De -novo -Bakteriengenomanordnung
Wir bieten einen vollständigen Bakteriengenom -Assemblierungsdienst an, der 0 Lücken garantiert. Dies ist möglich durch die Integration von lang gelesenen Sequenzierungstechnologien wie Nanopore und Pacbio für die Montage- und Kurzread-Sequenzierung mit Illumina für die Assembly-Validierung und Fehlerkorrektur von ONT-Lesevorgängen. Unser Service bietet den vollständigen bioinformatischen Workflow aus der Versammlung, der funktionalen Annotation und der fortschrittlichen bioinformatischen Analyse, um spezifische Forschungsziele zu erfüllen. Dieser Dienst ermöglicht die Entwicklung präziser Referenzgenome für verschiedene genetische und genomische Studien. Darüber hinaus bildet es die Grundlage für Anwendungen wie Dehnungsoptimierung, Gentechnik und Entwicklung der mikrobiellen Technologie, um zuverlässige und gap-freie genomische Daten für die Weiterentwicklung wissenschaftlicher Erkenntnisse und biotechnologische Innovationen zu gewährleisten.
Servicefunktionen
● Mit zwei möglichen Optionen zur Auswahl abhängig von dem gewünschten Grad der Genom -Vollständigkeit.
● Entwurf der Genomoption: Kurzread-Sequenzierung mit Illumina Novaseq PE150.
● Vervollständigen Sie 0 Gap -Genom.
● Lonad-Sequenzierung auf Nanopore-Promethion 48 oder Pacbio Revio für die Genomanordnung.
● Kurzreadsequenzierung auf Illumina Novaseq für die Genomvalidierung und Fehlerkorrektur (Nanopore) oder um ein Entwurfsgenom zu generieren.
Servicevorteile
●Genom mit Null-Lücke garantiert: Dies ist auf die Integration der Illumina -Sequenzierung mit langer Lesesequenzierung (Nanopore oder Pacbio) zurückzuführen.
●Komplette Bioinformatik -Workflow:Dies umfasst die Genomanordnung und die Vorhersage mehrerer genomischer Elemente, der Annotation des funktionellen Gens und Genomvisualisierungen wie Circos -Diagramm.
●Umfangreiches Fachwissen: Mit über 20.000 mikrobiellen Genomen bringt BMKgene über ein Jahrzehnt Erfahrung, ein hochqualifiziertes Analyseteam, umfassende Inhalte und exzellente Unterstützung nach dem Verkauf.
●Unterstützung nach dem Verkauf:Unser Engagement geht über den Abschluss des Projekts hinaus mit einer 3-monatigen Nachverkaufsdauer hinaus. Während dieser Zeit bieten wir Projekt-Follow-up, Fehlerbehebung und Q & A-Sitzungen an, um alle Abfragen im Zusammenhang mit den Ergebnissen zu beheben.
●Mehrere Sequenzierungsstrategien verfügbar:Für verschiedene Forschungsziele und Anforderungen der Genomfotos.
Servicespezifikationen
| Service | Sequenzierungsstrategie |
| Entwurfsgenom | Illumina PE150 100x |
| 0 GAP -Genom | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio hifi 30x + illumina pe150 100x (optional) |
Beispielanforderungen:
| Konzentration (ng/µl) | Gesamtmenge (µg) | Volumen (ul) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥ 1,2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥ 1,0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakterien: ≥3,5 x 1010 Zellen
Service Work Flow
Probenabgabe
Bibliothekskonstruktion
Sequenzierung
Datenanalyse
Nachverkaufsdienste
Enthält die folgende Analyse:
● Sequenzierungsdatenqualitätskontrolle
● Genomanordnung
● Analyse der Genomkomponenten: Vorhersage von CDs und mehreren genomischen Elementen
● Funktionale Annotation mit mehreren allgemeinen Datenbanken (Go, Kegg usw.) und erweiterten Datenbanken (Karte, VFDB usw.)
● Genomvisualisierung
Wir stellen das Genom in einem leicht zugänglichen FASTA -Format und der Genom Annotationsdatei (GFF) zur Verfügung.
Genannotation - gehen Sie
Genannotation - Cazy -Kohlenhydrate
Genomvisualisierung - Circos -Diagramm
Erforschen Sie die Fortschritte, die durch die bakteriellen Genom -Assemblierungsdienste von BMKgene durch eine kuratierte Sammlung von Veröffentlichungen erleichtert werden.
Dai, W. et al. (2023) 'Entdeckung von Bacteroides Uniformis F18-22 als sicheres und neuartiges probiotisches Bakterium zur Behandlung von Colitis ulcerosa aus dem gesunden menschlichen Dickdarm',Internationales Journal of Molecular Sciences, 24 (19), p. 14669. Doi: 10.3390/ijms241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) 'Multire-resistente Proteus-Mirabilis-Isolate, die Blaoxa-1 und Blandm-1 aus Wildtieren in China tragen: Erhöhung des Risikos der öffentlichen Gesundheit',Integrative Zoologie, 16 (6), S. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'Komplette Genomsequenz von Endophyten Bacillus flexus kLBMP 4941 zeigt seinen Mechanismus und die genetische Grundlage für die Salztoleranz ", enthüllt den Pflanzenwachstumskontrollerförderungsmechanismus."Journal of Biotechnology260, S. 38–41. doi: 10.1016/j.jbiotec.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'Multiple-Replicon-Resistenzplasmide von Klebsiella vermitteln eine umfassende Verbreitung von antimikrobiellen Genen', 'Grenzen in der Mikrobiologie, 12, p. 754931. Doi: 10.3389/fmicb.2021.754931/bibtex.
