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16S/18S/ITS-Amplikonsequenzierung-PacBio

Die 16S- und 18S-rRNA-Gene dienen zusammen mit der ITS-Region (Internal Transcribed Spacer) aufgrund ihrer Kombination aus hochkonservierten und hypervariablen Regionen als zentrale molekulare Fingerabdruckmarker, was sie zu unschätzbaren Werkzeugen zur Charakterisierung prokaryotischer und eukaryotischer Organismen macht. Die Amplifikation und Sequenzierung dieser Regionen bietet einen isolierten Ansatz zur Untersuchung der mikrobiellen Zusammensetzung und Diversität in verschiedenen Ökosystemen. Während die Illumina-Sequenzierung typischerweise auf kurze hypervariable Regionen wie V3-V4 von 16S und ITS1 abzielt, wurde gezeigt, dass durch die Sequenzierung der gesamten Länge von 16S, 18S und ITS eine überlegene taxonomische Annotation erreichbar ist. Dieser umfassende Ansatz führt zu höheren Prozentsätzen genau klassifizierter Sequenzen und erreicht ein Auflösungsniveau, das bis zur Artenidentifizierung reicht. Die Single-Molecule Real-Time (SMRT)-Sequenzierungsplattform von PacBio zeichnet sich durch hochpräzise Long Reads (HiFi) aus, die die Amplifikate in voller Länge abdecken und mit der Präzision der Illumina-Sequenzierung mithalten können. Diese Fähigkeit ermöglicht Forschern einen unübertroffenen Vorteil – einen Panoramablick auf die genetische Landschaft. Die erweiterte Abdeckung erhöht die Auflösung bei der Annotation von Arten erheblich, insbesondere innerhalb von Bakterien- oder Pilzgemeinschaften, und ermöglicht so ein tieferes Verständnis der Feinheiten mikrobieller Populationen.

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Servicedetails

Bioinformatik

Demo-Ergebnisse

Ausgewählte Veröffentlichungen

Servicefunktionen

● Sequenzierungsplattform: PacBio Revio

● Sequenzierungsmodus: CCS (HiFi liest)

● Amplifikation der Zielregion, gefolgt von einer Tandemverknüpfung der Amplifikate vor der Vorbereitung der HiFi-SMRT-Glockenbibliothek

Servicevorteile

●Höhere taxonomische Auflösung: THan Short-Amplicon-Sequenzierung,Dies ermöglicht höhere OTU-Klassifizierungsraten auf Artenebene.

●Hochpräzises Base-Calling: Sequenzierung im PacBio CCS-Modus (HiFi-Lesevorgänge).

●Isolationsfrei: Schnelle Identifizierung der mikrobiellen Zusammensetzung in Umweltproben.

●Weit verbreitet: Diverse mikrobielle Gemeinschaftsstudien.

●Umfassende bioinformatische Analyse: Das neueste QIIME2-Paket (quantitative Einblicke in die mikrobielle Ökologie) mit vielfältigen Analysen in Bezug auf Datenbank, Annotation, OTU/ASV.

●Umfangreiches Fachwissen: Mit Tausenden von jährlich durchgeführten Amplikon-Sequenzierungsprojekten bringt BMKGENE über ein Jahrzehnt Erfahrung, ein hochqualifiziertes Analyseteam, umfassende Inhalte und exzellenten Post-Sales-Support mit.

Leistungsbeschreibung

Bibliothek	Sequenzierungsstrategie	Daten empfohlen
Amplikon	PacBio Revio	10/30/50 K-Tags (CCS)

Beispielanforderungen

Konzentration (ng/µL)	Gesamtmenge (µg)	Volumen (µL)
≥5	≥0,3	≥20

Empfohlene Musterlieferung

Frieren Sie die Proben 3-4 Stunden lang in flüssigem Stickstoff ein und lagern Sie sie zur Langzeitkonservierung in flüssigem Stickstoff oder bei -80 Grad. Der Probenversand mit Trockeneis ist erforderlich.

Service-Workflow

Musterlieferung

Bibliotheksbau

Sequenzierung

Datenanalyse

Kundendienst

Vorherige: 16S/18S/ITS-Amplikon-Sequenzierung-NGS

Nächste: Assay für Transposase-zugängliches Chromatin mit Hochdurchsatzsequenzierung (ATAC-seq)

Beinhaltet die folgende Analyse:

●Qualitätskontrolle der Rohdaten

●OTU-Clustering/De-Noise (ASV)

●OTU-Anmerkung

●Alpha-Diversitätsanalyse: mehrere Indizes, einschließlich Shannon, Simpson und ACE.

●Beta-Diversity-Analyse

●Gruppenübergreifende Analyse

●Korrelationsanalyse: zwischen Umweltfaktoren und OUT-Zusammensetzung und -Vielfalt

●Vorhersage funktioneller 16S-Gene

Histogramm der taxonomischen Verteilung

Stammbaum der Gemeinschaftsverbreitung

Alpha-Diversitätsanalyse: ACE

Index

Beta-Diversitätsanalyse: PCoA

Intergruppenanalyse: ANOVA

Entdecken Sie die Fortschritte, die durch die Amplikon-Sequenzierungsdienste von BMKGene mit PacBio ermöglicht werden, anhand einer kuratierten Sammlung von Veröffentlichungen.

Gao, 1), S. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

Li, S. et al. (2023) „Erfassung der mikrobiellen dunklen Materie in Wüstenböden mithilfe kulturomischer Metagenomik und hochauflösender Analyse“, npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), S. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) „Auswirkungen von Fettsäuresalzen auf Fermentationseigenschaften, Bakterienvielfalt und aerobe Stabilität von Mischsilage aus Luzerne, Reisstroh und Weizenkleie“, Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), S. 1475– 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et al. (2023) „Die Wechselwirkung zwischen Biomarkern für oxidativen Stress und Darmmikrobiota bei der antioxidativen Wirkung von Extrakten aus Sonchus brachyotus DC.“ in Oxazolone-Induced Intestinal Oxidative Stress in Adult Zebrafish“, Antioxidants 2023, Bd. 12, Seite 192, 12(1), S. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.