Exclusive Agency for Korea

Bmkcloud log ind

Produkter

Enkelt-kerner RNA-sekventering

Udviklingen af enkeltcelleoptagelse og brugerdefinerede bibliotekskonstruktionsteknikker kombineret med sekventering med høj kapacitet har revolutioneret genekspressionsundersøgelser på celleniveau. Dette gennembrud giver mulighed for dybere og mere omfattende analyse af komplekse cellepopulationer, hvilket overvinder begrænsningerne forbundet med gennemsnitlig genekspression over alle celler og bevarer den sande heterogenitet inden for disse populationer. Mens enkeltcelle-RNA-sekventering (SCRNA-seq) har ubestridelige fordele, støder det på udfordringer i visse væv, hvor oprettelsen af en enkeltcellesuspension viser sig at være vanskelig og kræver friske prøver. Hos BMKGENE adresserer vi denne hindring ved at tilbyde en-nukleus RNA-sekventering (SNRNA-seq) ved hjælp af den avancerede 10x genomikchromteknologi. Denne fremgangsmåde udvider spektret af prøver, der er tilgængelige for transkriptomanalyse på enkeltcelleniveau.

Isoleringen af kerner opnås gennem den innovative 10x genomik-kromchip med et otte-kanals mikrofluidik-system med dobbeltovergange. Inden for dette system er gelperler, der inkorporerer stregkoder, primere, enzymer og en enkelt kerne, indkapslet i nanoliter-størrelse oliedråber, der danner gelperle-emulsion (GEM). Efter dannelse af perle forekommer cellelysering og stregkodefrigivelse inden for hver perle. Derefter gennemgår mRNA -molekyler omvendt transkription i CDNA'er, der inkorporerer 10x stregkoder og unikke molekylære identifikatorer (UMIS). Disse CDNA'er udsættes derefter for standard sekventeringsbibliotekskonstruktion, hvilket letter en robust og omfattende udforskning af genekspressionsprofiler på enkeltcelleniveau.

Platform: 10 × Genomik Krom og Illumina Novaseq Platform

Kontakt os

Serviceoplysninger

Bioinformatik

Demo resultater

Fremhævede publikationer

Teknisk ordning

Isoleringen af kerner opnås med 10 × Genomics Chromium ™, der består af otte-kanals mikrofluidiske system med dobbeltovergange. I dette system er en gelperler med stregkoder og primer, enzymer og en enkelt kerne indkapslet i nanoliter-størrelse oliefald, hvilket genererer gelperle-emulsion (GEM). Når perle er dannet, udføres cellelysering og frigivelse af stregkoder i hver perle. mRNA omvendt transkriberes til cDNA -molekyler med 10 × stregkoder og UMI, som er yderligere underlagt standard sekventeringsbibliotekskonstruktion.

Funktioner

● Forberedelse af enkelt-nuklei-ophæng fra frosne væv

● Dannelse af gelperle-i-emulsion (GEM) efterfulgt af cDNA-syntese

● Hver perle i en perle er fyldt med primere sammensat af 4 sektioner:

Poly (DT) hale til mRNA -priming og cDNA -syntese,

Unik molekylær identifikator (UMI) for at korrigere amplifikationsbias

10x stregkode

Bindingssekvens af delvis læst 1 sekventeringsprimer

Fordele

En-nukleus RNA-sekventering omgår begrænsningerne i enkeltcelle-RNA-sekventering, hvilket muliggør:

● Brugen af frosne prøver og ikke kun begrænset til friske prøver

● Lav stress af frosne celler sammenlignet med enzymatisk behandling af friske celler, afspejlet i transkriptomdataene i form af mindre stressinducerede gener

● Intet behov for forudgående fjernelse af røde blodlegemer

● Ubegrænset cellediameter

● Stort vifte af prøver, der er berettigede til analyse, herunder komplekse og skrøbelige vævstyper, der er tilbøjelige til celleklumpning eller ødelæggelse under vævsdissociation

Prøver, der ikke kan analyseres ved enkeltcelle-RNA-sekventering og er berettigede til enkelt kerner RNA-sekventering:

