Amplikonsequenzierung (16S/18s/ITS)

Amplicon (16S/18S/ITS) mit Illumina ist eine Methode zur Analyse der mikrobiellen Vielfalt, indem mikrobielle Profile gemäß ihren Sequenzen identifiziert und dann versucht werden, den Reichtum und die Vielfalt der Gemeinschaft in jeder Stichprobe und zwischen den Proben zu entschlüsseln. Die BMKCloud Amplicon (NGS) -Pipeline ermöglicht die Analyse von 16S-, 18S-, ITS- und Multiple funktionellen Genen. Es beginnt mit Leseverkleidung, Paired-End-Leserbaugruppe und Qualitätsbewertung, gefolgt von der Clusterbildung ähnlicher Lesevorgänge, um operative taxonomische Einheiten (OTUs) zu generieren, die in sechs verschiedenen Analyseabschnitten verwendet werden. Die taxonomische Annotation liefert Informationen über die relative Häufigkeit und Zusammensetzung jeder Stichprobe, während sich Alpha- und Beta -Diversity -Analysen auf mikrobielle Vielfalt innerhalb bzw. zwischen Proben konzentrieren. Die Differentialanalyse zwischen den Gruppen stellt fest, dass OTUs, die sich sowohl unter Verwendung parametrischer als auch nicht parametrischer Tests unterscheiden, während die Korrelationsanalyse diese Unterschiede zu Umweltfaktoren bezieht. Schließlich wird die Funktionsgenhäufigkeit auf der Grundlage der Marker -Genhäufigkeit vorhergesagt, die einen Einblick in die Funktion und Ökologie in jeder Stichprobe liefert.