-Follow-up, Fehlerbehebung und Q & A-Sitzungen an, um alle Abfragen im Zusammenhang mit den Ergebnissen zu beheben.
Probenanforderungen und Lieferung
| Bibliothek | Sequenzierungsstrategie | Daten empfohlen | Qualitätskontrolle |
| Polya angereicherte mRNA CCS -Bibliothek | Pacbio Fortsetzung II Pacbio Revio | 20/40 GB 5/10 m ccs | Q30 ≥ 85% |
Beispielanforderungen:
Nukleotide:
● Pflanzen:
Wurzel, Stamm oder Blütenblatt: 450 mg
Blatt oder Samen: 300 mg
Frucht: 1,2 g
● Tier:
Herz oder Darm: 300 mg
Eingeweide oder Gehirn: 240 mg
Muskel: 450 mg
Knochen, Haare oder Haut: 1g
● Arthropoden:
Insekten: 6g
Crustacea: 300 mg
● Vollblut: 1 Röhre
● Zellen: 106 Zellen
| Conc. (Ng/μl) | Menge (μg) | Reinheit | Integrität |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Begrenzte oder keine Protein- oder DNA -Kontamination auf Gel. | Für Pflanzen: Rin ≥ 7,5; Für Tiere: Rin ≥ 8,0; 5,0 ≥ 28s/18s ≥ 1,0; begrenzte oder keine Grundlinienerhebung |
Empfohlene Probenzustellung
Container: 2 ml Zentrifugenrohr (Zinnfolie wird nicht empfohlen)
Beispielkennzeichnung: Gruppe+Replikat zB A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lieferung:
1. Trockeneis: Proben müssen in Beutel gepackt und in Trockeneis begraben werden.
2. RNAsable -Röhrchen: RNA -Proben können in RNA -Stabilisierungsrohr (z. B. RNAsable®) getrocknet und in Raumtemperatur versendet werden.
Service Work Flow
Experimententwurf
Probenabgabe
RNA -Extraktion
Bibliothekskonstruktion
Sequenzierung
Datenanalyse
Nachverkaufsdienste
Enthält die folgende Analyse:
● Rohdatenqualitätskontrolle
● Alternative Polyadenylierungsanalyse (APA)
● Fusions -Transkriptanalyse
● Alternative Spleißanalyse
● Benchmarking Universal Single-Copy-Orthologe (Busco) Analyse
● Neue Transkriptanalyse: Vorhersage von Codierungssequenzen (CDs) und funktionaler Annotation
● LNCRNA -Analyse: Vorhersage von lncRNA und Zielen
● Mikrosatelitenidentifikation (SSR)
Busco -Analyse
Alternative Spleißanalyse
Alternative Polyadenylierungsanalyse (APA)
Funktionale Annotation neuer Transkripte
Untersuchen Sie die Fortschritte, die in dieser vorgestellten Veröffentlichung durch BMKgene-Nanopore-mRNA-Sequenzierungsdienste in voller Länge erleichtert wurden.
Ma, Y. et al. (2023) "Vergleichende Analyse von Pacbio- und ONT -RNA -Sequenzierungsmethoden für Nemopilema nomurai -Giftidentifikation", Genomics, 115 (6), p. 110709. doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) "Die Entwicklungsdynamik des Populus STEM Transcriptom", Plant Biotechnology Journal, 17 (1), S. 206–219. doi: 10.1111/pbi.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dynamische Veränderungen des Ascorbinsäuregehalts während der Entwicklung und Reifung von Actinidia latifolia (eine ascorbatreiche Fruchternte) und die damit verbundenen Molekülmechanismen ", International Journal of Molecular Sciences, 23 (10), p. 5808. doi: 10.3390/ijms23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) „Wirksame Vorhersage von Biosyntheseweggenen, die an bioaktiven Polyphyllins in Paris Polyphylla beteiligt sind“, Kommunikationsbiologie 2022 5: 1, 5 (1), S. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Kombinierte Pacbio-ISO-Seq- und Illumina-RNA-Seq-Analyse der Tuta Absoluta (Meyrick) Transkriptom und Cytochrom p450-Gene', Insekten, 14 (4), p. 363. doi: 10.3390/Insects14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Eine Übersicht über die Transkriptom-Komplexität unter Verwendung von Pacbio-Echtzeitanalyse in einer Molekül in Kombination mit Illumina-RNA-Sequenzierung, um ein besseres Verständnis der Ricinolsäure-Biosynthese in Ricinus communis, BMC Genomics, 20 (1), S. 1–17. doi: 10.1186/s12864-019-5832-9.
