Hele transkriptom -sekventering - Illumina
Funktioner
● Dobbeltbibliotek til sekvens Det komplette transkriptom: rRNA -udtømning efterfulgt af PE150 -biblioteksforberedelse og valg af størrelse efterfulgt af SE50 -biblioteksforberedelse
● Komplet bioinformatikanalyse af mRNA, lncRNA, circRNA og miRNA i separate bioinformatikrapporter
● Fælles analyse af al RNA -ekspression i en kombineret rapport, herunder Cerna Networks -analyse.
Servicefordele
●Dybdegående analyse af regulatoriske netværk: CERNA -netværksanalyse er aktiveret ved den fælles sekventering af mRNA, lncRNA, circRNA og miRNA og af en udtømmende bioinformatisk arbejdsgang.
●Omfattende annotation: Vi bruger flere databaser til funktionelt at kommentere de differentielt udtrykte gener (DEG'er) og udføre den tilsvarende berigelsesanalyse, hvilket giver indsigt i de cellulære og molekylære processer, der ligger til grund for transkriptomresponsen.
●Omfattende ekspertise: Med en track record med succesfuld lukning over 2100 hele transkriptomprojekter inden for forskellige forskningsdomæne, bringer vores team et væld af erfaringer til hvert projekt.
●Streng kvalitetskontrol: Vi implementerer kernekontrolpunkter på tværs af alle faser, fra prøve- og biblioteksforberedelse til sekventering og bioinformatik. Denne omhyggelige overvågning sikrer levering af konsekvent resultater af høj kvalitet.
●Support efter salg: Vores engagement strækker sig ud over projektets afslutning med en 3-måneders serviceperiode efter salg. I løbet
Eksempelkrav og levering
| Bibliotek | Sekventeringsstrategi | Anbefalet data | Kvalitetskontrol |
| rRNA udtømt | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
| Valgt størrelse | Illumina SE50 | 10-20m læser |
Eksempelkrav:
Nukleotider:
| Conc. (NG/μL) | Beløb (μg) | Renhed | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Begrænset eller intet protein- eller DNA -kontaminering vist på gel. | Rin≥6,0 5,0≥28s/18S≥1,0; Begrænset eller ingen baselinehøjde |
Anbefalet prøveudlevering
Container: 2 ml centrifuge -rør (tinfolie anbefales ikke)
Prøvemærkning: Gruppe+replikat EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Tøris: Prøver skal pakkes i poser og begraves i tøris.
2. Rnastable rør: RNA -prøver kan tørres i RNA -stabiliseringsrør (f.eks. Rnastable®) og sendes ved stuetemperatur.
Service Work Flow
Eksperimentdesign
Eksempel på levering
RNA -ekstraktion
Bibliotekskonstruktion
Sekventering
Dataanalyse
Eftersalg tjenester
Bioinformatik
RNA -ekspressionsoversigt
Differentielt udtrykte gener
Cerna -analyse
Differentielt udtrykte miRNA'er og relaterede RNA'er
Udforsk forskningsfremskridt lettet af BMKGENE 'hele transkriptom -sekventeringstjenester gennem en kurateret samling af publikationer.
Dai, Y. et al. (2022) 'Omfattende ekspressionsprofiler af mRNA'er, LNCRNA'er og miRNA'er i Kashin-Beck-sygdom identificeret ved RNA-sekventering', Molecular Omics, 18 (2), s. 154–166. doi: 10.1039/d1mo00370d.
Liu, N. Nan et al. ) doi: 10.1016/j.gen.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) 'Multi-Omics-integrationsbaseret prioritering af konkurrerende endogene RNA-reguleringsnetværk i småcellet lungekræft: molekylære egenskaber og lægemiddelkandidater', Frontiers in Oncology, 12, p. 904865. Doi: 10.3389/fonc.2022.904865/bibtex.
Xu, P. et al. ) doi: 10.1186/s12864-022-08470-3/figurer/7.
Yan, Z. et al. (2022) 'Hel-transcriptome RNA-sekventering fremhæver de molekylære mekanismer, der er forbundet med vedligeholdelse af postharvestkvalitet i broccoli ved rød LED-bestråling', postharvest-biologi og teknologi, 188, s. 111878. Doi: 10.1016/j.postharvbio.2022.111878.