Celle / væv	Årsag
Ufrosset frosset væv	Kan ikke få friske eller langvarige organisationer
Muskelcelle, megakaryocyt, fedt ...	Cellediameter er for stor til at komme ind i instrumentet
Lever…	For skrøbelig til at bryde, ikke i stand til at skelne enkeltceller
Neuroncelle, hjerne ...	Mere følsom, let at stresse, vil ændre sekventeringsresultaterne
Pancreas, skjoldbruskkirtel ...	Rig på endogene enzymer, der påvirker produktionen af enkeltcellesuspension

Single-Nucleus vs Single-Cell

Single-Nucleus	Enkeltcelle
Ubegrænset cellediameter	Cellediameter: 10-40 μm
Materialet kan fryses væv	Materialet skal være friskt væv
Lav stress af frosne celler	Enzymbehandling kan forårsage cellestressreaktion
Ingen røde blodlegemer behøver at fjernes	Røde blodlegemer skal fjernes
Nuclear udtrykker bioinformation	Hele cellen udtrykker bioinformation

Specifikationer

Prøvebehov

Bibliotek

Sekventeringsstrategi

Anbefalet data

Kvalitetskontrol

Dyrevæv ≥ 200 mg

Plantevæv ≥ 400 mg

10x Genomics SN cDNA Library

Illumina PE150

100K PE læser pr. Celle

(100-200 GB)

700-1200 Kerner/μl og kernerintegritet observeret under mikroskop

For mere information om prøveforberedelsesvejledning og servicearbejde, er du velkommen til at tale med enBmkgene -ekspert

Service Work Flow

Tidligere: Plante/dyr hele genomsekventering

Næste: Genomfattende associeringsanalyse

Inkluderer følgende analyse:

● Kvalitetskontrol: Antal celler, gendetektion, nøjagtig identifikation af celler, RNA -molekyler og ekspressionskvantificering

● Indvendig prøveanalyse:

Celleklynge og klynge -annotation

Differentialudtryksanalyse: Identifikation af DEG'er i klynger

Funktionel annotation og berigelse af klynge degs

● Intergruppeanalyse:

Kombination af data

Differentialudtryksanalyse: Identifikation af DEG'er i grupper

Funktionel annotation og berigelse af gruppe degs

● Avanceret analyse:

Cellecyklusanalyse

Pseudotime -analyse

Cellekommunikationsanalyse (CellphonedB)

GENE SET Berigelse analyse (GSEA)

Analyse af indre prøve

Celleklynge:

Differential Expression Analysis: Cluster Degs

Intergruppeanalyse

Differential Expression Analysis: Group DEGS

Avanceret analyse:

Pseudotime -analyse:

Cellecyklusanalyse:

Udforsk de fremskridt, der er lettet af BMKGENEs single-Nucleus RNA-sekventeringstjenester med 10x krom i disse indeholdte publikationer:

Wang, L. et al. (2021) 'Enkeltcelle transkriptomisk analyse afslører immunlandskabet i lunge i steroidbestandig astmaforværring',Forløb af National Academy of Sciences i Amerikas Forenede Stater, 118 (2), s. E2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118

Zheng, H. et al. (2022) 'Et globalt regulatorisk netværk for dysreguleret genekspression og unormal metabolisk signalering i immunceller i mikromiljøet af Graves' sygdom og Hashimotos thyroiditis ',Frontiers in Immunology, 13, s. 879824. Doi: 10.3389/fimmu.2022.879824/bibtex.

Tian, H. et al. (2023) 'Enkeltcelletranskriptom afslører heterogenitet og immunrespons fra leukocytter efter vaccination med inaktiverede Edwardsiella Tarda i flounder (Paralichthys Olivaceus)',Akvakultur, 566, s. 739238. Doi: 10.1016/j.aquaculture.2023.739238.

Yu, Y. et al. (2023) 'Fotodynamisk terapi forbedrer resultatet af immunkontrolpunktinhibitorer via ombygning af anti-tumorimmunitet hos patienter med gastrisk kræft',Gastrisk kræft, 26 (5), s. 798–813. doi: 10.1007/s10120-023-01409-x/metrics.