Helgenom-bisulfit-sekventering (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) står som guldstandardmetoden til dybdegående udforskning af DNA-methylering, specifikt den femte position i cytosin (5-mC), en pivotal regulator af genekspression og cellulær aktivitet. Princippet bag WGBS involverer bisulfitbehandling, hvilket inducerer omdannelsen af umethylerede cytosiner til uracil (C til U), mens methylerede cytosiner efterlades uændrede. Denne teknik tilbyder enkeltbase opløsning, hvilket giver forskere mulighed for omfattende at undersøge methylomet og afdække unormale methyleringsmønstre forbundet med forskellige tilstande, især kræft. Ved at anvende WGBS kan forskere få uovertruffen indsigt i genom-dækkende methyleringslandskaber, hvilket giver en nuanceret forståelse af de epigenetiske mekanismer, der ligger til grund for forskellige biologiske processer og sygdomme.
Servicefunktioner
● Kræver et referencegenom.
● Lambda-DNA tilsættes for at overvåge bisulfitkonverteringseffektiviteten.
● Sekvensering på Illumina NovaSeq.
Service fordele
●Guldstandard for DNA-methyleringsforskning: Denne modne methyleringskonverteringsteknologi har høj nøjagtighed og god reproducerbarhed.
●Bred dækning og enkeltbase opløsning:påvisning af methyleringssteder på genom-dækkende niveau.
●Komplet platform:give one-stop fremragende service fra prøvebehandling, bibliotekskonstruktion, sekventering til bioinformatikanalyse.
●Omfattende ekspertise: Med WGBS-sekventeringsprojekter gennemført med succes på tværs af en bred vifte af arter, bringer BMKGENE over ti års erfaring, et højt kvalificeret analyseteam, omfattende indhold og fremragende post-salg support.
●Mulighed for at deltage med Transcriptomics Analysis: muliggør integreret analyse af WGBS med andre omics-data såsom RNA-seq.
Eksempel specifikationer
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Anbefalet dataoutput | Kvalitetskontrol |
| Bisulfit behandlet | Illumina PE150 | 30x dybde | Q30 ≥ 85 % Bisulfitkonvertering > 99 % |
Prøvekrav
| Koncentration (ng/µL) | Samlet mængde (µg) | Yderligere krav | |
| Genomisk DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Begrænset nedbrydning eller forurening |
Service Work Flow
Prøve levering
DNA-ekstraktion
Biblioteksbyggeri
Sekvensering
Dataanalyse
Data levering
Indeholder følgende analyse:
● Rå sekventering kvalitetskontrol;
● Kortlægning til referencegenom;
● Påvisning af 5mC methylerede baser;
● Analyse af methyleringsfordeling og annotering;
● Analyse af differentielt methylerede regioner (DMR'er);
● Funktionel annotering af gener forbundet med DMR'er.
5mC methyleringsdetektion: typer af methylerede steder
Methyleringskort. 5mC methyleringsgenom-dækkende fordeling
Annotering af stærkt methylerede områder
Differentielt methylerede regioner: associerede gener
Differentielt methylerede regioner: annotering af associerede gener (Gene Ontology)
Udforsk forskningsfremskridtene lettet af BMKGenes hele genom-bisulfit-sekventeringstjenester gennem en kurateret samling af publikationer.
Fan, Y. et al. (2020) 'Analyse af DNA-methyleringsprofiler under udvikling af fåres skeletmuskel ved hjælp af hel-genom-bisulfit-sekventering',BMC Genomics, 21(1), s. 1-15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'Nye deoxyribonukleinsyre-methyleringsforstyrrelser hos arbejdere udsat for vinylchlorid',Toksikologi og industriel sundhed, 38(7), s. 377-388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Forhold mellem genom-methylering, niveauer af ikke-kodende RNA'er, mRNA'er og metabolitter i modning af tomatfrugt',Plantebladet, 103(3), s. 980-994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
