Specifik-locus amplificeret fragment sekventering (SLAF-seq)
Workflow
Teknisk ordning
Servicefunktioner
● Sekventering på Novaseq med PE150.
● Biblioteksforberedelse med dobbelt stregkodning, der muliggør samling af over 1000 prøver.
● Denne teknik kan bruges med eller uden et referencegenom med forskellige bioinformatiske rørledninger til hvert tilfælde:
Med referencegenom: SNP og Indel Discovery
Uden referencegenom: Prøveklynge og SNP -opdagelse
● Ii silicoForuddesignstadiet Multiple restriktionsenzymkombinationer screenes for at finde dem, der genererer en ensartet fordeling af SLAF-tags langs genomet.
● Under præ-eksperimentet testes tre enzymkombinationer i 3 prøver for at generere 9 SLAF-biblioteker, og disse oplysninger bruges til at vælge den optimale begrænsningsenzymkombination til projektet.
Servicefordele
●Høj genetisk markøropdagelse: Integrering af et dobbelt stregkodesystem med høj kapacitet muliggør samtidig sekventering af store populationer, og locus-specifik amplifikation forbedrer effektiviteten, hvilket sikrer, at tagnumre opfylder de forskellige krav i forskellige forskningsspørgsmål.
● Lav afhængighed af genomet: Det kan påføres arter med eller uden et referencegenom.
●Fleksibelt ordning: Enkelt-enzym, dobbelt-enzym, multi-enzym fordøjelse og forskellige typer enzymer kan alle vælges til at imødekomme forskellige forskningsmål eller arter. Dei silicoPre-design udføres for at sikre et optimalt enzymdesign.
● Høj effektivitet i enzymatisk fordøjelse: Ledningen af eni silicoPre-design og et præ-eksperiment sikrede optimalt design med jævn fordeling af SLAF-tags på kromosomet (1 SLAF-tag/4KB) og reduceret gentagen sekvens (<5%).
●Omfattende ekspertise: Vores team bringer et væld af erfaringer til hvert projekt med en track record med at lukke over 5000 SLAF-seq-projekter på hundreder af arter, herunder planter, pattedyr, fugle, insekter og akvatiske organismer.
● Selvudviklet bioinformatisk arbejdsgang: BMKGENE udviklede en integreret bioinformatisk arbejdsgang til SLAF-seq for at sikre pålideligheden og nøjagtigheden af den endelige output.
Servicespecifikationer
| Type analyse | Anbefalet befolkningsskala | Sekventeringsstrategi | |
| Dybde af TAG -sekventering | Tagnummer | ||
| Genetiske kort | 2 forældre og> 150 afkom | Forældre: 20x WGS Offsping: 10x | Genomstørrelse: <400 MB: WGS anbefales <1GB: 100k tags 1-2GB :: 200k tags > 2 GB: 300k tags Max 500k tags |
| Genomfattende foreningsundersøgelser (GWAS) | ≥200 prøver | 10x | |
| Genetisk udvikling | ≥30 prøver med> 10 prøver fra hver undergruppe | 10x | |
Servicekrav
Koncentration ≥ 5 ng/µl
Samlet beløb ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5
Agarosegel: Ingen eller begrænset nedbrydning eller forurening
Anbefalet prøveudlevering
Container: 2 ml centrifuge -rør
(For de fleste af prøverne anbefaler vi ikke at bevare i ethanol)
Prøvemærkning: Prøver skal være tydeligt mærket og identiske med formular til indsendt prøveoplysninger.
Forsendelse: Tøris: Prøver skal først pakkes i poser og begraves i tøris.
Service Workflow
Prøve QC
Piloteksperiment
Slaf-eksperiment
Biblioteksforberedelse
Sekventering
Dataanalyse
Eftersalg tjenester
Inkluderer følgende analyse:
- Sekventeringsdata QC
- SLAF TAG -udvikling
Kortlægning til referencen genom
Uden et referencegenom: klynger
- Analyse af SLAF -tags.: Statistik, distribution over genomet
- Markøropdagelse: SNP, Indel, SNV, CV -opkald og annotation
Distribution af SLAF -tags på kromosomer:
Distribution af SNP'er på kromosomer:
SNP -annotation
| År | Tidsskrift | IF | Titel | Applikationer |
| 2022 | Naturkommunikation | 17.694 | Genomisk grundlag af giga-kromosomer og giga-genom af træpony Paeonia ostii | Slaf-gwas |
| 2015 | Ny fytolog | 7.433 | Domestication Footprints anker genomiske regioner af agronomisk betydning i sojabønner | Slaf-gwas |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Genomfattende kunstige introgressioner af Gossypium Barbadense i G. hirsutum afslører overlegne loci for samtidig forbedring af bomuldsfiberkvalitet og udbytte træk | Slaf-evolutionær genetik |
| 2019 | Molekylær plante | 10.81 | Befolkningsgenomisk analyse og de novo -forsamlingen afslører oprindelsen af uklarhed Ris som et evolutionært spil | Slaf-evolutionær genetik |
| 2019 | Naturgenetik | 31.616 | Genomsekvens og genetisk mangfoldighed af den almindelige karper, cyprinus carpio | SLAF-LINKAGE MAP |
| 2014 | Naturgenetik | 25.455 | Genomet af kultiveret jordnødder giver indsigt i bælgplante karyotyper, polyploid Evolution og afgrødeafstand. | SLAF-LINKAGE MAP |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | Identifikation af ST1 afslører et udvalg, der involverer hitchhiking af frømorfologi og olieindhold under sojabønne domesticering | Slaf-markørudvikling |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | Identifikation og DNA-markørudvikling for en hvede-Leymus Mollis 2NS (2D) Disomisk kromosomsubstitution | Slaf-markørudvikling |
| År | Tidsskrift | IF | Titel | Applikationer |
| 2023 | Frontiers in Plant Science | 6.735 | QTL -kortlægning og transkriptomanalyse af sukkerindhold under frugter modning af pyrus pyrifolia | Genetisk kort |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 8.154 | Identifikation af ST1 afslører et udvalg, der involverer hitchhiking af frømorfologi og olieindhold under sojabønne domesticering
| SNP -opkald |
| 2022 | Frontiers in Plant Science | 6.623 | Genomfattende foreningskortlægning af hulløse næppe fænotyper i tørkemiljø.
| Gwas |
